КАРТА - AMAP
| Разработчики) | Ариэль Шварц (Калифорнийский университет в Беркли ), Лиор Пахтер (Калифорнийский университет в Беркли ) |
|---|---|
| Стабильный выпуск | 2.0 |
| Операционная система | UNIX, Linux, Mac |
| Тип | Инструмент биоинформатики |
| Лицензия | Открытый исходный код |
| Интернет сайт | AMAP скачать |
КАРТА это множественное выравнивание последовательностей программа на основе последовательный отжиг.[1] Этот подход состоит в построении множественного выравнивания по одному совпадению за раз, тем самым обходя многие проблемы прогрессивного выравнивания. Параметры AMAP можно использовать для настройки компромисса между чувствительностью и специфичностью.
Программу можно использовать через веб-сервер AMAP или как отдельную программу, которую можно установить вместе с исходным кодом.
Ввод, вывод
Эта программа принимает последовательности в Формат FASTA.
Формат вывода включает: Формат FASTA, Clustal.
использованная литература
- ^ S. Schwartz, A .; Пахтер, Л. (19 января 2007 г.). «Множественное выравнивание путем отжига последовательностей». Биоинформатика. 23 (2): e24 – e29. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl311.