Энн Отейт - Википедия - Anne OTate

Энн О'Тейт это бесплатное веб-приложение [1] который анализирует наборы записей, идентифицированных на PubMed, то библиографическая база данных статей из более чем 5 500 биомедицинских журналов со всего мира. Несмотря на то, что PubMed имеет свой собственный широкий спектр параметров поиска для определения наборов записей, относящихся к запросу исследователей, ему не хватает возможности для дальнейшего анализа этих наборов записей, процесса, для которого термины интеллектуальный анализ текста и детализировать был использован. Энн О'Тейт может выполнять такой анализ и обрабатывать наборы до 25 000 записей PubMed.[1]

Описание

После того, как набор статей был идентифицирован с помощью Anne O'Tate с его интерфейсом, подобным PubMed, и синтаксисом поиска, набор можно проанализировать, и слова и понятия, упомянутые в определенных `` полях '' (разделах) записей PubMed, могут отображаться в порядке частота.[2] «Поля», которые Энн О’Тейт может отображать таким образом:

Темы (MeSH)

Этот вариант может помочь определить возможные Рубрики медицинской тематики (известные как термины MeSH, но названные Энн О'Тейт «Темы») для темы, для которой не существует соответствующего предметного заголовка или «входного термина» (перекрестные ссылки на предпочтительный термин MeSH) или в котором процесс автоматического сопоставления PubMed (идентифицирующий MeSH и включить его в поисковую формулировку) не удается.

Например, при поиске статей о «передаче знаний» (для которых не существует соответствующего MeSH или термина) будет найден набор из примерно 530 исследований в PubMed (по состоянию на август 2011 г.); Анализ Энн О’Тейт предполагает, что такие термины MeSH, как «Распространение инноваций» или «Распространение информации», могут быть подходящими дополнительными понятиями для поиска более «чувствительного» (всеобъемлющего) набора ссылок. Этот метод определения возможных терминов MeSH недоступен на PubMed.

Авторы

Этот вариант может помочь в выявлении авторов, которые часто писали по данной теме, или может помочь в выявлении возможных экспертов или рецензентов.

Журналы

Выявление журналов, публикующих статьи по исследуемой теме, может помочь в выборе подходящих журналов для рассмотрения рукописей или для подробного сканирования соответствующих статей («ручной поиск»[3]) не найдено поиском на PubMed.

Другие поля

Также можно проанализировать принадлежность авторов (адреса) и годы публикации. «Важные слова» из заголовков и отрывков, которые могут «[...] чаще встречаться в подмножестве результатов, чем в MEDLINE в целом, таким образом они отличают подмножество результатов от остальной части MEDLINE " [4] можно идентифицировать и помочь с дальнейшим уточнением поиска на PubMed.[5][6][7]

История

Энн О'Тейт (игра слов от слова «аннотировать») была разработана Нилом Р. Смалхайзером и группой исследователей из Чикагский университет. Это часть проекта Arrowsmith, который разработал такие инструменты, как собственно «Arrowsmith», приложение для сравнения текстов,[8] "Адам", база медицинских сокращений,[9] и «Author-ity» (инструмент устранения неоднозначности),[10] "Компендиум", список биомедицинский анализ текста инструменты и Энн О’Тейт. Проект основан на исследованиях под руководством Дон Р. Суонсон на Чикагский университет [11] на котором размещался оригинальный инструмент.[12]Дальнейшие исследования проводились под руководством Нила Р. Смалхайзера из Иллинойский университет в Чикаго при финансировании Национальные институты здоровья.[13]

Другие приложения для анализа текста PubMed

Для PubMed был разработан широкий спектр приложений для интеллектуального анализа текста,[4] используя собственный интерфейс, например GoPubMed, ClusterMed или PubReMiner. Только Энн О’Тейт использует стандартный интерфейс PubMed, синтаксис поиска и некоторые его функции.

Рекомендации

  1. ^ а б Smalheiser, N.R .; Чжоу, Вт .; Торвик, В. И. (2008). «Энн О'Тейт: инструмент для поддержки управляемой пользователем суммирования, детализации и просмотра результатов поиска PubMed». Журнал биомедицинских открытий и сотрудничества. 3: 2. Дои:10.1186/1747-5333-3-2. ЧВК  2276193. PMID  18279519.
  2. ^ Палидвор, Г. А .; Андраде-Наварро, М.А. (2010). "MLTrends: график использования терминов MEDLINE с течением времени". Журнал биомедицинских открытий и сотрудничества. 5: 1–6. ЧВК  2990277. PMID  20333611.
  3. ^ Langham, J .; Thompson, E .; Роуэн, К. (1999). «Выявление рандомизированных контролируемых испытаний из литературы по экстренной медицине: Сравнение ручного поиска и поиска в MEDLINE». Анналы неотложной медицины. 34 (1): 25–34. Дои:10.1016 / s0196-0644 (99) 70268-4. PMID  10381991.
  4. ^ а б Лу, З. (2011). «PubMed и не только: обзор веб-инструментов для поиска биомедицинской литературы». База данных. 2011: baq036. Дои:10.1093 / база данных / baq036. ЧВК  3025693. PMID  21245076.
  5. ^ Wilczynski, N.L .; Уокер, С. Дж .; McKibbon, K. A .; Хейнс, Р. Б. (1995). «Причины потери чувствительности и специфичности методологических терминов и текстовых слов MeSH в MEDLINE». Ход работы. Симпозиум по компьютерным приложениям в медицине: 436–440. ЧВК  2579130. PMID  8563319.
  6. ^ Гринхал, Т. (1997). «Как читать газету. База данных Medline». BMJ (под ред. Клинических исследований). 315 (7101): 180–183. Дои:10.1136 / bmj.315.7101.180. ЧВК  2127107. PMID  9251552.
  7. ^ Smalheiser, N.R .; Чжоу, Вт .; Торвик, В. И. (2011). «Распространение« характерных »терминов в литературе MEDLINE». Информация. 2 (4): 266–276. Дои:10.3390 / info2020266.
  8. ^ Smalheiser, N.R .; Торвик, В. И .; Чжоу, В. (2009). «Двухузловой поисковый интерфейс Arrowsmith: учебное пособие по поиску значимых связей между двумя разрозненными наборами статей в MEDLINE». Компьютерные методы и программы в биомедицине. 94 (2): 190–197. Дои:10.1016 / j.cmpb.2008.12.006. ЧВК  2693227. PMID  19185946.
  9. ^ Чжоу, Вт .; Торвик, В. И .; Смалхайзер, Н. Р. (2006). «АДАМ: Еще одна база сокращений в MEDLINE». Биоинформатика. 22 (22): 2813–2818. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl480. PMID  16982707.
  10. ^ Торвик, В. И .; Смалхайзер, Н. Р. (2009). "Устранение неоднозначности имени автора в MEDLINE". Транзакции ACM при обнаружении знаний из данных. 3 (3): 1–29. Дои:10.1145/1552303.1552304. ЧВК  2805000. PMID  20072710.
  11. ^ Swanson, D.R .; Смальхайзер, Н. (Лето 1999 г.). «Неявные текстовые связи между записями в Medline: использование Эроусмита как средство научного открытия» (PDF). Библиотечные тенденции. 48 (1): 48–59. Получено 4 июля, 2011.
  12. ^ «Эроусмит-2 на Linux». Чикагский университет. Архивировано из оригинал 18 июня 2009 г.. Получено 4 июля, 2011.
  13. ^ Смальхайзер, Н. (Октябрь 2005 г.). «Проект Эроусмит: отчет о состоянии дел за 2005 год». Наука открытия. 8-я международная конференция по науке открытий. Конспект лекций по информатике. 3735. С. 26–43. Дои:10.1007/11563983_5. ISBN  978-3-540-29230-2.

внешняя ссылка