ArrayTrack - ArrayTrack

ArrayTrack
ArrayTrackLogo.jpg
Разработчики)Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США
Стабильный выпуск
3.5.0 / 3 марта 2010 г.; 10 лет назад (2010-03-03)
Операционная системаLinux, Mac OS X, Windows
ПлатформаЯва
ТипУправление, анализ и интерпретация данных биоинформатики
Интернет сайт[1]

ArrayTrack это многоцелевой инструмент биоинформатики, который в основном используется для микрочип управление данными, анализ и интерпретация. ArrayTrack был разработан для поддержки собственных исследований массивов фильтров для Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США в 2001 году, а в 2003 году он был предоставлен в открытый доступ в качестве интегрированного инструмента исследования микроматриц.[1] С тех пор ArrayTrack посещает в среднем около 5000 пользователей в год. Он регулярно обновляется Национальный центр токсикологических исследований.

Функции

ArrayTrack состоит из трех основных компонентов: Study Database, Tools и Libraries, которые в первую очередь обрабатывают, соответственно, управление данными, их анализ и интерпретацию. К каждому из этих компонентов можно получить прямой доступ из двух других, например, инструменты анализа можно использовать непосредственно с экспериментальными данными, хранящимися в базе данных исследований, а важные гены, обнаруженные по результатам, могут быть запрошены в библиотеках для просмотра дополнительных аннотаций и связанных белков. , пути, термины генной онтологии и т. д.[2]

  • База данных исследования: База данных Study содержит данные экспериментов, импортированные пользователем, включая необработанные данные и аннотации. В основном используется для управления микрочип данные, но также поддерживает протеомика и метаболомика данные. Импортированные данные изначально являются частными для владельца, но могут быть доступны другим пользователям. База данных Study также хранит важные списки генов, которые могут быть созданы непосредственно из результатов анализа данных в ArrayTrack.
  • Инструменты: В ArrayTrack доступен широкий спектр инструментов анализа и визуализации, включая, помимо прочего: Инструменты статистического анализа, включая Т-тест, ANOVA, и SAM-тест; Инструменты неконтролируемого обнаружения шаблонов, включая Иерархический кластерный анализ и Анализ главных компонентов; и инструменты прогнозирования моделей, включая K-Ближайшие соседи и Линейный дискриминантный анализ. Хотя инструменты ArrayTrack предназначены для работы с импортированными данными, они также совместимы с внешними данными.
  • Библиотеки: ArrayTrack содержит набор библиотек, в которых хранятся определенные аннотационные данные, доступные для просмотра в формате динамической электронной таблицы. Существует специальная библиотека для гены, белки, дорожки, Генная онтология термины, химические соединения, SNP, QTL, типы чипов и многое другое. Каждая библиотека поддерживает поиск, сортировку, фильтрацию, копирование-вставку и экспорт с несколькими входами. В библиотеки можно напрямую запрашивать желаемое содержимое сохраненных списков генов, результатов анализа и других библиотек. Определенная запись в любой библиотеке может быть связана с эквивалентной записью во многих популярных общедоступных базах знаний, включая исходные источники данных.

ArrayTrack напрямую интегрирован с множеством других программ биоинформатики, такими как инструменты анализа путей GeneGo MetaCore и Ingenuity Pathway Analysis.[3][4]

Доступность

ArrayTrack находится в свободном доступе для общественности и может быть доступен в Интернете. Он запускается на компьютере клиента с использованием Ява -на основе интерфейса, который подключается к База данных Oracle организовано FDA. Как приложение на основе Java, ArrayTrack совместим с Windows, Mac, и Linux машины.

Рекомендации

  1. ^ Тонг, Вейда; Цао, Сяоси; Харрис, Стивен; Сунь, Хунмэй; Фанг, Хонг; Фуско, Джеймс; Харрис, Анджела; Хун, Хуэйсяо; и другие. (2003). «ArrayTrack - поддержка токсикогеномных исследований в Национальном центре токсикологических исследований Управления по контролю за продуктами и лекарствами США». Перспективы гигиены окружающей среды. 111 (15): 1819–26. Дои:10.1289 / ehp.6497. ЧВК  1241745. PMID  14630514.
  2. ^ Фанг, Хонг; Харрис, Стивен С .; Су, Чжэньцзян; Чен, Минджун; Цянь, Фэн; Ши, Леминг; Перкинс, Роджер; Тонг, Вейда (2009). «ArrayTrack: FDA и общедоступный геномный инструмент». Белковые сети и анализ путей. Методы молекулярной биологии. 563. п. 379. Дои:10.1007/978-1-60761-175-2_20. ISBN  978-1-60761-174-5.
  3. ^ «Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США будет использовать Metacore компании GeneGo для« омических »исследований и анализа данных геномики» (PDF). Получено 2011-04-13.
  4. ^ «Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США должно использовать анализ пути изобретательности при рассмотрении материалов, представленных в фармакогеномике» (PDF). Получено 2011-04-13.

внешняя ссылка