BFAST - Википедия - BFAST
 | Эта статья нужны дополнительные цитаты для проверка. (Ноябрь 2017 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
BFAST универсальный инструмент выравнивания последовательностей ДНК, разработанный в UCLA пользователя Нильс Гомер.[1]
Веб-сервер BFAST можно использовать для выравнивания коротких считываний со ссылочными последовательностями как в пространстве нуклеотидов, так и в ABI SOLiD цветовое пространство.
Утилиты включают выравнивание BFAST, преобразование между нуклеотидным и цветовым пространством, вычисление априорной мощности выравниваний, а также утилиту для выполнения Мировоззрение Смита Уотермана.
Характеристики
BFAST имеет явный компромисс времени и точности с предварительной оценкой точности, поддерживаемой индексированием эталонных последовательностей. Инструмент может обрабатывать короткие чтения, Вставки ДНК, удаления, SNP и цветовые ошибки (считывается цветовое пространство ABI SOLiD).
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Гомер, Нильс; и другие. (2009). «BFAST: инструмент выравнивания для крупномасштабного ресеквенирования генома». PLOS ONE. 4 (11): e7767. Дои:10.1371 / journal.pone.0007767. ЧВК 2770639. PMID 19907642.