Кристофер Фойгт - Christopher Voigt

Кристофер А. Фойгт
Кристофер Фойгт 2.png
Кристофер Фойгт в Управлении военно-морских исследований, 2016 г.
Родившийся
Анн-Арбор, Мичиган
НациональностьНАС.
ГражданствоНАС.
Альма-матеруниверситет Мичигана
Калифорнийский технологический институт
Калифорнийский университет в Беркли
Научная карьера
ПоляСинтетическая биология, Биотехнологии, Генная инженерия, Биологическая инженерия
УчрежденияМассачусетский Институт Технологий, UCSF
ДокторантЧжэнь-Ган Ван, Фрэнсис Арнольд, Стивен Мэйо, Адам П. Аркин (докторантура)

Кристофер Фойгт американский синтетический биолог, молекулярный биофизик, и инженер.[1][2]

Карьера

Войт - это Дэниел И. Ван профессор передовых биотехнологий на кафедре биологической инженерии в Массачусетский Институт Технологий (Массачусетский технологический институт). Он работает в развивающейся сфере синтетическая биология. Он является содиректором Центра синтетической биологии. [3] в MIT и соучредитель MIT-Broad Foundry.[4][5]

Его исследовательские интересы сосредоточены на программировании клеток для выполнения скоординированных и сложных задач для приложений в медицине, сельском хозяйстве и промышленности. Его работы включают:

  • Дизайн генетические схемы в бактериях, дрожжах и клетках млекопитающих.[6][7][8][9][10][11][12] Закодированные в ДНК, эти схемы реализуют вычислительные операции внутри клеток.
  • Программное обеспечение для программирования живых клеток (виолончель), основанное на принципах автоматизация проектирования электроники и основан на Verilog.[13][14]
  • Генетически закодированные датчики, которые позволяют клеткам реагировать на химические вещества, сигналы окружающей среды и цветной свет.[15][16][17][18]
  • Вычислительные инструменты для проектирования точных генетических деталей на основе биофизики, биоинформатики и машинного обучения.[19][20]
  • Лечебные бактерии для навигации по человеческому телу, выявления и коррекции болезненных состояний.[21][22]
  • Редизайн азотфиксация кластер генов для облегчения его передачи между организмами и контроля с помощью синтетических датчиков и цепей.[23][24]
  • Фармацевтическое открытие на основе больших баз данных последовательностей ДНК, включая микробиом кишечника человека, с использованием высокопроизводительного пути перекодирования и синтеза ДНК.[25][26]
  • Использование клеток для производства материалов, включая паучий шелк, нейлон-6 и наноматериалы ДНК.[27][28][29]

Кроме того, он:

  • Член-основатель финансируемого Национальным научным фондом Центра инженерных исследований синтетической биологии (SynBERC),[30] переименован в Исследовательский центр инженерной биологии (EBRC).[31]
  • Главный редактор журнала ACS Synthetic Biology.[32]
  • Соучредитель компании Азимов[33] (клеточное программирование) и Pivot Biotechnologies[34] (сельское хозяйство).
  • Соучредитель серии конференций «Синтетическая биология: инженерная эволюция и дизайн» (SEED).[35]
  • Председатель SAB голландской химической компании DSM.

Его бывшие ученики основали Азимов[36] (синтетическая биология млекопитающих), De Novo DNA[37] (расчетное проектирование), Болтовая резьба[38] (ткани на основе паучьего шелка), Pivot Bio[39] (сельское хозяйство) и промышленные микробы[40] (организмы, потребляющие природный газ).

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ Броган, Джейкоб (3 апреля 2017 г.). "Шпаргалка по синтетической биологии" - через Slate.
  2. ^ Квок, Роберта (20 января 2010 г.). «Пять суровых истин синтетической биологии». Природа. 463 (7279): 288–290. Дои:10.1038 / 463288a. PMID  20090726.
  3. ^ «Центр синтетической биологии Массачусетского технологического института».
  4. ^ "MIT-Broad Foundry".
  5. ^ «DARPA предоставляет лаборатории Массачусетского технологического института 32 миллиона долларов на программирование живых клеток». Популярная наука. 2015. Получено 30 сентября, 2015.
  6. ^ Тамсир А., Табор Дж. Дж., Войт, Калифорния (2011). «Надежные многоклеточные вычисления с использованием генетически закодированных вентилей NOR и химических проводов.'". Природа. 469 (7329): 212–5. Дои:10.1038 / природа09565. ЧВК  3904220. PMID  21150903.
  7. ^ Лу К., Стэнтон BC, Чен Ю.Дж., Мунски Б., Фойгт, Калифорния (2012). «Части инсулятора на основе рибозима служат буфером для синтетических цепей в генетическом контексте». Природа Биотехнологии. 30 (11): 1137–42. Дои:10.1038 / nbt.2401. ЧВК  3914141. PMID  23034349.
  8. ^ Брофи Дж. А., Войт, Калифорния (2014). «Принципы проектирования генетических схем». Методы природы. 11 (5): 508–20. Дои:10.1038 / nmeth.2926. ЧВК  4230274. PMID  24781324.
  9. ^ Ян Л., Нильсен А.А., Фернандес-Родригес Дж., МакКлун С.Дж., Лауб М.Т., Фойгт, Калифорния (2014). «Постоянная генетическая память с емкостью> 1 байт». Методы природы. 11 (12): 1261–6. Дои:10.1038 / nmeth.3147. ЧВК  4245323. PMID  25344638.
  10. ^ Мун Т.С., Лу К., Тамсир А., Стэнтон Британская Колумбия, Фойгт, Калифорния (2012). «Генетические программы, построенные из многоуровневых логических вентилей в отдельных ячейках». Природа. 491 (7423): 249–53. Дои:10.1038 / природа11516. ЧВК  3904217. PMID  23041931.
  11. ^ Андерсон Дж. К., Войт, CA, Аркин А. П. (2007). «Интеграция сигналов окружающей среды с помощью модульного логического элемента И». Мол. Syst. Биол. 3 (1): 133. Дои:10.1038 / msb4100173. ЧВК  1964800. PMID  17700541.
  12. ^ «Язык программирования для живых клеток». Phys.org. Получено 31 марта, 2016.
  13. ^ "Программное обеспечение для виолончели".
  14. ^ Нильсен А.А., Дер Б.С., Шин Дж., Вайдьянатан П., Параланов В., Стричальский Е.А., Росс Д., Денсмор Д., Войт, Калифорния (2016). «Автоматизация проектирования генетических схем». Наука. 352 (6281): aac7341. Дои:10.1126 / science.aac7341. PMID  27034378.
  15. ^ Фернандес-Родригес Дж, Мозер Ф, Сонг М, Фойгт, Калифорния (2017). «Инженерное цветовое видение RGB для кишечной палочки». Природа Химическая Биология. 13 (7): 706–8. Дои:10.1038 / nchembio.2390. PMID  28530708.
  16. ^ Левская А, Вайнер О.Д., Лим В.А., Фойгт CA (2009). «Пространственно-временной контроль клеточной передачи сигналов с использованием переключаемого светом белкового взаимодействия». Природа. 461 (7266): 997–1001. Дои:10.1038 / природа08446. ЧВК  2989900. PMID  19749742.
  17. ^ Левская А., Шевалье А.А., Табор Дж. Дж., Симпсон З. Б., Лавери Л. А., Леви М., Дэвидсон Е. А., Скурас А., Эллингтон А. Д., Маркотт Е. М., Войт, Калифорния (2005). «Синтетическая биология: разработка Escherichia coli, чтобы увидеть свет». Природа. 438 (7067): 441–2. Дои:10.1038 / природа04405. PMID  16306980.
  18. ^ Стэнтон BC, Нильсен А.А., Тамсир А., Клэнси К., Петерсон Т., Фойгт, Калифорния (2014). "Геномный майнинг прокариотических репрессоров для ортогональных логических ворот". Nat Chem Biol. 10 (2): 99–105. Дои:10.1038 / nchembio.1411. ЧВК  4165527. PMID  24316737.
  19. ^ Чен Ю.Дж., Лю П., Нильсен А.А., Брофи Дж. А., Клэнси К., Петерсон Т., Фойгт, Калифорния (2013). «Характеристика 582 природных и синтетических терминаторов и количественная оценка их конструктивных ограничений». Природа. 10 (7): 659–64. Дои:10.1038 / nmeth.2515. PMID  23727987.
  20. ^ Салис Х, Мирский Э, Фойгт CA (2009). «Автоматизированный дизайн сайтов связывания синтетических рибосом для точного контроля экспрессии белков». Природа Биотехнологии. 27 (10): 946–50. Дои:10.1038 / nbt.1568. ЧВК  2782888. PMID  19801975.
  21. ^ Андерсон Дж. К., Кларк Э. Дж., Аркин А. П., Фойгт, Калифорния (2006). "Экологически контролируемое вторжение в раковые клетки сконструированных бактерий". Журнал молекулярной биологии. 355 (4): 619–27. CiteSeerX  10.1.1.161.6839. Дои:10.1016 / j.jmb.2005.10.076. PMID  16330045.
  22. ^ Mimee M, Tucker A, Voigt CA, Lu TK (2015). «Программирование комменсальной бактерии человека, Bacteroides thetaiotaomicron, для восприятия и реакции на раздражители в микробиоте кишечника мышей». Сотовые системы. 1 (1): 62–71. Дои:10.1016 / j.cels.2015.06.001. ЧВК  4762051. PMID  26918244.
  23. ^ Temme K, Zhao D, Voigt CA (2012). «Рефакторинг кластера генов фиксации азота из Klebsiella oxytoca». Proc. Natl. Акад. Наука. 109 (18): 7085–7090. Дои:10.1073 / pnas.1120788109. ЧВК  3345007. PMID  22509035.
  24. ^ Смански М.Дж., Бхатия С., Чжао Д., Парк И., Вудрафф Л. Б., Джаннукос Г., Чиулла Д., Басби М., Кальдерон Дж., Никол Р., Гордон Д. Б., Денсмор Д., Войт, Калифорния (2014). «Функциональная оптимизация кластеров генов с помощью комбинаторного дизайна и сборки». Природа Биотехнологии. 32 (12): 1241–9. Дои:10.1038 / nbt.3063. PMID  25419741.
  25. ^ Смански М.Дж., Чжоу Х., Клесен Дж., Шен Б., Фишбах М.А., Фойгт, Калифорния (2016). «Синтетическая биология для доступа и расширения химического разнообразия природы». Нат Рев Микробиол. 14 (3): 135–149. Дои:10.1038 / nrmicro.2015.24. ЧВК  5048682. PMID  26876034.
  26. ^ Temme K, Zhao D, Voigt CA (2012). «Рефакторинг кластера генов фиксации азота из Klebsiella oxytoca». Proc. Natl. Акад. Наука. 109 (18): 7085–7090. Дои:10.1073 / pnas.1120788109. ЧВК  3345007. PMID  22509035.
  27. ^ Widmaier DM, Tullman-Ercek D, Mirsky EA, Hill R, Govindarajan S, Minshull J, Voigt CA (2009). «Разработка системы секреции сальмонелл типа III для экспорта мономеров паучьего шелка». Мол Сист Биол. 5 (309): 309. Дои:10.1038 / msb.2009.62. ЧВК  2758716. PMID  19756048.
  28. ^ Чжоу Х., Вонк Б., Рубос Дж. А., Бовенберг Р.А., Фойгт, Калифорния (2015). «Алгоритмическая совместная оптимизация генетических конструкций и условий роста: применение к 6-ACA, потенциальному предшественнику нейлона-6». Нуклеиновые кислоты Res. 43 (21): 10560–70. Дои:10.1093 / нар / gkv1071. ЧВК  4666358. PMID  26519464.
  29. ^ Эльбаз Дж, Инь П, Войт, Калифорния (2016). «Генетическое кодирование наноструктур ДНК и их самосборка в живых бактериях». Nature Communications. 7: 11179. Дои:10.1038 / ncomms11179. ЧВК  4838831. PMID  27091073.
  30. ^ "Синберц".
  31. ^ «Эбрц».
  32. ^ «Синтетическая биология САУ». Публикации ACS.
  33. ^ «Азимов». asimov.io.
  34. ^ «ПивотБио».
  35. ^ «Синтетическая биология: инженерная эволюция и дизайн (SEED)». 2017-08-28.
  36. ^ «Азимов - Интеллектуальный дизайн».
  37. ^ "De Novo DNA".
  38. ^ «Болтовая резьба».
  39. ^ «Пивот Био».
  40. ^ «Промышленные микробы».