Сочетанный ген - Википедия - Conjoined gene

А соединенный ген (CG) определяется как ген, который дает начало транскриптам путем объединения по крайней мере части одного экзона из каждого из двух или более отдельных известных (родительских) генов, которые лежат на одной хромосоме, находятся в одной ориентации и часто (95%) независимо транслируются в разные белки . В некоторых случаях транскрипты, образованные CG, транслируются с образованием химерных или полностью новых белков.

CGDef 1.png
Рисунок 1: Мультяшное изображение образования соединенного гена A-B из родительских генов A и B.

Несколько альтернативных названий используются для адресации соединенных генов, включая комбинированный ген и сложный ген,[1] ген слияния, гибридный белок, сквозной транскрипт, ко-транскрибируемые гены, мостиковые гены, остовные гены, гибридные гены, локус-транскрипты и т. д.

В настоящее время различными исследовательскими группами по всему миру, включая Prakash et al., Было идентифицировано 800 CG во всем геноме человека.[2] Акива и др.,[3] Парра и др.,[4] Ким и др.,[5] и в 1% генома человека в пилотном проекте ENCODE.[6] 36% всех этих CG можно проверить экспериментально с использованием методов RT-PCR и секвенирования. Однако лишь очень ограниченное количество этих CG можно найти в общедоступных ресурсах генома человека, таких как База данных Entrez Gene, то Браузер генома UCSC и База данных аннотаций генома позвоночных (Vega). Обнаружено, что более 70% соединенных генов человека сохраняются в геномах других позвоночных, причем позвоночные более высокого порядка демонстрируют большую сохранность, включая ближайшего предка человека, шимпанзе. Формирование CG не ограничивается только геномом человека, некоторые CG также были идентифицированы в геномах других эукариот, включая мыши и дрозофилы. Есть несколько веб-ресурсов, которые включают информацию о некоторых CG в дополнение к другим генам слияния, например, ChimerDB и HYBRIDdb. Другая база данных, СОЕДИНЕНИЕ, представляет собой исчерпывающий ресурс, посвященный только 800 соединенным генам, идентифицированным во всем геноме человека.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Рогинский и др. (2004). «Ген человека GRINL1A определяет сложную транскрипционную единицу, необычную форму генной организации у эукариот». Геномика. 84 (2): 265–276. Дои:10.1016 / j.ygeno.2004.04.004. PMID  15233991.
  2. ^ Пракаш Т., Шарма В.К., Адати Н., Озава Р., Кумар Н. и др. (Октябрь 2010 г.). Михалак П. (ред.). «Экспрессия соединенных генов: еще один механизм регуляции генов у эукариот». PLoS ONE. 5 (10): e13284. Дои:10.1371 / journal.pone.0013284. ЧВК  2953495. PMID  20967262.
  3. ^ Акива П., Топорик А., Эдельхейт С. и др. (Январь 2006 г.). «Транскрипционное слияние генов в геноме человека». Геномные исследования. 16 (1): 30–6. Дои:10.1101 / гр. 4137606. ЧВК  1356126. PMID  16344562.
  4. ^ Парра Дж., Реймонд А., Даббуш Н. и др. (Январь 2006 г.). «Тандемный химеризм как средство увеличения сложности белка в геноме человека». Геномные исследования. 16 (1): 37–44. Дои:10.1101 / гр. 4145906. ЧВК  1356127. PMID  16344564.
  5. ^ Ким П., Юн С., Ким Н. и др. (Ноябрь 2009 г.). «ChimerDB 2.0 - обновлена ​​база знаний по генам слияния». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с базой данных): D81 – D85. Дои:10.1093 / нар / gkp982. ЧВК  2808913. PMID  19906715.
  6. ^ Деноуд Ф., Капранов П., Укла С. и др. (Июнь 2007 г.). «Заметное использование дистальных 5'-стартовых сайтов транскрипции и открытие большого количества дополнительных экзонов в областях ENCODE». Геномные исследования. 17 (6): 746–59. Дои:10.1101 / гр 5660607. ЧВК  1891335. PMID  17567994.