ДНКаза-Seq - DNase-Seq

DNase-seq (Сайты гиперчувствительности к ДНКазе I секвенирование) - метод в молекулярная биология используется для определения местоположения регуляторных областей на основе полногеномного секвенирования областей, чувствительных к расщеплению ДНКаза I.[1][2][3] FAIRE-Seq является преемником DNase-seq для полногеномной идентификации доступных участков ДНК в геноме. Оба протокола для идентификации открытых участков хроматина имеют смещения в зависимости от базовой структуры нуклеосом. Например, FAIRE-seq обеспечивает большее количество тегов в непромоторных областях.[4] С другой стороны, сигнал ДНКазы-seq выше в промоторных областях, и было показано, что ДНКаза-seq имеет лучшую чувствительность, чем FAIRE-seq, даже в непромоторных областях.[4]

Футпринтинг DNase-seq

DNase-seq требует некоторого последующего биоинформатического анализа, чтобы обеспечить общегеномный анализ. Следы ДНК. Предлагаемые вычислительные инструменты можно разделить на два класса: подходы, основанные на сегментации и ориентированные на сайт. Методы, основанные на сегментации, основаны на применении Скрытые марковские модели или методы скользящего окна для сегментации генома на открытую / закрытую область хроматина. Примеры таких методов: HINT,[5] Метод Бойля[6] и метод Нефа.[7] С другой стороны, сайт-центрические методы находят следы с учетом открытого профиля хроматина вокруг сайтов связывания, предсказанных мотивом, то есть регуляторных областей, предсказываемых с использованием информации о последовательности ДНК-белка (закодированной в таких структурах, как Матрица весов позиции ). Примеры этих методов: CENTIPEDE[8] и метод Куэльяра-Партиды.[9]

Рекомендации

  1. ^ Бойл, AP; Дэвис С; Шульха ХП; Meltzer P; Маргулис EH; Weng Z; Фьюри Т.С.; Кроуфорд GE (2008). «Картирование с высоким разрешением и характеристика открытого хроматина в геноме». Клетка. 132 (2): 311–22. Дои:10.1016 / j.cell.2007.12.014. ЧВК  2669738. PMID  18243105.
  2. ^ Кроуфорд, GE; Холт, И. Е.; Уиттл, Дж; Webb, BD; Тай, Д; Дэвис, S; Маргулис, EH; Чен, Y; Bernat, JA; Гинзбург, Д; Чжоу, D; Луо, S; Vasicek, TJ; Дейли, MJ; Вольфсберг, Т.Г.; Коллинз, Ф.С. (январь 2006 г.). «Полногеномное картирование сайтов гиперчувствительности к ДНКазам с использованием массового параллельного секвенирования сигнатур (MPSS)». Геномные исследования. 16 (1): 230. Дои:10.1101 / гр. 4074106. ЧВК  1356136. PMID  16344561.
  3. ^ Мадригал, П; Краевский, П. (октябрь 2012 г.). «Современные биоинформатические подходы к идентификации сайтов гиперчувствительности к ДНКазе I и геномных следов по данным ДНКазы-seq». Фронт Жене. 3: 230. Дои:10.3389 / fgene.2012.00230. ЧВК  3484326. PMID  23118738.
  4. ^ а б Прабхакар С., Вибхор Кумар; Rayan NA; Kraus P; Луфкин Т; Ng HH (июль 2013 г.). «Единая оптимальная обработка отображаемых данных глубокого секвенирования». Природа Биотехнологии. 31 (7): 615–22. Дои:10.1038 / nbt.2596. PMID  23770639.
  5. ^ Gusmao, EG; Дитрих, К; Зенке, М; Коста, IG (август 2014 г.). «Обнаружение активных сайтов связывания фактора транскрипции с комбинацией гиперчувствительности к ДНКазе и модификаций гистонов». Биоинформатика. 30 (22): 3143–51. Дои:10.1093 / биоинформатика / btu519. PMID  25086003.
  6. ^ Бойл, AP; и другие. (Март 2011 г.). «Всегеномный анализ in vivo с высоким разрешением различных факторов транскрипции в клетках человека». Геномные исследования. 21 (3): 456–464. Дои:10.1101 / гр.112656.110. ЧВК  3044859. PMID  21106903.
  7. ^ Неф, S; и другие. (Сентябрь 2012 г.). «Обширный нормативный лексикон человека, закодированный в следах факторов транскрипции». Природа. 489 (7414): 83–90. Дои:10.1038 / природа11212. ЧВК  3736582. PMID  22955618.
  8. ^ Pique-Regi, R; и другие. (Март 2011 г.). «Точный вывод о связывании фактора транскрипции на основании данных о последовательности ДНК и доступности хроматина». Геномные исследования. 21 (3): 447–455. Дои:10.1101 / гр.112623.110. ЧВК  3044858. PMID  21106904.
  9. ^ Куэльяр-Партида, G; и другие. (Январь 2012 г.). «Эпигенетические приоры для идентификации сайтов связывания активных транскрипционных факторов». Биоинформатика. 28 (1): 56–62. Дои:10.1093 / биоинформатика / btr614. ЧВК  3244768. PMID  22072382.

внешняя ссылка