Карта разницы плотности - Википедия - Difference density map

Эта статья не цитировать любой источники. Пожалуйста помоги улучшить эту статью к добавление цитат в надежные источники. Материал, не полученный от источника, может быть оспорен и удаленный. Найдите источники: «Карта разницы плотности»  – Новости  · газеты  · книги  · ученый  · JSTOR (Декабрь 2009 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения)

В Рентгеновская кристаллография, а карта плотности разности показано пространственное распределение разности измеренных электронная плотность кристалла и электронной плотности, объясненных текущей моделью.

Эти коэффициенты выводятся из градиента функции правдоподобия наблюдаемых структурных факторов на основе текущей модели.

Отображать

Обычно они отображаются как изоповерхности с положительной плотностью - электронная плотность, при которой в модели ничего нет, обычно соответствующая некоторому компоненту кристалла, который не был смоделирован, например лиганд или адъютант кристаллизации - зеленый цвет и отрицательная плотность - части модели, не подкрепленные электронной плотностью, что указывает на то, что атом был разупорядочен радиационное повреждение или что он смоделирован не в том месте - красным.

Расчет

Карты разностной плотности обычно рассчитываются с использованием коэффициентов Фурье, которые представляют собой разности между наблюдаемыми амплитудами структурных факторов из эксперимента по дифракции рентгеновских лучей и рассчитанными амплитудами структурных факторов из текущей модели с использованием фазы из модели для обоих членов (поскольку фазы отсутствуют доступны для наблюдаемых данных). Два набора структурных факторов должны быть в одном масштабе. Теперь нормально также включать весовые коэффициенты, которые учитывают предполагаемые ошибки в текущей модели:

${ displaystyle C_ {diffmap} = (m | F_ {obs} | -D | F_ {calc} |) exp (2 pi i phi _ {calc})}$

куда м это добродетель что является оценкой косинуса ошибки по фазе, и D - масштабный коэффициент.

Рекомендации