Эдвард Баклер - Edward Buckler

Эдвард С. Баклер
Эдвард Баклер.jpeg
Эдвард С. Баклер
Родившийся
Арлингтон, Вирджиния
НациональностьАмериканец
Альма-матерУниверситет Миссури
НаградыПремия НАН Украины в области пищевых продуктов и сельскохозяйственных наук
Научная карьера
Полягенетик
УчрежденияUSDA, Корнелл Университет
ДокторантТимоти Холтсфорд

Эдвард С. Баклер - генетик растений в Службе сельскохозяйственных исследований Министерства сельского хозяйства США и работает по совместительству в Корнельском университете. Его работа сосредоточена как на количественной, так и на статистической генетике кукурузы, а также других культур, таких как маниока. Он положил начало концепции Сопоставление вложенных ассоциаций и создали первую популяцию, предназначенную для такого типа количественного генетического анализа.[1] Баклер был избран членом Американской ассоциации содействия развитию науки в 2012 году. В 2014 году он был избран членом Национальной академии наук.[2] В 2017 году он получил премию NAS в области продовольственных и сельскохозяйственных наук за свою работу по использованию естественного генетического разнообразия для создания сортов кукурузы, содержащих на пятнадцать витаминов А больше, чем существующие.[3]

Карьера

Детство Баклера прошло в Арлингтоне, штат Вирджиния, где его мать работала микробиологом, а отец работал в ВМС США. У него дислексия, он не читал до второго класса.[4] Он учился в Университете Вирджинии, где изучал биологию и археологию. После окончания университета он переехал в Университет Миссури, где изучал одомашнивание кукурузы и молекулярную эволюцию под руководством Тимоти Холтсфорда, познакомился со своей женой и получил степень доктора философии в 1997 году. Постдокторант в Университете штата Северная Каролина у Брюса Вейра и Майкла Пуругганана. Он присоединился к Министерству сельского хозяйства США в качестве генетика в 1998 году, а с 2003 года работал в Итаке, штат Нью-Йорк, и работал с Корнельским университетом. В 2014 году Баклер принимал Билла Гейтса во время визита в Корнелл, связанного с поддержкой Гейтсом разработки улучшенных маниока разновидности.[5]

Отображение вложенных ассоциаций

Картирование вложенных ассоциаций (NAM) было разработано как подход для объединения преимуществ картирования сцеплений со структурированными популяциями и картирования ассоциаций с естественными популяциями при одновременном ограничении их соответствующих недостатков. Баклер начал разработку первоначальной популяции для картирования вложенных ассоциаций кукурузы в 2002 году, используя двадцать пять инбредных линий кукурузы, отобранных для захвата как можно большего количества аллелей, присутствующих в этом виде, и скрещивая каждый с общим родителем для создания 5000 инбредных линий (200 на семью) в конечном итоге было зафиксировано более 100 000 генетических кроссоверов.[6] Лаборатория Баклера выпустила инбредов, а также первое исследование с их использованием для картирования локусов, контролирующих фенотип (время цветения) в 2009 году.[7] С тех пор популяция была использована для определения генетической архитектуры, контролирующей более 100 признаков целого растения, а также десятки тысяч молекулярных признаков (метаболиты и обилие транскриптов генов). После выпуска и успеха популяции NAM кукурузы аналогичные популяции были разработаны для количественных генетических исследований риса.[8] соя, пшеница,[9] сорго,[10] ячмень,[11] и рапс.[12]

Генотипирование путем секвенирования

В 2011 году группа Бакера выпустила простой протокол для использования тогда еще новой технологии высокопроизводительного секвенирования для определения генотипа тысяч генетических маркеров, пересекающих сотни людей.[13] Этот подход к генотипированию путем секвенирования получил широкое распространение: первоначальный протокол цитировался более 3500 раз.

Инструменты для разведения

Исследовательская группа Баклера также разработала TASSEL набор программных инструментов для обнаружения и вменения SNP, а также для проведения анализа ассоциаций в масштабе всего генома с использованием обобщенных линейных моделей и смешанных линейных моделей. Инструмент был разработан с целью обеспечения возможности работы в условиях ограничений памяти и ЦП среднего портативного компьютера, что позволяет использовать его ученым и селекционерам по всему миру и в развивающихся странах. Документ с описанием этого программного пакета цитировался более 3400 раз.[14]

Рекомендации

  1. ^ Воозен, Пол (21 декабря 2009 г.). «Тихая биотехнологическая революция, меняющая сельскохозяйственные культуры». Нью-Йорк Таймс.
  2. ^ "Эдвард Баклер". www.nasonline.org.
  3. ^ "Эдвард Баклер". www.nasonline.org.
  4. ^ "Эдвард Баклер". разнообразие кукурузы.
  5. ^ Гейтс, Билл. «Любовная жизнь растений». gatesnotes.com.
  6. ^ Ю, Дж., Холланд, Дж. Б., Макмаллен, М. Д., и Баклер, Э. С. (2008). Генетический дизайн и статистическая мощность картирования вложенных ассоциаций кукурузы. Генетика, 178 (1), 539-551.
  7. ^ Баклер, Э. С., Холланд, Дж. Б., Брэдбери, П. Дж., Ачарья, К. Б., Браун, П. Дж., Браун, К., ... и Гудман, М. М. (2009). Генетическая архитектура времени цветения кукурузы. Наука, 325 (5941), 714-718. doi: https://doi.org/10.1126/science.1174276
  8. ^ Фрагосо, К. А., Морено, М., Ван, З., Хеффельфингер, К., Арбелаез, Л. Дж., Агирре, Дж. А., ... и Деллапорта, С. Л. (2017). Генетическая архитектура популяции картирования гнездовой ассоциации риса. G3: Гены, геномы, генетика, 7 (6), 1913-1926 гг. Doi: https://doi.org/10.1534/g3.117.041608
  9. ^ Винген, Л. У., Уэст, К., Леверингтон-Уэйт, М., Коллиер, С., Орфорд, С., Горам, Р., ... и Эдвардс, К. Дж. (2017). Разнообразие генома староместных сортов пшеницы. Генетика, 205 (4), 1657-1676. doi: https://doi.org/10.1534/genetics.116.194688
  10. ^ Буше, С., Олатой, М. О., Марла, С. Р., Перумал, Р., Тессо, Т., Ю, Дж., ... и Моррис, Г. П. (2017). Повышенная способность анализировать адаптивные признаки в глобальном разнообразии сорго с помощью сопоставления популяции вложенных ассоциаций. Генетика, 206 (2), 573-585. doi: https://doi.org/10.1534/genetics.116.198499
  11. ^ Маурер А., Драба В., Цзян Ю., Шнайтманн Ф., Шарма Р., Шуман Э. ... и Пиллен К. (2015). Моделирование генетической архитектуры контроля времени цветения ячменя посредством картирования вложенных ассоциаций. BMC genomics, 16 (1), 290 дой: https://doi.org/10.1186/s12864-015-1459-7
  12. ^ Ху, Дж., Го, К., Ван, Б., Е, Дж., Лю, М., Ву, З., ... и Лю, К. (2018). Генетические свойства гнездовой ассоциации, картирующей популяцию, построенную на полузимом и яровом масличном рапсе. Границы растениеводства, 9, 1740 doi: https://doi.org/10.3389/fpls.2018.01740
  13. ^ Элшир, Р. Дж., Глаубиц, Дж. К., Сан, К., Польша, Дж. А., Кавамото, К., Баклер, Е. С., и Митчелл, С. Е. (2011). Надежный и простой подход к генотипированию путем секвенирования (GBS) для видов с высоким разнообразием. PLOS ONE, 6 (5) doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0019379
  14. ^ Брэдбери, П. Дж., Чжан, З., Крун, Д. Э., Касстевенс, Т. М., Рэмдосс, Ю., и Баклер, Э. С. (2007). TASSEL: программа для сопоставления сложных признаков в различных образцах. Биоинформатика, 23 (19), 2633-2635 DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm308