Formatdb - Википедия - formatdb

formatdb это программный инструмент, который больше не поддерживается, который использовался в молекулярной биоинформатике для форматирования баз данных белков или нуклеотидов для ВЗРЫВ. Он был заменен на makeblastdb и NCBI "настоятельно рекомендуют [s]"[1] пользователям перестать использовать formatdb.

formatdb должен использоваться для форматирования баз данных источников белков или нуклеотидов до того, как эти базы данных можно будет найти ВЗРЫВ.[2] Исходная база данных может находиться в любом FASTA или же ASN.1 формат. Хотя формат FASTA чаще всего используется в качестве входных данных для formatdb, использование ASN.1 выгодно для тех, кто использует ASN.1 в качестве общего источника для других форматов, таких как GenBank отчет.

Противоположность операции formatdb, извлечение последовательностей из базы данных с расширенным форматированием, может быть достигнута с помощью fastacmd программа, которая поставляется в том же пакете.[3]

В версии BLAST + вместо formatdb makeblastdb.[4]

Рекомендации

  1. ^ «Загрузить документацию по программному обеспечению и базам данных BLAST».
  2. ^ Altschul SF, Gish W, Миллер В, Майерс EW, Lipman DJ (Октябрь 1990 г.). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания». J. Mol. Биол. 215 (3): 403–10. Дои:10.1016 / S0022-2836 (05) 80360-2. PMID  2231712.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  3. ^ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/tao/URLAPI/formatdb_fastacmd.html
  4. ^ Руководство пользователя приложений командной строки BLAST. Книжная полка NCBI. 2009-10-16.

внешняя ссылка