Корпорация генных кодов - Gene Codes Corporation

Корпорация генных кодов
Частная
ПромышленностьБиоинформатика и инженерия
Основан1988
Штаб-квартираАнн-Арбор, Мичиган, США
Ключевые люди
Говард Кэш
Президент и генеральный директор[1]
ТоварыИнструменты анализа последовательности ДНК
Интернет сайтwww.genecodes.com

Корпорация генных кодов частная международная фирма, базирующаяся в Анн-Арбор, Мичиган, который специализируется на программное обеспечение для биоинформатики для генетических анализ последовательности. Его флагманский программный продукт Sequencher - это программа для секвенирования, используемая во всем мире. Его целенаправленно используют исследователи академических и государственных лабораторий, а также биотехнологические и фармацевтические компании для сборки последовательности ДНК.

История

Корпорация Gene Codes была основана в 1988 году в Анн-Арборе, штат Мичиган. В 1991 году было выпущено программное обеспечение для сборки и анализа последовательностей ДНК, Sequencher. К 1997 году почти все крупные фармацевтические компании и компании, занимающиеся коммерческой геномикой в ​​мире, были стандартизированы для Sequencher, как и большинство лабораторий в крупных академических центрах. Sequencher 5.4 был выпущен в 2015 году.[2]

Секвенсор

Sequencher 5.1 может выполнять секвенирование по Сэнгеру и секвенирование следующего поколения. В нем есть расширенные инструменты, которые помогают в общем анализе последовательностей и создают отчеты, которые представляют собой углубленный анализ в наборе данных о клиентах.

Общий анализ
  • Выравнивание контрольной последовательности
  • Таблица отклонений
  • Обширные возможности импорта и экспорта
  • NCBI BLAST Поиск
Секвенирование по Сэнгеру
  • Импортируйте данные из любого из основных инструментов CE
  • Очистить необработанные данные путем обрезки векторных баз низкого качества
  • Выполняйте выравнивание de novo или сборку на основе ссылок с помощью гибкого
  • Легко перемещайтесь между выровненными файлами данных, анализируйте трассы локально или глобально, чтобы найти вторичные или неназванные пики.
  • Мгновенное переключение между многокадровым преобразованием исходной последовательности и картами ограничений
  • Создавайте повторно используемые шаблоны для общих проектов, позволяя использовать базовую нумерацию и функции из эталонной последовательности для аннотирования новых трасс.
  • Сравните похожие проекты с помощью таблицы отклонений
  • Расширенные мощные инструменты для обнаружения мутаций и SNP и обращения к необработанным данным для устранения артефактов секвенирования
  • Создавайте отчеты, которые быстро и четко документируют результаты исследований
Секвенирование следующего поколения
  • Легко импортировать чтения NGS
  • Выберите Maq или GSNAP в качестве алгоритма выравнивания.
  • Просмотр результатов с помощью планшета
  • Анализ SNP и исследования метилирования

Награды

  • Международное общество вычислительной биологии признает Криминалистику Ховарда Кэша и генных кодов за уникальное приложение вычислительной биологии для помощи в идентификации жертв катастроф. Президент ISCB Михаил Грибсков назвал вклад Генных кодов «уникальным, ценным и выходящим за рамки того, чего можно было ожидать».
  • Зона информационных технологий Анн-Арбора награждает корпорацию Gene Codes наградой «Несокрушимая награда за рост и достижения».
  • Компания Gene Codes получает премию Мерланти за лучшие практики в области деловой этики.
  • Геномная технология делает Ховарда Наличные[постоянная мертвая ссылка ] Человек года в номинации "Все звезды".
  • Gene Codes Corporation названа одним из 50-ти будущих Большого Детройта: «В знак признания вашего выдающегося вклада в развитие столичного Детройта посредством продаж и роста занятости».
  • Ernst & Young и The New Enterprise Forum называют Ховарда Кэша, президента, генерального директора и основателя компании Gene Codes, предпринимателем года.
  • Gene Codes выигрывает премию Fast Track округа Ваштено.
  • Sequencher получает лучший продукт для сборки последовательностей ДНК от Biotechnology Software & Internet Journal.
  • Компания Gene Codes получает награду Michigan Leading Edge Technology Award в категории биотехнологий. Награда отмечает инновации, представленные в Sequencher версии 3.0, с особым упоминанием усовершенствований, которые позволили повысить автоматизацию процессов.
  • Компания Gene Codes получает награду за лучшую презентацию года от Мичиганского отделения Форума новых предприятий: «В знак признания инновационного бизнес-предприятия, которое помогло превратить Gene Codes Corporation в образцовую предпринимательскую фирму».

Рекомендации

  1. ^ Страница признательности генным кодам, Веб-сайт Джонатана Хойла
  2. ^ Gene Codes Releases Sequencher 5.4, ПО для анализа последовательности ДНК, 10 ноября 2015 г. 10:00 по восточному поясному времени, БИЗНЕС-ПРОВОД
  • Томас Д. Ву и Сербан Наку, Быстрое и устойчивое к SNP обнаружение сложных вариантов и сплайсинг в коротких чтениях, Bioinformatics 2010 26: 873-881
  • Хенг Ли, Цзюэ Руан и Ричард Дурбин, Отображение коротких последовательностей ДНК, считывает и вызывает варианты с использованием показателей качества картирования, Genome Research 2008 18: 1851-1858
  • Ян Милн, Мика Байер, Линда Кардл, Пол Шоу, Гордон Стивен, Фрэнк Райт и Дэвид Маршалл, «Визуализация сборки последовательности следующего поколения на планшете», BioInformatics 2010 26: 40-402

внешняя ссылка