База данных Genomes OnLine - Genomes OnLine Database

В База данных Genomes OnLine (GOLD) - это интернет-ресурс для получения исчерпывающей информации о геном и метагеном упорядочивание проектов и связанных с ними метаданных по всему миру.[1] С 2011 года база данных GOLD находится в ведении Объединенный институт генома DOE

База данных GOLD была создана в 1997 году; первая версия базы данных содержала информацию по 350 проектам секвенирования, 48 из которых были полностью секвенированы с опубликованными анализами.[1]

GOLD v.5 был выпущен 28 мая 2014 года. По состоянию на 5 августа 2015 года., база данных GOLD содержит информацию о 67 879 секвенирование генома проектов, из которых 7210 завершены.[2] Помимо DOE JGI, тремя крупнейшими участниками GOLD являются Broad Institute, то Институт Дж. Крейга Вентера и Медицинский факультет Мэрилендского университета.[3]

Чтобы облегчить сравнительный анализ информации в GOLD и других базах данных (например, GenBank и EMBL ), GOLD поддерживает минимальные информационные стандарты метаданные спецификации, рекомендованные Консорциум геномных стандартов, в частности, спецификация MIxS (минимальная информация о любой (x) последовательности).[2] GOLD также позволяет аннотировать геномы или метагеномы с помощью DOE JGI. Интегрированная система микробных геномов и имеет ссылки на BioMed Central журнал Стандарты геномных наук, позволяющий публиковать (мета) геномные данные.[2][4]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Кирпидес NC (сентябрь 1999 г.). «База данных Genomes OnLine (GOLD 1.0): мониторинг полных и текущих проектов генома по всему миру». Биоинформатика. 15 (9): 773–4. Дои:10.1093 / биоинформатика / 15.9.773. PMID  10498782.
  2. ^ а б c Редди, Т. Б. К .; Thomas, A.D .; Stamatis, D .; Bertsch, J .; Исбанди, М .; Jansson, J .; Mallajosyula, J .; Pagani, I .; Lobos, E. A .; Кирпидес, Н. К. (27 октября 2014 г.). «База данных Genomes OnLine (GOLD) v.5: система управления метаданными, основанная на четырехуровневой (мета) классификации проектов генома». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (D1): D1099 – D1106. Дои:10.1093 / нар / gku950. ЧВК  4384021. PMID  25348402.
  3. ^ "JGI GOLD - Статистика". Получено 5 августа 2015.
  4. ^ "JGI GOLD - Дом". Получено 5 августа 2015.

внешняя ссылка