Семья HAAAP - HAAAP family

В Семейство гидрокси / ароматических аминокислотных пермеаз (HAAAP) (TC № 2.A.42 ) является членом большого Суперсемейство аминокислоты-полиамин-органо-катион (APC) вторичных перевозчиков. Все члены семейства HAAAP участвуют в поглощении аминокислот. Гомологи присутствуют в большом количестве Грамотрицательный и Грамположительные бактерии, по крайней мере, с одним членом, классифицированным от архей (ТК № 2.A.42.1.7, Термококк барофильный ).

Структура

Белки семейства HAAAP содержат 403-443 аминоацильных остатка и демонстрируют одиннадцать предполагаемых или установленных трансмембранных α-спиральных ключей (TMS). Эти белки обладают топологическими особенностями, общими для эукариотических организмов. семейство аминокислот / ауксинпермеазы (AAAP) (ТК № 2.А.18 ). Эти белки также демонстрируют ограниченное сходство последовательностей с некоторыми членами семейства AAAP. Было высказано предположение о филогенетической связи между членами семейства HAAAP и семейства APC, поскольку они демонстрируют ограниченное сходство последовательностей друг с другом.

На начало 2016 г. отсутствуют данные о кристаллической структуре для членов семейства HAAAP в RCSB.

Члены семьи HAAAP

Семейство HAAAP включает три хорошо охарактеризованные ароматические аминокислоты: H⁺ symport проникает Кишечная палочка: пермеаза с высоким сродством к триптофану, Mtr (TC № 2.A.42.1.2 ), триптофанпермеаза с низким сродством, TnaB (ТК № 2.A.42.1.3 ) и тирозин-специфическая пермеаза TyrP (ТК № 2.A.42.1.1 ), а также двух хорошо охарактеризованных пермеаз гидроксиаминокислот, сериновой пермеазы, SdaC (TC № 2.A.42.2.1 ), из Кишечная палочка, и треонинпермеаза, TdcC (TC № 2.A.42.2.2 ), из Кишечная палочка.

SdaC из Кишечная палочка (TC # 2.A.42.2.1) также называется DcrA и, как сообщается, вместе с периплазматическим белком DcrB (P37620) играет роль в захвате фаговой ДНК в сочетании с рецептором внешней мембраны семейства OMR (TC № 1.B.14 ). Таким образом, FhuA (TC # 1.B.14.1.4) транспортирует ДНК фага T5, в то время как BtuB (ТК № 1.B.14.3.1 ) транспортирует ДНК фага С1 (Самсонов и др., 2002). DcuB - это предполагаемый липопротеин, обнаруженный только в кишечных бактериях.

Всех членов семейства HAAAP можно найти в База данных классификации транспортеров.

Транспортная реакция

Обобщенная транспортная реакция, катализируемая белками семейства HAAAP:

Аминокислота (выход) + нН⁺ (выход) → Аминокислота (вход) + nH⁺ (в).

Рекомендации

По состоянию на 26 января 2016 г. эта статья полностью или частично основана на База данных классификации транспортеров. Владелец авторских прав лицензировал контент таким образом, чтобы разрешить повторное использование в соответствии с CC BY-SA 3.0 и GFDL. Все соответствующие условия должны быть соблюдены. Исходный текст был в «2.A.42 Семейство гидрокси / ароматических аминокислотных пермеаз (HAAAP)»