HELP анализ - HELP assay
 | Эта статья предоставляет недостаточный контекст для тех, кто не знаком с предметом. (Октябрь 2009 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
В ЧАСкрошечный фрагмент paII Eобогащение Lопосредованный игрой пCR Анализ (HELP Assay)[1] это один из нескольких методов, используемых для определения того, была ли ДНК метилированный. Этот метод может быть адаптирован для изучения метилирования ДНК внутри и вокруг человека. гены, или его можно расширить, чтобы изучить метилирование в целом геном.
Этот метод основан на свойствах двух рестрикционные ферменты: HpaII и MspI. Тест HELP[1] сравнивает представления, созданные HpaII и MspПереваривание генома с последующей лигированием ПЦР. HpaII переваривает только 5'-CCGG-3 'сайты, когда цитозин в центральном динуклеотиде CG неметилирован, HpaII представлена гипометилированная фракция генома. В MspПредставление I - это элемент управления для изменения количества копий и ПЦР трудности с усилением.
Недавно было показано, что паттерны метилирования цитозина имеют тенденцию согласовываться в коротких (~ 1 kb) участках.[2] Паттерны, представленные HpaСайты II, следовательно, имеют тенденцию быть репрезентативными для других динуклеотидов CG локально.
Анализ данных HELP включает анализ качества и нормализацию. Аналитический конвейер, написанный на Язык программирования R был недавно опубликован, чтобы разрешить обработку данных HELP.[3]
Рекомендации
- ^ а б Хулан Б., Томпсон РФ, Е К. и др. (Август 2006 г.). «Сравнительное профилирование изошизомеров метилирования цитозина: анализ HELP». Геномные исследования. 16 (8): 1046–55. Дои:10.1101 / гр.5273806. ЧВК 1524864. PMID 16809668.
- ^ Экхардт Ф., Левин Дж., Кортезе Р. и др. (Декабрь 2006 г.). «Профилирование ДНК метилирования хромосом 6, 20 и 22 человека». Природа Генетика. 38 (12): 1378–85. Дои:10,1038 / ng1909. ЧВК 3082778. PMID 17072317.
- ^ Томпсон Р.Ф., Реймерс М., Хулан Б. и др. (Май 2008 г.). «Аналитический конвейер для геномных представлений, используемый для исследований метилирования цитозина». Биоинформатика. 24 (9): 1161–7. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn096. ЧВК 5061929. PMID 18353789.