Язык иерархического редактирования макромолекул - Википедия - Hierarchical editing language for macromolecules

В иерархический язык редактирования макромолекул (HELM) это метод описания сложных биологических молекул. Это обозначение, которое машиночитаемо для отображения состава и структуры пептиды, белки, олигонуклеотиды, и родственные низкомолекулярные линкеры.[1]

HELM был разработан консорциумом фармацевтических компаний, входящих в так называемый Pistoia Alliance. Разработка началась в 2008 году. В 2012 году нотация была опубликована открыто и бесплатно.[2]

Проект с открытым исходным кодом HELM можно найти на GitHub.[2]

ШЛЕМ

Потребность в HELM стала очевидной, когда исследователи начали работать над проектами моделирования и вычислений с участием молекул и сконструированных биомолекул этого типа. Не существовало языка для точного описания сущностей, который описывал бы как состав, так и сложное ветвление и структуру, общие для этих типов сущностей.[1] Последовательности белков могут описывать более крупные белки, а файлы химического языка, такие как файлы mol, могут описывать простые пептиды. Но сложность новых исследовательских биомолекул затрудняет описание больших сложных молекул с помощью химических форматов, а пептидные форматы недостаточно гибки для описания неприродных аминокислот и других химических соединений.[3]

В HELM молекулы представлены на четырех уровнях иерархии:[4]

    • Сложный полимер
    • Простой полимер
    • Мономер
    • Атом

Во внутренних базах данных HELM мономерам присваиваются короткие уникальные идентификаторы, и они могут быть представлены идентификатором в строках. Подход аналогичен используемому в Упрощенная система молекулярного ввода-вывода (SMILES). Обмениваемый формат файла позволяет обмениваться данными между компаниями, которые присвоили мономерам разные идентификаторы.[5]

В 2014 ЧЭМБЛ объявил о планах принять HELM к 2014 году.[6] Информационная компания BIOVIA разработала модифицированный формат Molfile, названный Self-Conolated Sequence Views (SCSR). Стандарт, который может включать отдельные попытки решения проблемы и использоваться повсеместно и избегать распространения стандартов, является целью HELM.[5]

Инструменты

Инструмент редактора необходим для визуализации и работы с биомолекулами с правильным уровнем детализации. Редактор необходим для «уменьшения масштаба», чтобы увидеть большую молекулу на уровне аминокислотной последовательности, а затем «увеличения» до атомного уровня в конкретном месте конъюгации или дериватизации.[7]

HELM Editor и HAbE (HELM Antibody Editor) - два клиентских инструмента, которые в будущем могут быть выпущены как веб-приложения.[8]

Пистойя Альянс

На конференции в Пистойе, Италия, группа исследователей из Pfizer АстраЗенека, GlaxoSmithKline, и Новартис сформировал то, что стало известно как Союз Пистойи. Все стороны были заинтересованы в решении задач агрегирования данных, обмена данными и аналитики для фармацевтических исследований. Альянс был создан в 2008 году. В настоящее время альянс состоит из экспертов в области информатики и исследователей из промышленности, академических кругов и организаций, занимающихся медико-биологическими услугами. [9]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Чжан, Тяньхун; Ли, Хунли; Си, Хуалинь; Стэнтон, Роберт V .; Ротштейн, Серджио Х. (2012). "HELM: язык иерархической нотации для представления структуры сложной биомолекулы". J. Chem. Инф. Модель. 52 (10): 2796–2806. Дои:10.1021 / ci3001925. PMID  22947017.
  2. ^ а б "О". OpenHELM.org. Получено 14 ноя 2014.
  3. ^ «ХЕЛМ в ЧЭМБЛ». Февраль 2014 г.. Получено 17 ноя 2014.
  4. ^ Тяньхун Чжан (2017-07-09). 2014 07 09 Pistoia Alliance, демонстрационный веб-семинар HELM. youtube.com. Получено 2016-01-28.
  5. ^ а б Крол, Аарон (18 июля 2014 г.). «Универсальный язык: Альянс Пистойи обращается к неописуемой биологии». bio-itworld.com. Получено 17 ноя 2014.
  6. ^ «Альянс Pistoia и EMBL-EBI объявляют о сотрудничестве HELM в области хеминформатики». ebi.ac.uk. Получено 17 ноя 2014.
  7. ^ Ротштейн, Серджио Х. (май 2013 г.). «А как насчет« больших парней »? Новый стандарт HELM для макромолекулярного представления и Pistoia Alliance» (PDF). www.chemaxon.com/library. Получено 28 янв 2016.
  8. ^ "RFI опубликовано: веб-редактор HELM". 7 янв 2016. Получено 15 января 2016.
  9. ^ «Миссия и история». www.pistoiaalliance.org/. Архивировано из оригинал 29 апреля 2011 г.. Получено 15 ноя 2014.