База данных исследований гриппа - Influenza Research Database

База данных исследований гриппа
IRD-logo-white.png
База данных исследований гриппа
Покрытие
ДисциплиныПубличная база данных и инструменты
Ссылки
Интернет сайтhttp://www.fludb.org/

В База данных исследований гриппа (IRD)[1][2][3] представляет собой комплексную и всеобъемлющую общедоступную базу данных и аналитический ресурс для поиска, анализа, визуализации, сохранения и обмена данными для исследования вирусов гриппа. IRD - один из пяти Ресурсные центры по биоинформатике (BRC) финансируется Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), компонент Национальные институты здоровья (NIH), который является агентством Министерство здравоохранения и социальных служб США.

Типы данных в IRD

  • Сегмент, белок, и данные о деформации
  • Данные наблюдения за животными
  • Клинические данные человека
  • Экспериментально определенный и прогнозируемый иммунитет эпитопы
  • Особенности последовательности[4]
  • Прогнозируемые белковые домены и мотивы
  • Аннотации генной онтологии
  • Расчетная оценка сохранения последовательности
  • Классификация клада последовательностей НА высокопатогенного птичьего гриппа H5N1
  • 3D-структуры белков
  • Данные праймеров для ПЦР взяты из литературы
  • Экспериментальные данные лабораторных экспериментов и клинических испытаний
  • Данные фенотипических характеристик взяты из литературы
  • Данные серологии
  • Данные фактора хозяина

Инструменты анализа и визуализации в IRD

  • BLAST: предоставляет настраиваемые базы данных IRD для определения наиболее связанных последовательностей
  • Короткий поиск пептидов: позволяет пользователям находить пептидные последовательности в целевых белках.
  • Идентифицировать точечные мутации: идентифицирует белки гриппа, содержащие определенные аминокислоты в указанных пользователем положениях
  • Множественное выравнивание последовательностей: позволяет пользователям выравнивать последовательности сегментов / белков с помощью MUSCLE
  • Визуализация выравнивания последовательностей: использует JalView для визуализации выравнивания последовательностей
  • Филогенетическое дерево конструкция: вычисляет дерево с использованием различных алгоритмов и эволюционных моделей
  • Визуализация филогенетического дерева: позволяет отображать метаданные штаммов с цветовой кодировкой на дереве, созданном с помощью одного из нескольких доступных алгоритмов и / или эволюционных моделей и просматриваемых с помощью Archeopteryx
  • 3D-визуализация структуры белка: объединяет файлы структуры белка PDB с оценкой сохранения последовательности и функциями последовательности IRD и предоставляет интерактивную программу просмотра структуры белка 3D с использованием Jmol
  • Тип варианта элемента последовательности (SFVT) анализ:[4] обеспечивает централизованное хранилище функциональных областей и автоматически вычисляет все наблюдаемые вариации последовательностей в каждой определенной области
  • Инструмент сравнительного анализа последовательностей на основе метаданных (Meta-CATS): автоматизированный сравнительный статистический анализ для выявления позиций, которые значительно различаются между определяемыми пользователем группами последовательностей
  • Анализ вариации последовательности (SNP): предварительно вычисленный анализ вариации последовательности во всех последовательностях IRD; также позволяет пользователям вычислять степень вариации последовательности в заданных пользователем последовательностях
  • Праймеры / зонды для ПЦР: предоставляет репозиторий часто используемых праймеров для идентификации вируса гриппа и вычисляет полиморфизм всех связанных последовательностей IRD в положениях праймеров.
  • Дизайн праймеров для ПЦР: позволяет проектировать праймеры для ПЦР для IRD и пользовательских последовательностей
  • Аннотация последовательности: определяет тип вируса гриппа предоставленной пользователем нуклеотидной последовательности, номер сегмента и подтип (для сегментов 4 и 6) и переводит нуклеотидную последовательность
  • Классификация клада HPAI H5N1: предсказывает кладу высокопатогенных последовательностей НА H5
  • ReadSeq: преобразование между различными форматами последовательностей
  • Инструмент для отправки данных: позволяет пользователям отправлять последовательности гриппа, характеристики последовательностей и экспериментальные данные онлайн.
  • Инструменты внешнего анализа: отображает список и описание сторонних инструментов для более специализированного анализа.
  • Personal Workbench для сохранения и обмена данными и анализа

Рекомендации

  1. ^ IRD База данных исследований гриппа BRC
  2. ^ Сквайрс, Р. Б., Норонья, Дж., Хант, В. и др. База данных исследований гриппа: интегрированный биоинформатический ресурс для исследований и эпиднадзора за гриппом. Другие респираторные вирусы гриппа. (2012) 6 (6): 404–416. DOI: 10.1111 / j.1750-2659.2011.00331.x
  3. ^ Сквайрс Б., Маккен К., Гарсия-Састре А. и др. BioHealthBase: информационная поддержка для выяснения взаимодействий и вирулентности вируса гриппа "хозяин-патоген". Nucleic Acids Res. (2008) 36 (приложение 1): D497-D503. DOI: 10.1093 / nar / gkm905
  4. ^ а б Noronha, J.M., Liu, M., Squires, R.B., et al. Анализ типа варианта признака последовательности гриппа (Flu-SFVT): доказательства роли NS1 в ограничении круга хозяев гриппа. J Virol. (2012) 86 (10): 5857-5866. DOI: 10.1128 / JVI.06901-11

внешняя ссылка