Внутренний цикл - Internal loop

Внутренние петли (также называемые внутренними петлями) в РНК обнаруживаются там, где двухцепочечная РНК разделяется из-за отсутствия Базовая пара Уотсона-Крика-Франклина между нуклеотиды. Внутренние петли отличаются от Стебель-петли поскольку они встречаются в середине участка двухцепочечной РНК. Неканонические остатки приводят к деформации двойной спирали из-за раскручивания, расщепления и перекручивания.

Внутренние петли можно разделить на симметричные и асимметричные, с некоторыми асимметричными внутренними петлями, также известными как выпуклости. Многие важные структурные мотивы состоят из внутренних петель, таких как C-петля,[1]стыковочный локоть,[2]кинк-повороты (k-поворот),[3][4]под прямым углом,[5]петли сарцина / рицина (также называемые мотивами выпуклого G),[6][7][8]завихренный мотив[9]и мотив внутренней петли UAA / GAN.[10]

Рекомендации

  1. ^ Лескут, А; Leontis, NB; Massire, C; Вестхоф, Э (2005). «Повторяющиеся структурные мотивы РНК, матрицы изостеричности и выравнивания последовательностей». Исследования нуклеиновых кислот. 33 (8): 2395–409. Дои:10.1093 / нар / gki535. ЧВК  1087784. PMID  15860776.
  2. ^ Леманн, Дж; Jossinet, F; Готере, Д. (1 мая 2013 г.). «Универсальный структурный мотив РНК, соединяющий локоть тРНК в рибосоме, лидеры РНКазы P и T-бокса». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (10): 5494–502. Дои:10.1093 / nar / gkt219. ЧВК  3664808. PMID  23580544.
  3. ^ Кляйн, Д.Дж. (2001). «Изгиб-поворот: новый мотив вторичной структуры РНК». Журнал EMBO. 20 (15): 4214–4221. Дои:10.1093 / emboj / 20.15.4214. ISSN  1460-2075. ЧВК  149158. PMID  11483524.
  4. ^ Schroeder, KT; McPhee, SA; Уэлле, Дж; Лилли, DM (август 2010 г.). «Структурная база данных для мотивов k-поворотов в РНК». РНК. 16 (8): 1463–8. Дои:10.1261 / rna.2207910. ЧВК  2905746. PMID  20562215.
  5. ^ Грабов, WW; Zhuang, Z; Суонк, ЗН; Shea, JE; Jaeger, L (23 ноября 2012 г.). «Мотив прямого угла (RA): преобладающий структурный образец рибосомной РНК, обнаруженный в интронах группы I». Журнал молекулярной биологии. 424 (1–2): 54–67. Дои:10.1016 / j.jmb.2012.09.012. ЧВК  3488136. PMID  22999957.
  6. ^ а б c Szewczak, AA; Мур, ПБ (17 марта 1995 г.). «Петля сарцин / рицин, модульная РНК». Журнал молекулярной биологии. 247 (1): 81–98. Дои:10.1006 / jmbi.1994.0124. PMID  7897662.
  7. ^ Leontis, NB; Вестхоф, Е. (30 октября 1998 г.). «Общий мотив организует структуру многоспиральных петель в 16 S и 23 S рибосомных РНК». Журнал молекулярной биологии. 283 (3): 571–83. Дои:10.1006 / jmbi.1998.2106. PMID  9784367.
  8. ^ Мур ПБ (1999). «Структурные мотивы в РНК». Анну. Преподобный Biochem. 68: 287–300. Дои:10.1146 / annurev.biochem.68.1.287. PMID  10872451.
  9. ^ а б Чжун, С; Zhang, S (февраль 2012 г.). «Кластеризация структурных мотивов РНК в рибосомных РНК с использованием вторичного структурного выравнивания». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (3): 1307–17. Дои:10.1093 / nar / gkr804. ЧВК  3273805. PMID  21976732.
  10. ^ а б Ли, JC; Гутелл, Р.Р .; Russell, R (28 июля 2006 г.). «Мотив внутренней петли UAA / GAN: новый структурный элемент РНК, который формирует поперечно-цепочечный стек AAA и дальнодействующие третичные взаимодействия». Журнал молекулярной биологии. 360 (5): 978–88. Дои:10.1016 / j.jmb.2006.05.066. PMID  16828489.

Смотрите также