LONI Pipeline - LONI Pipeline
 | Похоже, что один из основных авторов этой статьи тесная связь со своим предметом. (Октябрь 2018 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
 | Эта статья могли быть созданы или отредактированы в обмен на нераскрытые платежи, нарушение Википедии Условия эксплуатации. (Октябрь 2018 г.) |
 | |
 Трубопроводная среда | |
| Разработчики) | Самуэль Хобель |
|---|---|
| Стабильный выпуск | 7.0.3 / 3 марта 2020 г. |
| Написано в | Ява |
| Операционная система | Linux, Mac OS X, Майкрософт Виндоус |
| Тип | Система научного документооборота, Среды обработки рабочего процесса |
| Лицензия | Лицензия LONI |
| Интернет сайт | трубопровод |
В LONI Pipeline это бесплатная распределенная система для разработки, выполнения, мониторинга и обмена научными рабочие процессы[1][2] на сеточные вычисления архитектуры. Pipeline позволяет пользователям подключать и запускать любое количество различных программных инструментов, а также удобно визуализировать и загружать результаты.
В отличие от другие среды обработки рабочего процесса, Pipeline не требует, чтобы новые инструменты и службы включали или создавали на основе основных библиотек Pipeline. Среда конвейера ссылается на все данные, сервисы и инструменты как на внешние объекты. Это позволяет конвейеру работать как облегченное промежуточное программное обеспечение, но в то же время ограничивает область его приложений. Например, конвейер не предоставляет набор внутренних базовых библиотек, фильтров и процессов для элементарной обработки изображений (например, добавления изображений). Все инструменты, необходимые для выполнения протокола анализа, сначала должны быть созданы как внешние автономные приложения или службы, методы интерфейса которых затем описываются на языке Pipeline XML. Пользователи могут подключиться к серверу LONI Cranium, чтобы получить быстрый доступ к широкому спектру готовых программных приложений, таких как FSL, AFNI, и FreeSurfer уже описаны в XML как модули и рабочие процессы. Pipeline позволяет пользователям создавать новые описания рабочих процессов, редактировать существующие и делиться своей работой с другими.
Типичные установки конвейерного сервера включают набор основных ресурсов, доступных всем пользователям, имеющим доступ к определенному серверу, однако разные серверы будут иметь разные наборы определений модулей по умолчанию и групп модулей (конвейеров). Предыдущий выпуск (версия 5) LONI Pipeline[3] предоставил механизм для интеграции разнородных и несовместимых данных, включая изображения, клинические карты и демографические метаданные.
У конвейера LONI есть сотни пользователей в самых разных областях (например, геномика,[4] нейровизуализация,[5] и Биомедицинская информатика[6]) от академических институтов по всему миру.
Функции
Pipeline имеет кроссплатформенную совместимость и возможность подключения вашего локального клиента к удаленному серверу для выполнения обработки и анализа в других операционных системах.
Pipeline предоставляет разработчикам возможность создавать свои собственные плагины для взаимодействия с различными менеджерами сетей. Пакет Pipeline по умолчанию включает плагины JGDIPlugin и DRMAAPlugin, созданные для Sun Grid Engine, но они могут работать с Oracle Grid Engine, Univa Grid Engine или Son of Grid Engine. Оба плагина размещаются в каталоге gridplugins, который находится в каталоге dist в установленном пакете Pipeline. Все дополнительные плагины, которые вы хотите использовать, можно загрузить отдельно.
Библиотека конвейеров предоставляет пользователям доступ к сотням предустановленных решений нейровизуализации, включая данные, модули и рабочие процессы, которые регулярно обновляются.
Другими неотъемлемыми характеристиками LONI Pipeline являются:
- Распределенная клиент-серверная и независимая от платформы вычислительная инфраструктура
- Надежная, асинхронная и безопасная обработка данных
- Автоматическое и интеллектуальное преобразование формата данных
- Локальный и удаленный файловый браузер
- Модули обработки изображений и метаданных
- Условные и повторяющиеся модули
- Подробная система преобразования параметров
- Запустить клиент из веб-браузера через Pipeline Web Start
Разработчики
Подарок:
- Самуэль Хобель
Прошлое:
- Денис Троцкий
- Дэвид Рекс
- Майкл Пэн
- Селия Чунг
- Камен Лозев
- Цзя-Вэй Там
- Чжичжун Лю
- Вэй Ян
- Петрос Петросян
- Араш Паян
- Иво Динов
Смотрите также
- Лаборатория нейровизуализации
- Система научного документооборота Kepler
- Верстак Таверна
- Системы управления рабочим процессом биоинформатики
Рекомендации
- ^ Рекс Д. Э., Ма Д. К. и Тога А. В. (2003). «Среда обработки трубопровода LONI». Neuroimage, 19 (3), 1033-48.
- ^ Рекс Д. Э., Шаттак Д. В., Вудс Р. П., Нарр К. Л., Людерс Э., Рем К., Штольцнер С. Е., Роттенберг Д. Е. и Тога А. В. (2004). «Мета-алгоритм извлечения мозга при МРТ». NeuroImage, 23 (2), 625–637
- ^ Динов И.Д., Лозев К., Петросян П., Лю З., Эггерт П., Пирс, Дж., Заманян, А., Чакрапани, С., Ван Хорн, Дж. Д., Паркер, Д.С., Магсипок, Р., Люнг, К., Гутман, Б., Вудс, РП, Тога, АВ. (2010). «Планы исследования нейровизуализации, вычислительный анализ и анализ данных с использованием конвейера LONI». PLoS ONE 5 (9): e13070. Дои:10.1371 / journal.pone.0013070.
- ^ Торри, Ф., Динов, И.Д., Заманян, А, Хобель, С., Дженко, А, Петросян, П., Кларк, А.П., Лю, З, Эггерт, П., Пирс, Дж., Ноулз, Дж. А., Эймс, Дж., Кессельман , С., Тога, А.В., Поткин, С.Г., Воутер, М.П., Маккарди, Ф. (2012) Анализ последовательностей следующего поколения и вычислительная геномика с использованием рабочих процессов графического конвейера, Гены, 3 (3): 545-575; DOI: 10.3390 / genes3030545.
- ^ Woo MS, Dinov, ID, Hobel, S, Zamanyan, A, Choi, YC, Thompson, PM, Toga, AW и Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) (2015) Структурные изменения мозга у субъектов с ранним началом болезни Альцгеймера с использованием LONI Трубопроводная среда. Journal of Neuroimaging., В печати. DOI: 10.1111 / jon.12252
- ^ Тога В.А., Динов ИД. (2015) Совместное использование больших биомедицинских данных. Журнал больших данных., 2 (7): 1-12. DOI: 10.1186 / s40537-015-0016-1.