LiSiCA - Википедия - LiSiCA

LiSiCA
Разработчики)Insilab (Национальный институт химии Словении)
изначальный выпуск2015; 5 лет назад (2015)
Написано вPython
Операционная системаUnix-подобный, Windows
Типплагин
Интернет сайтинсилаб.org/ lisica/

LiSiCA (ЛиGand Siсхожесть с использованием Cжидкость Аlgorithm) представляет собой программное обеспечение виртуального скрининга на основе лигандов, которое ищет 2D- и 3D-сходства между эталонным соединением и базой данных целевых соединений, которая должна быть представлена ​​в формате Mol2. Сходства выражаются с помощью Коэффициенты Танимото и соответственно ранжируются целевые соединения. LiSiCA также доступен как LiSiCA. PyMOL плагин для операционных систем Linux и Windows.

Описание

В качестве входных данных для LiSiCA требуется как минимум одно эталонное соединение и база данных целевых соединений. Для трехмерного скрининга эта база данных должна быть предварительно созданной базой данных конформаций мишени, а для двумерного скрининга - топологией, то есть списком атомов и связей для каждого целевого соединения. На каждом этапе алгоритм сравнивает эталонное соединение с одним из соединений из целевых соединений на основе их 2D или 3D представления. Оба соединения (молекулы) преобразуются в молекулярные графы. В 2D и 3D просмотре вершины молекулярного графа представляют собой атомы. В 2D-экранировании ребра молекулярного графа представляют собой ковалентные связи, а в 3D-экранировании рёбра рисуются между каждой парой вершин и не имеют химического значения. Затем выполняется поиск графа продукта, созданного на основе молекулярных графов, с помощью быстрого алгоритм максимальной клики[1][2] найти самую большую субструктуру, общую для обоих соединений. Сходство между соединениями рассчитывается с использованием коэффициентов Танимото, а целевые соединения ранжируются в соответствии с их коэффициентами Танимото.

Обзор возможностей

Пример 2D-скрининга с плагином LiSiCA PyMOL.
Пример 3D скрининга с плагином LiSiCA PyMOL.

LiSiCA может искать 2D и 3D сходства между эталонным соединением и базой данных целевых соединений. Он принимает в качестве входных данных по крайней мере одно эталонное соединение и базу данных целевых соединений. По умолчанию он возвращает только соединение, наиболее близкое к эталонному соединению из всех соединений в базе данных целевых соединений. Другие необязательные параметры, которые использует LiSiCA:

  • Количество используемых потоков ЦП
    Значение по умолчанию: по умолчанию - попытаться определить количество процессоров и использовать их все или, в противном случае, использовать 1
  • Размер диаграммы продукта
    Возможный ввод: 2, 3
    Значение по умолчанию: 2
  • Максимально допустимая разница пространственных расстояний между атомами для трехмерного графика продукта, измеренная в ангстремах
    Значение по умолчанию: 1.0
  • Максимально допустимая разница кратчайших путей для двухмерного графа продукта, измеренная в количестве ковалентных связей между атомами
    Значение по умолчанию: 1
  • Учитывайте водород
    Значение по умолчанию: False
  • Количество молекул с наивысшим рейтингом для записи в вывод
    Значение по умолчанию: 0
  • Максимально допустимое количество выводимых конформ с наивысшей оценкой
    Значение по умолчанию: 1

Кроме того, плагин LiSiCA PyMOL также предлагает загружать сохраненные результаты.

История

  • Программное обеспечение LiSiCA (март 2015 г.) [3]
  • Плагин LiSiCA PyMOL (март 2016 г.) [4]

Интересен тот факт

Слово lisica в Словенский язык означает лису, поэтому логотип программного обеспечения LiSiCA - лиса, держащая две молекулы.

использованная литература

  1. ^ Янез Конц; Душанка Янезич (2007). «Улучшенный алгоритм ветвей и границ для задачи максимальной клики» (PDF). MATCH-коммуникации в математической и компьютерной химии. 58 (3): 569–590.
  2. ^ Матяз Деполли; Янез Конц; Кати Розман; Роман Тробец; Душанка Янежич (2013). «Точный параллельный алгоритм максимальной клики для общих и белковых графов». Журнал химической информации и моделирования. 53 (9): 2217–2228. Дои:10.1021 / ci4002525. PMID  23965016.
  3. ^ Само Лешник; Таня Штулар; Борис Брус; Дамиджан Кнез; Станислав Гобец; Душанка Янежич; Янез Конц (2015). «LiSiCA: программное обеспечение для виртуального скрининга на основе лигандов и его применение для обнаружения ингибиторов бутирилхолинэстеразы». Журнал химической информации и моделирования. 55 (8): 1521–1528. Дои:10.1021 / acs.jcim.5b00136. PMID  26158767.
  4. ^ Атира Дилип; Само Лешник; Таня Штулар; Душанка Янежич; Янез Конц (2016). «Интерфейс виртуального скрининга на основе лигандов между PyMOL и LiSiCA». Журнал химинформатики. 8 (46): 46. Дои:10.1186 / s13321-016-0157-z. ЧВК  5013575. PMID  27606012.

внешние ссылки