Марк А. Сушард - Marc A. Suchard

Марк Адам Сушард (родился 23 декабря 1972 года в Калифорнии)[нужна цитата ] американский статистик. Он является профессором кафедры биоматематики и генетики человека в Школа медицины Дэвида Геффена в UCLA[1] и на кафедре биостатистики Школы общественного здравоохранения им. Филдинга Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе.[1] Он был избран Член Американской статистической ассоциации в 2012,[2] и он получил Премия президентов COPSS в 2013.[3]

Избранные публикации

  • Suchard, M.A., Weiss, R.E., & Зиншеймер, Дж. С. (2001). Байесовский отбор эволюционных моделей цепей Маркова с непрерывным временем. Молекулярная биология и эволюция, 18 (6), 1001-1013.[4]
   Ayres DL, Darling A, Zwickl DJ, Beerli P, Holder MT, Lewis PO, Huelsenbeck JP, Ronquist F, Swofford DL, Cummings MP, Rambaut A и Suchard MA. BEAGLE: интерфейс прикладного программирования и библиотека высокопроизводительных вычислений для статистической филогенетики. Систематическая биология, в печати
   Crawford FW, Suchard MA. Вероятности перехода для общих процессов рождения и смерти с приложениями в экологии, генетике и эволюции. Журнал математической биологии, в печати.
   Bielejec F, Rambaut A, Suchard MA, Lemey P. SPREAD: пространственная филогенетическая реконструкция эволюционной динамики. Биоинформатика, в печати.
   Weiss RE, Jia J, Suchard MA. Байесовская модель для общих эффектов нескольких предикторов на смешанные исходы. Интерфейс Focus, в прессе.
   Фариа Н.Р., Сушард М.А., Абекасис А., Соуза Д.Д., Ндемби Н., Камачо Р.Дж., Вандамм А.М., Лемей П. Филодинамика клады ВИЧ-1 CRF02_AG в Камеруне. Инфекция, генетика и эволюция, в печати.
   Эдвардс К.Дж., Сушард М.А., Лемей П., Уэлч Дж. Дж., Барнс И., Фултон Т.Л., Барнетт Р., О'Коннелл Т.С., Коксон П., Монаган Н., Вальдиосера С.Е., Лоренцен Э.Д., Виллерслев Е., Барышников Г.Ф., Рамбаут А., Томас М.Г., Брэдли Д.Г., Шапиро Б. Древняя гибридизация и ирландское происхождение современного матрилина белого медведя. Current Biology, 21, 1251-1258, 2011.
   Нельсон М.И., Лемей П., Тан И., Винсент А., Лам TTY, Детмер С., Вибоуд С., Сушард М.А., Рамбаут А., Холмс Е.С., Грамер М. Пространственная динамика вируса гриппа H1 человеческого происхождения у североамериканских свиней. PLoS Pathogens, e1002077, 2011.
   Чжоу Х., Ланге К. и Сушард М.А. Блоки графической обработки и многомерная оптимизация. Статистическая наука, 25, 311-324, 2010 г.
   Том Дж., Синсхаймер Дж. С. и Сушард М. А.. Повторное использование, переработка, повторное взвешивание: борьба с гриппом с помощью эффективных последовательных байесовских вычислений для массивных данных. Анналы прикладной статистики, 4, 1722-1748, 2010
   Huelsenbeck JP, Alfaro ME, Suchard MA. Филогенетические модели, вдохновленные биологией, значительно превосходят модель отсутствия общего механизма. Систематическая биология, 60, 225-232, 2011
   Эдо-Матас Д., Лемей П., Том Дж. А., Серна-Болеа С., ван ден Блинк А. Э., ван'т Вут А. Б., Schuitemaker H, Сушард М.А. Влияние генетического фона хозяина CCR5delta32 и прогрессирование заболевания на эволюционные процессы ВИЧ-1 внутри хозяина: эффективное тестирование гипотез с помощью иерархических филогенетических моделей. Молекулярная биология и эволюция, 28, 1605-1616, 2011.
   Грей Р.Р., Татем А.Дж., Джонсон Дж.А., Алексеенко А.В., Пибус О.Г., Сушард М.А., Салеми М. Байесовская филогенетика бактериальных геномов: вывод о пандемическом распространении метициллин-резистентного Staphylococcus aureus ST239. Молекулярная биология и эволюция, 28, 1593-1603, 2011
   Шапиро Б., Хо SYW, Драммонд А.Дж., Сушард М.А., Пибус О.Г., Рамбо А. Байесовский филогенетический метод для оценки неизвестного возраста последовательностей. Молекулярная биология и эволюция, 28, 879-887, 2011
   Огюст А.Дж., Лемей П., Пибус О.Г., Сушард М.А., Салас Р.А., Адесиюн А.А., Барретт А.Д., Теш Р.Б., Уивер С.К., Кэррингтон CV. Поддержание вируса желтой лихорадки на Тринидаде и его распространение по всей Америке. Журнал вирусологии, 84, 9967-9977, 2010.
   Талби С., Лемей П., Сушард М.А., Абделатиф Е., Джалал Н., Эчеваррия Дж. Э., Морон С. В., Рамбаут А., Кампиз Н., Татем А. Дж., Холмс Е. К., Бурхи Х. Филодинамика и опосредованное человеком распространение зоонозного вируса. PLoS Pathogens, 6, e1001166, 2010 г.
   Блумквист Э. У., Лемей П., Сушард М. А.. Три дороги разошлись? Пути к филогеографическим выводам. Тенденции в экологии и эволюции, 25, 626-632, 2010
   Драммонд AJ и Suchard MA. Байесовские случайные локальные часы или одна скорость, чтобы управлять ими всеми. BMC Biology, 8, 114, 2010 г.
   Ши Б., Китчен CMR, Вайзер Б., Майерс Д., Фоли Б., Кимдар К., Анастос К., Сушард М.А., Паркер М., Бруннер С., Бургер Х. Эволюция и рекомбинация генов, кодирующих лекарственную устойчивость ВИЧ-1 и тропизм во время антиретровирусной терапии. Вирусология, 404, 5-20, 2010
   Лемей П., Рамбаут А., Уэлч Дж. Дж. И Сушард М.А. Филогеография - это расслабленное случайное блуждание в непрерывном пространстве и времени. Молекулярная биология и эволюция, 27, 1877–1885.
   Ферт С., Китчен А, Шапиро Б., Сушард М.А., Холмс Е.К. и Рамбо А. Использование данных с временной структурой для оценки темпов эволюции двухцепочечных ДНК-вирусов. Молекулярная биология и эволюция, 27, 2038-2051, 2010
   Suchard MA, Wang Q, Chan C, Frelinger J, Cron A и West M. Понимание программирования на GPU для статистических вычислений: исследования в массивно-параллельных массивных смесях. Журнал вычислительной и графической статистики, 19, 418-438, 2010
   Кампос П.Ф., Виллерслев Е., Шер А., Орландо Л., Аксельссон Е., Тихонов А., Аарис-Соренсен К., Гринвуд А., Калке Р.Д., Косинцев П., Крахмальная Т., Кузнецова Т., Лемей П., Макфи Р., Норрис К.А., Шеперд К., Suchard MA, Zazula GD, Shapiro B, Gilbert MTP. Анализ древней ДНК исключает людей как движущую силу позднеплейстоценовой динамики популяции овцебыков (Ovibos moschatus). Труды Национальной академии наук США, 107, 5675-5680, 2010
   Беннетт С.Н., Драммонд А.Дж., Капан Д.Д., Сушард М.А., Муньос-Йордан Дж.Л., Пибус О.Г., Холмс Э.С. и Габлер DJ. Динамика эпидемии выявлена ​​в эволюции денге. Молекулярная биология и эволюция, 27, 811-818, 2010
   Блумквист EW и Suchard MA. Объединение вертикальной и невертикальной эволюции: структура на основе стохастической ARG. Систематическая биология, 59, 27 - 41, 2010
   Лемей П., Рамбо А., Драммонд А. Дж. И Сушард М. А.. Байесовская филогеография находит свои корни. PLoS Computational Biology, 5, e1000520, 2009 г.
   Лян LJ, Weiss RE, Redelings B и Suchard MA. Улучшение филогенетического анализа за счет включения дополнительной информации из баз данных генетических последовательностей. Биоинформатика, 25, 2530 - 2536, 2009
   Сушард М.А., Рамбаут А. Многоядерные алгоритмы статистической филогенетики. Биоинформатика, 25, 1370-1376, 2009.
   О'Брайен Дж. Д., Минин В. Н. и Сушард М. А.. Учимся считать: надежные оценки обозначенных расстояний между молекулярными последовательностями. Молекулярная биология и эволюция, 26, 801-814, 2009.
   Драммонд AJ и Suchard MA. Полностью байесовские тесты нейтральности с использованием сводной генеалогической статистики. BMC Evolutionary Biology, 9, 68, 2008.
   Макбрайд AJ, Cerqueira GM, Suchard MA, Moreira AN, Zuerner RL, Reis MG, Haake DA, Ko AI и Dellagostin OA. Консервация последовательности лептоспиральных иммуноглобулиноподобных (Lig) генов у патогенных Leptospria spp. Инфекция, генетика и эволюция, в печати.
   Блумквист EW, Дорман KS и Suchard MA. Сводные братья: установление частично общих предков среди рекомбинантных вирусных последовательностей. Биостатистика, 10, 106-120, 2009.
   Кухня CMR, Маркони В., Курицкес Д., Блумквист Е.В., Дикс С.Г. и Сушард М.А. Двусторонние байесовские иерархические филогенетические модели: приложение к совместной эволюции gp120 и gp41 во время частичных перерывов в лечении энфувиртидом. Вычислительная статистика и анализ данных, 53, 766-775, 2009.
   Минин В.Н., Сушард М.А. Быстрое, точное стохастическое отображение без моделирования. Философские труды Королевского общества, серия B, 363, 3985-3995, 2008.
   Алексеенко А., Ли С. и Сушард М.А. Вагнер и Долло: стохастический дуэт из двух скудных соло. Систематическая биология, 57, 772-784, 2008.
   О'Брайен JD, She ZA и Suchard MA. Датирование времени расхождения вирусных подтипов. BMC Evolutionary Biology, 8, 172, 2008.
   Минин В.Н., Блумквист Э.В., Сушард М.А. Плавная поездка по суровому горизонту: Байесовский коалесцентный вывод динамики населения Молекулярная биология и эволюция, 25, 1459-1471, 2008.
   Ferreira MAR и Suchard MA. Байесовский анализ прошедшего времени в цепях Маркова с непрерывным временем. Канадский статистический журнал, 26, 355-368, 2008.
   Suchard MA, Lange K и Sinsheimer JS. Эффективность продукции белка из мРНК. Журнал статистической теории и практики, 2, 173-182, 2008.
   Wong KM, Suchard MA и Huelsenbeck JP. Неопределенность совмещения и геномный анализ. Наука, 319, 473-476, 2008.
   Минин В.Н., Сушард М.А. Подсчет помеченных переходов в марковских моделях эволюции с непрерывным временем. Журнал математической биологии, 56, 391-412, 2008.
   Су Ф, Ланг Дж., Кумар А., Нг К., Се Б., Сушард М.А., Редди С.Т. и Фариас-Эйснер Р. Валидация кандидатов на биомаркеры рака яичников для раннего выявления. Biomarkers Insight, 2, 367-375, 2007.
   Стивенсон Б., Чой Х.А., Пинне М., Ротонди М.Л., Миллер М.К., ДеМолл Э., Крайчи П., Колли А.Э., Кремер Т.П., Сушард М.А., Бристти Калифорния, Верма А. и Хааке Д.А. Эндостатин-подобные белки внешней мембраны Leptospira interrgans связывают фибронектин хозяина, ламинин и регуляторы комплемента. PLoS ONE, 2, e1188, 2007.
   Stanczak CM, Chen Z, Nelson SF, Suchard MA, McCabe ERB и McGhee S. Репрезентативный анализ олгионуклеотидных микрочипов (ROMA) и сравнение методов анализа с биннингом и точками изменения: применение для обнаружения симдрона del22q11.2 (DiGeorge). Human Mutation, 29, 176-181, 2007.
   Seeram NP, Aronson WJ, Zhang Y, Henning SM, Moro A, Lee R, Sartippour M., Harris DM, Rettig MB, Suchard MA, Pantuck AJ, Belldegrun A и Heber D. Метаболиты, полученные из эллагитаннина граната, подавляют рост рака простаты и локализуются в предстательная железа мыши. Журнал сельского хозяйства и пищевой химии, 55, 7732-7737, 2007.
   Huelsenbeck JP и Suchard MA. Непараметрический метод учета и тестирования вариаций скорости на разных площадках. Систематическая биология, 56, 975-987, 2007.
   Ределинг Б.Д. и Сушард М.А. Включение нестандартной информации в оценку филогенеза быстро возникающих патогенов. BMC Evolutionary Biology, 7, 40, 2007.
   Минин В.Н., Дорман К.С., Фанг Ф. и Сушард М.А. Филогенетическое картирование горячих точек рекомбинации в вирусе иммунодефицита человека с помощью пространственно сглаженных процессов изменения точек. Генетика, 175, 1773-1785, 2007.
   Fang F, Ding J, Minin VN, Suchard MA и Dorman KS. cBrother: ослабление допущений родительского дерева для обнаружения байесовской рекомбинации. Биоинформатика, 23, 507-508, 2007.
   Liao JC, Mastali M, Li Y, Gau V, Suchard MA, Babbitt J, Gornbein G, Landaw EM, McCabe ERB, Churchill BM и Haake DA. Разработка усовершенствованного электрохимического ДНК-биосенсора для обнаружения бактериальных патогенов. Журнал молекулярной диагностики, 9, 158-168, 2007.
   Guo H, Weiss RE, Gu X и ​​Suchard MA. Квадрат времени: повторные измерения филогенеза. Молекулярная биология и эволюция, 24: 353-362, 2007.
   Кухня CMR, Лу Дж., Сушард М.А., Хох Р., Мартин Дж. Н., Курицкес Д. Р. и Дикс С. Г.. Продолжение эволюции gp41 после прекращения приема энфувиртида у субъектов с запущенным заболеванием ВИЧ-1. Исследования СПИДа и ретровирусы человека, 22: 1260-1266, 2006.
   Сирам Н.П., Хеннинг С.М., Адамс Л.С., Чжан Й., Сушард М.А., Ли З. и Хебер Д. Метаболиты эллагитаннинов гранатового сока присутствуют в плазме крови человека, а некоторые сохраняются в моче до 48 часов. Журнал питания, 136: 2481-2485, 2006.
   Сушард М.А. и Ределингс Б.Д. Бали-Фи: одновременная байесовская оценка выравнивания и филогении. Биоинформатика, 22: 2047-2048, 2006.
   Milane MS, Suchard MA, Wong M-L и Licinio J. Моделирование временных моделей назначения флуоксетина и количества самоубийств в Соединенных Штатах. PLoS Medicine, 3: e190, 2006.
   Liao JC, Mastali M, Gau V, Suchard MA, Moeller AK, Bruckner DA, Babbitt JT, Li Y, Gornbein J, Landaw EM, McCabe ERB, Churchill BM и Haake DA. Использование электрохимических ДНК-биосенсоров для быстрой молекулярной идентификации уропатогенов в клинических образцах мочи. Журнал клинической микробиологии, 44: 561-570, 2006.
   Минин В.Н., Дорман К.С., Фанг Ф. и Сушард М.А. Модель с двумя множественными точками изменения приводит к более точному обнаружению рекомбинации. Биоинформатика, 21: 3034-3042, 2005.
   Suchard MA, Weiss RE и Sinsheimer JS. Модели для оценки байесовских факторов с приложениями к филогении и тестам монофилии. Биометрия, в печати.
   Suchard MA. Стохастические модели горизонтального переноса генов: случайное блуждание по пространству дерева. Генетика, 170: 419-431, 2005.
   Ределинг Б.Д. и Сушард М.А. Совместная байесовская оценка выравнивания и филогении. Систематическая биология, 2005.
   Vongtama R, Lee M, Kim B, Sercarz J, Lin K, Suchard MA, Lee SP, Guillard G. Ранняя узловая реакция как предиктор необходимости функционального рассечения шеи, The Cancer Journal, In press.
   Кухня CMR, Philpott S, Burger H, Weiser B, Anastos K и Suchard MA. Эволюция использования корецепторов вируса иммунодефицита человека типа 1 во время антиретровирусной терапии: байесовский подход, Journal of Virology, 78: 11296-11302, 2004
   Йилдиз Б.О., Сушард М.А., Велдхейс Д.Д., Вонг М.Л., Макканн С.М. и Личино Дж. Изменения в динамике циркулирующего грелина, адипонектина и лептина при ожирении человека, Труды Национальной академии наук, США, 101: 10435-10439, 2004.
   Хааке Д.А., Сушард М.А., Келли М.М., Дунду М., Альт Д.П. и Цуэрнер Р.Л. Молекулярная эволюция и мозаицизм белков внешней мембраны лептоспиралов включает горизонтальный перенос ДНК, Journal of Bacteriology, 186: 2818-2828, 2004
   Suchard JR, Suchard MA и Steinfeldt JL. Знания врачей о травяных отравлениях и нежелательных лекарственных взаимодействиях, European Journal of Emergency Medicine, 11: 193-197, 2004.
   Sinsheimer JS, Suchard MA, Dorman KS, Fang F и Weiss RE. Ты моя мама? Байесовские филогенетические модели для обнаружения рекомбинации среди предполагаемых родительских штаммов, Applied Bioinformatics 2: 131-144, 2003.
   Suchard MA, Kitchen CMR, Sinsheimer JS и Weiss RE. Иерархические филогенетические модели для анализа данных, состоящих из нескольких частей, Systematic Biology 52: 649-664, 2003.
   Параскевис Д., Леми П., Салеми М., Сушард М., Ван дер Пир Й. и Вандам А. Анализ эволюционных отношений последовательностей ВИЧ-1 и SIVcpz с использованием байесовского вывода: последствия для происхождения ВИЧ-1, молекулярная биология и эволюция 20 : 1986–1996, 2003.
   Suchard MA, Weiss RE, Sinsheimer JS, Dorman KS, Patel M и McCabe ERB. Эволюционное сходство генов, Журнал Американской статистической ассоциации 98: 653-662, 2003.
   D'Orsogna MR, Suchard MA и Chou T. Взаимодействие механизмов хемотаксиса и хемокинеза в бактериальной динамике, Physical Review E 68, 021925, 2003.
   Suchard MA, Weiss RE, Dorman KS и Sinsheimer JS. Выявление пространственной филогенетической изменчивости по нуклеотидным последовательностям: модель множественных точек изменения, Журнал Американской статистической ассоциации 98: 427-437, 2003.
   Suchard MA, Weiss RE и Sinsheimer JS. Тестирование молекулярных часов без внешней группы: вывод индуцированных априорных значений ограничений длины ветвления в байесовской структуре, Systematic Biology 52: 48-54, 2003.
   Чан Дж. Л., Блюхер С., Яннакурис Н., Сушард М. А., Кратч Дж. И Манцорос К. С.. Регулирование уровней циркулирующих растворимых рецепторов лептина по полу, ожирению, половым стероидам и лептину: наблюдательные и интервенционные исследования на людях. Диабет 51: 2105-2112, 2002.
   Suchard MA, Weiss RE, Dorman KS и Sinsheimer JS. О брат, где ты? тест на фактор Байеса для рекомбинации с неопределенным наследием, Systematic Biology 51: 715-728, 2002.
   Сушард М.А., Бейли Дж. Н., Элашофф Д. Е. и Синшаймер Дж. С. SNPing Away в генах-кандидатах. Генетическая эпидемиология 21: S643-S648, 2001.
   Mantzoros CS, Ozata M, Negrao AB, Suchard MA и др. Синхронность часто отбираемых концентраций ТТГ и лептина у здоровых взрослых и субъектов с дефицитом лептина: доказательства возможной частичной регуляции ТТГ лептином у людей. Журнал клинической эндокринологии и метаболизма 86: 3284-3291, 2001.
   Suchard MA, Weiss RE и Sinsheimer JS. Байесовский выбор эволюционных моделей цепи Маркова с непрерывным временем, Молекулярная биология и эволюция 18: 1001-1013, 2001.
   Suchard MA. Акромиально-ключичные и плечевые суставы (оригинал), Журнал Американской медицинской ассоциации 285: 2248 и обложка (майский выпуск, выпуск для студентов-медиков), 2001.
   Флехтнер-Морс М., Дитшунейт Т.Д., Джонсон Т.Д., Сушард М.А. и Адлер Г. Метаболические эффекты и влияние на потерю веса долгосрочного диетического вмешательства у пациентов с ожирением: результаты за четыре года. Исследование ожирения 8: 399-402, 2000.
   Читнавис Дж., Синшаймер Дж. С., Сушард М. А., Клипшем К. и Карр А. Дж.. Коксартроз и гонартроз в конечной стадии: этиология, клинические картины и рентгенологические особенности идиопатического остеоартроза. Ревматология 39: 612-619, 2000.
   Бейли Дж. Н., Сушард М. А., Смолли С. Л. и Синшаймер Дж. С.. Поиск гена по взаимодействию с окружающей средой: GXE hunt. Генетическая эпидемиология 17: S491-S496, 1999.
   Сушард М.А., Юдкин П. и Синшеймер Дж. С. Готовы ли врачи общей практики оказывать генетические услуги при распространенных заболеваниях? Журнал генетического консультирования 8: 301-311, 1999.
   Сушард М.А., Юдкин П., Зиншеймер Дж. И Фаулер Г. Взгляды врачей общей практики на генетический скрининг распространенных заболеваний. Британский журнал врачей общей практики 49: 45-46, 1999.
   Deloukas P, et. al. Физическая карта 30 000 генов человека. Science 282: 744-746, 1998.
   Сушард М.А., Хадфилд Р., Эллиот Т. и Кеннеди С. Помимо предоставления информации: Интернет как инструмент исследования в репродуктивной медицине. Репродукция человека 13: 6-7,1998.
   Rose PW и Suchard MA. Важное значение имеет сбор семейного анамнеза в первичной медико-санитарной помощи. Британский медицинский журнал 315: 1306, 1997.
   Сушард М.А., Адамсон С. и Кеннеди С. Пилотные опросы пациентов в Интернете. Британский медицинский журнал 315: 529, 1997.

[5]

Награды

Рекомендации

  1. ^ а б "Профиль исследования UCLA Марка Сушара".
  2. ^ Список стипендиатов ASA, Американская статистическая ассоциация, архивировано с оригинал на 2017-12-01, получено 2017-11-02
  3. ^ а б Получатели премий бывших президентов В архиве 2015-07-01 на Wayback Machine
  4. ^ Марк А. Сушард, Роберт Э. Вайс и Джанет С. Синшаймер (5 февраля 2001 г.). "Байесовский выбор эволюционных моделей цепей Маркова с непрерывным временем". Oxford Journals - Молекулярная биология и эволюция. Получено 2013-08-15.
  5. ^ https://msuchard.faculty.biomath.ucla.edu/
  6. ^ а б "Премия Митчелла | Международное общество байесовского анализа". Международное общество байесовского анализа. Архивировано из оригинал на 2013-08-15. Получено 2013-08-15.
  7. ^ "Марк А. Сушард - Мемориальный фонд Джона Саймона Гуггенхайма". Мемориальный фонд Джона Саймона Гуггенхайма. Архивировано из оригинал на 2013-08-15. Получено 2013-08-15.
  8. ^ «Фонд Альфреда П. Слоана». Physics.rutgers.edu. Получено 2013-08-15.
  9. ^ "Колледжи - Los Angeles Times". Лос-Анджелес Таймс. 1995-01-25. Получено 2013-08-15.