Нудикс гидролаза - Википедия - Nudix hydrolase
| NUDIX | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Структура MT-ADPRase, гидролазы Nudix из Микобактерии туберкулеза | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | NUDIX | ||||||||
| Pfam | PF00293 | ||||||||
| Pfam клан | CL0261 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR000086 | ||||||||
| |||||||||
| NUDIX-подобный | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Кристаллическая структура НАДН-пирофосфатазы (1790429) из кишечная палочка k12 при разрешении 2,20 | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | NUDIX-подобный | ||||||||
| Pfam | PF09296 | ||||||||
| Pfam клан | CL0261 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR015375 | ||||||||
| SCOP2 | 1вк6 / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
Гидролазы Nudix площадь надсемейство гидролитических ферменты способен раскалывать нюклеозид дифосфаты, связанные с Икс (любая часть), отсюда и их название.[1][2][3] Реакция дает нуклеозидмонофосфат (NMP) плюс X-P. Субстраты, гидролизуемые ферментами nudix, содержат широкий спектр органических пирофосфатов, включая нуклеозидные ди- и трифосфаты, динуклеозидные и дифосфоинозитолполифосфаты, нуклеотидные сахара и РНК-кэп с различной степенью специфичности субстрата.[3] Ферменты суперсемейства Nudix обнаружены у всех типов организмов, включая эукариоты, бактерии и археи.[3]
В семействе Nudix есть два компонента: так называемая складка Nudix бета-листа с альфа-спиралями на каждой стороне и мотив Nudix, который содержит каталитические и связывающие металлы аминокислоты. Мотив Nudix - GXXXXXEXXXXXXXREUXEEXGU, где U - изолейцин, лейцин или валин, а X - любая аминокислота. Это образует короткую спираль, которая (обычно) содержит каталитические аминокислоты. Гидролазы Nudix включают Dcp2 из комплекс для снятия крышки, АДФ-рибоза дифосфатаза, MutT, ADPRase, гидролазы Ap4A, RppH и многие другие.[4]
Рекомендации
- ^ Бессман М.Дж., Фрик Д.Н., О'Хэндли С.Ф. (октябрь 1996 г.). «Белки MutT или гидролазы« Nudix », семейство универсальных, широко распространенных ферментов для« уборки дома »». J. Biol. Chem. 271 (41): 25059–62. Дои:10.1074 / jbc.271.41.25059. PMID 8810257.
- ^ Милдван А.С., Ся З., Азурменди Х.Ф. и др. (Январь 2005 г.). «Структуры и механизмы гидролаз Nudix». Arch. Biochem. Биофизы. 433 (1): 129–43. Дои:10.1016 / j.abb.2004.08.017. PMID 15581572.
- ^ а б c McLennan AG (январь 2006 г.). «Надсемейство гидролаз Nudix». Клетка. Мол. Life Sci. 63 (2): 123–43. Дои:10.1007 / s00018-005-5386-7. PMID 16378245.
- ^ Mildvan, A.S .; Xia, Z .; Azurmendi, H.F .; Сарасват, В .; Legler, P.M .; Massiah, M.A .; Gabelli, S.B .; Bianchet, M.A .; и другие. (2005). «Структуры и механизмы гидролаз Nudix». Архивы биохимии и биофизики. 433 (1): 129–143. Дои:10.1016 / j.abb.2004.08.017. PMID 15581572.