ProBiS - Википедия - ProBiS

ProBiS
ProBiS logo.png
Разработчики)Insilab (Национальный институт химии Словении)
изначальный выпуск2010; 10 лет назад (2010)
Написано вC ++, Сценарий Java, PHP
Операционная системаUnix-подобный, Windows
Типвеб сервер, плагин, алгоритм, база данных
Интернет сайтпробис.cmm.ki.si

ProBiS это компьютер программного обеспечения что позволяет предсказывать сайты связывания и соответствующие им лиганды для данной структуры белка. Первоначально ProBiS был разработан как алгоритм ProBiS Янезом Концем и Душанкой Янежич в 2010 году.[1] и теперь доступен как сервер ProBiS, сервер ProBiS CHARMMing, алгоритм ProBiS и плагин ProBiS. Название ProBiS происходит от цели самого программного обеспечения, то есть предсказывать для данного Proструктура Биnding Sиты и соответствующие им лиганды.

Описание

Программное обеспечение ProBiS началось как алгоритм ProBiS, который обнаруживает структурно похожие сайты на поверхности белков путем локального выравнивания структуры поверхности с использованием быстрый алгоритм максимальной клики. За алгоритмом ProBiS последовал сервер ProBiS, который обеспечивает доступ к программе ProBiS, которая обнаруживает сайты связывания белков на основе локальных структурных выравниваний. Доступны два сервера ProBiS: сервер ProBiS и сервер ProBiS CHARMMing. Последний соединяет ProBiS и Очарование Серверы в одну функциональную единицу, которая позволяет прогнозировать комплексы белок-лиганд и позволяет оптимизировать их геометрию и рассчитывать энергию взаимодействия. Сервер ProBiS CHARMMing с этими дополнительными функциями можно использовать только на Национальные институты здоровья, СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. В противном случае он действует как обычный сервер ProBiS. Дополнительно ProBiS PyMOL плагин и ProBiS UCSF Химера плагин. Оба плагина подключаются через Интернет к недавно подготовленной базе данных предварительно рассчитанных сравнений сайтов связывания, что позволяет быстро прогнозировать сайты связывания в существующих белках из банка данных протеинов. Они позволяют просматривать предсказанные сайты связывания и позы лигандов в трехмерной графике.

Инструменты для создания сайтов с белками

Пример вывода программы ProBiS для обнаружения структурно похожих сайтов связывания.
Пример вывода программы ProBiS для попарного выравнивания двух белков.
Обнаружение структурно схожих сайтов связывания
Этот инструмент принимает в качестве входных данных белок запроса или сайт связывания. Алгоритм ProBiS структурно сравнивает запрос независимо от последовательности или свертки с базой данных неизбыточных белковых структур. Результатом этого инструмента является белок трехмерного запроса, окрашенный в зависимости от степени структурной консервативности от синего (несохраняемый) до красного (структурно консервативный) в программе просмотра Jmol и таблица похожих белков.
Попарное локальное структурное выравнивание
Этот инструмент принимает в качестве входных данных два белка или сайта связывания. Алгоритм ProBiS сравнивает структуры на основе геометрии, а также физико-химических свойств и возвращает их локальное структурное выравнивание.
Веб-сервер ProBiS Веб-сервисы RESTful
Веб-сервер ProBiS включает веб-службы RESTful (передача репрезентативного состояния), чтобы сделать сайты привязки и локальные попарные выравнивания для любой структуры белка PDB легко доступными из любого сценария.
Доступ к ProBiS-базе данных
Доступ к базе данных ProBiS можно получить непосредственно с сервера ProBiS (CHARMMing), виджета ProBiS-Database, который можно включить на любую веб-страницу для обеспечения доступа к базе данных ProBiS, или веб-службам RESTful, которые делают доступ к базе данных ProBiS легко из любого сценарий.

История

  • Алгоритм ProBiS для обнаружения структурно похожих сайтов связывания белков путем локального структурного выравнивания (март 2010 г.)[1]
  • ProBiS: веб-сервер для обнаружения структурно похожих сайтов связывания белков (февраль 2010 г.)[2]
  • База данных ProBiS: предварительно рассчитанные сходства сайтов связывания и локальные попарные выравнивания структур Pdb (декабрь 2011 г.)[3]
  • ProBiS - 2012: Веб-сервер и веб-сервисы для обнаружения структурно похожих сайтов связывания в белках (февраль 2012 г.)[4]
  • Parallel-ProBiS: быстрый параллельный алгоритм для локального структурного сравнения белковых структур и сайтов связывания (март 2012 г.)[5]
  • ProBiS-ligands: веб-сервер для предсказания лигандов путем исследования сайтов связывания белков (февраль 2014 г.)[6]
  • ProBiS-Charmming: веб-интерфейс для прогнозирования и оптимизации лигандов на сайтах связывания белков (август 2015 г.)[7]

Рекомендации

  1. ^ а б Янез Конц; Душанка Янежич (2010). «Алгоритм ProBiS для обнаружения структурно похожих сайтов связывания белков путем локального структурного выравнивания». Биоинформатика. 26 (9): 1160–1168. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq100. ЧВК  2859123. PMID  20305268.[постоянная мертвая ссылка ]
  2. ^ Янез Конц; Душанка Янежич (2010). «ProBiS: веб-сервер для обнаружения структурно похожих сайтов связывания белков». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с веб-сервером): W436 – W440. Дои:10.1093 / nar / gkq479. ЧВК  2896105. PMID  20504855.
  3. ^ Томо Чесник; Иоанна Трыковска Конц; Матей Пенка; Душанка Янежич (2012). «База данных ProBiS: предварительно рассчитанные сходства сайтов связывания и локальные попарные совпадения структур Pdb». Журнал химической информации и моделирования. 52 (2): 604–612. Дои:10.1021 / ci2005687. ЧВК  3287116. PMID  22268964.
  4. ^ Янез Конц; Душанка Янежич (2012). «ProBiS - 2012: Веб-сервер и веб-сервисы для обнаружения структурно подобных сайтов связывания в белках» (PDF). Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск веб-сервера): W214–21. Дои:10.1093 / нар / гкс435. ЧВК  3394329. PMID  22600737.
  5. ^ Янез Конц; Матяз Деполли; Роман Тробец; Кати Розман; Душанка Янежич (2012). «Parallel-ProBiS: быстрый параллельный алгоритм для локального структурного сравнения структур белков и сайтов связывания» (PDF). Журнал вычислительной химии. 33 (27): 2199–2203. Дои:10.1002 / jcc.23048. PMID  22718529. S2CID  12067419.
  6. ^ Янез Конц; Душанка Янежич (2014). "ProBiS-ligands: веб-сервер для предсказания лигандов путем исследования сайтов связывания белков". Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Выпуск веб-сервера): W215–20. Дои:10.1093 / нар / gku460. ЧВК  4086080. PMID  24861616.
  7. ^ Янез Конц; Бенджамин Т. Миллер; Таня Штулар; Само Лешник; Х. Ли Вудкок; Бернард Р. Брукс; Душанка Янежич (2015). "ProBiS-Charmming: веб-интерфейс для прогнозирования и оптимизации лигандов в сайтах связывания белков". Журнал химической информации и моделирования. 55 (11): 2308–2314. Дои:10.1021 / acs.jcim.5b00534. PMID  26509288.

внешняя ссылка