Q (программное обеспечение) - Q (software)
| Оригинальный автор (ы) | Йохан Аквист, Джон Марелиус, Пол Бауэр, Линн Камерлин |
|---|---|
| Разработчики) | Команда разработчиков Q в Уппсальский университет, Швеция Упсала Молекюльмеканиска HB |
| изначальный выпуск | 1999 |
| Стабильный выпуск | 6.0 / 2017 |
| Написано в | Фортран |
| Операционная система | Linux, macOS, Windows к Cygwin, любой другой Unix разнообразие |
| Платформа | x86, x86-64 |
| Доступно в | английский |
| Тип | Молекулярная динамика симуляция |
| Лицензия | Открытый исходный код Стандартная общественная лицензия GNU версии 2 (GPLv2 ) |
| Интернет сайт | рентгеновский снимок |
Q это компьютер программного обеспечения пакет для молекулярная динамика (MD) моделирование (текущий выпуск: Q6). В отличие от других кодов MD, с момента своего создания (Marelius et al. 1998) он специализировался на трех конкретных типах вычислений свободной энергии. Эти расчеты основаны на методах: эмпирическая валентная связь (EVB), возмущение свободной энергии (FEP) и энергия линейного взаимодействия (ЛОЖЬ), а также совсем недавно интеграл по путям расчеты с использованием подхода бисекционного квантового классического пути (BQCP).
Методы, на которых специализируется программа, могут возвращать количественные расчеты энергетического баланса, который происходит в белки и нуклеиновые кислоты. Он может дать представление о ключевых проблемах биохимии, таких как энергетические детали частей механизма трансляции в митохондриальных рибосомах (Lind et al. 2013) или детали ферментативных реакций (Mones et al. 2013), среди прочего.
Программа похожа на GROMACS в том, что он не зависит от силового поля, что означает, что он не обеспечивает силового поля, но может использовать общие силовые поля, такие как Очарование, ЯНТАРЬ, OPLS, и ГРОМОС.
Программное обеспечение предоставляет одну главную утилиту для молекулярной динамики, которая называется qdyn, и различные подпрограммы, такие как qprep (для подготовки входных файлов по рентгеновским координатам), qfep (для обработки МД расчетов для УОТ) и другие.
Общая команда для запуска
Общая команда для запуска Q очень похож на другие программы MD, и его синтаксис для динамического прогона следующий:
qdyn inputfile.inp> outputfile.out
qdyn - Это название основной программы, которая запускает динамику.
inputfile.inp - Это текстовый файл, который определяет все параметры программы, такие как продолжительность моделирования и временные шаги, какая температура моделируется и многие другие.
filename.out - Это выходной файл, в котором подробно описаны энергетические результаты. Уровень детализации информации в выходном файле контролируется во входном файле. В результатах делается упор на отчеты о несвязанных взаимодействиях, таких как сила Ван дер Ваальса и электростатика подробно о взаимодействии растворитель, то решение, и взаимодействия между ними.
Смотрите также
Рекомендации
- Марелиус Дж., Колмодин К., Фейерберг И. и Аквист Дж. (1998). "Q: Программа молекулярной динамики для расчетов свободной энергии и эмпирического моделирования валентных связей в биомолекулярных системах", Журнал молекулярной графики и моделирования, 16, 213-225.
- Линд К., Сунд Дж. И Аквист Дж. (2013). «Особенности считывания кодонов митохондриальных факторов высвобождения и прекращение трансляции при нестандартных стоп-кодонах», Nature Communications, 4,2940.
- Монс Л., Танг В. и Флориан Дж. (2013). «Эмпирическое моделирование валентной связи химического механизма превращения АТФ в цАМФ под действием фактора отека сибирской язвы», Биохимия », 52, 2672-2682.