Относительная доступная площадь поверхности - Википедия - Relative accessible surface area

Относительная доступная площадь поверхности или же относительная доступность растворителей (RSA) белкового остатка является мерой воздействие остаточного растворителя. Его можно рассчитать по формуле:

${ displaystyle { text {RSA}} = { text {ASA}} / { text {MaxASA}}}$ ^[1]

где ASA - это доступная для растворителя площадь поверхности а MaxASA - это максимально возможное доступная для растворителя площадь поверхности для остатка.^[1] И ASA, и MaxASA обычно измеряются в ${ Displaystyle { mathrm { AA}} ^ {2}}$.

Чтобы измерить относительную доступность растворителя только для боковой цепи остатка, обычно принимают значения MaxASA, которые были получены для трипептидов Gly-X-Gly, где X - представляющий интерес остаток. Опубликовано несколько шкал MaxASA^[1][2][3]и широко используются (см. таблицу).

В этой таблице недавно опубликованные значения MaxASA (из Tien et al., 2013 г.^[1]) систематически превышают более старые значения (из Миллера и др., 1987 г.^[2] или Rose et al. 1985 г.^[3]). Это несоответствие можно проследить до конформации, в которой трипептиды Gly-X-Gly оцениваются для расчета MaxASA. В более ранних работах использовалась расширенная конформация, при этом углы позвоночника из ${ displaystyle phi = -120 ^ { circ}}$ и ${ displaystyle psi = 140 ^ { circ}}$.^[2][3] Однако Tien et al. 2013^[1] продемонстрировали, что трипептиды в расширенной конформации относятся к наименее подверженным воздействию конформациям. Наибольшие значения ASA постоянно наблюдаются в альфа-спиралях с углами остова около ${ displaystyle phi = -50 ^ { circ}}$ и ${ displaystyle psi = -45 ^ { circ}}$. Tien et al. 2013 рекомендуют использовать свои теоретические значения MaxASA (2-й столбец в таблице), поскольку они были получены из систематического перечисления всех возможных конформаций и, вероятно, представляют собой истинную верхнюю границу наблюдаемого ASA.^[1]

Значения ASA и, следовательно, RSA обычно рассчитываются на основе структуры белка, например, с помощью программного обеспечения DSSP.^[4] Тем не менее, существует также обширная литература, в которой предпринимаются попытки предсказать значения RSA на основе данных последовательности с использованием подходов машинного обучения.^[5][6]

Инструменты прогнозирования

Экспериментальное предсказание RSA - дорогостоящая и трудоемкая задача. В последние десятилетия для прогнозирования RSA было введено несколько вычислительных методов.^[7][8][9]

Рекомендации