Ричард Бонно - Richard Bonneau

Ричард Бонно - американский компьютерный биолог и специалист по данным, чьи основные исследования проводятся в следующих областях: изучение сетей на основе данных функциональной геномики, прогнозирование и проектирование структуры белков и пептиодомиметиков и применение науки о данных в социальных сетях. Профессор Нью-Йоркский университет, он занимает должности в Департаменте биологии, Центре науки о данных и Курантский институт математических наук.

биография

Бонно - руководитель группы системной биологии в центре вычислительной биологии Институт Флэтайрон. В настоящее время он является директором Центр науки о данных Нью-Йоркского университета.

Научная работа

В области предсказания структуры Бонно был одним из первых авторов кода Rosetta, одного из первых кодов, продемонстрировавших способность предсказывать структуру белка в отсутствие гомологии последовательностей.[1][2] Используя IBM Сетка мирового сообщества Чтобы осуществить сворачивание целых протеомов, его группа также применила предсказание структуры к проблеме аннотации генома и протеома.[3][4][5]

Его группа внесла ключевой вклад в области анализа данных геномики, сосредоточив внимание на двух основных областях: 1. методы сетевого вывода, которые раскрывают динамику и топологию на основе данных, и 2. методы, которые изучают зависимые от состояния совместно регулируемые группы на основе интеграции различных геномиков. типы данных.[6]

В 2013 году он и его коллеги из Нью-Йоркского университета начали проект по изучению влияния использования социальных сетей на политические взгляды и участие, применяя методы из ряда академических дисциплин. Проэкт-- Социальные сети и участие в политической жизни (SMaPP) - опирается как на данные опросов, так и на общедоступные данные социальных сетей, чтобы ответить на ряд вопросов, касающихся причинно-следственных процессов, формирующих политическое участие.

Сетевой вывод и системная биология

Вместе с Вестиеном Торссоном, Дэвидом Рейссом и Нитином Балигой он разработал Inferelator и cMonkey, два алгоритма, которые сыграли решающую роль в изучении полногеномной модели Галобактерии регулирующая сеть. Балига и Бонно использовали свою модель для предсказания транскрипционной динамики реакции клетки на новую среду в масштабе всего генома (публикация в Клетка в декабре 2007 г.). Эта работа представляет собой первую полностью управляемую данными реконструкцию регулирующей сети клеток, которая включает изучение кинетических / динамических параметров, а также топологии сети.

Рекомендации

  1. ^ Renfrew PD, Campbell G, Strauss CEM, Bonneau R (2011) Встреча разработчиков Rosetta 2010: прогнозирование макромолекул и дизайн встречает воспроизводимые публикации. PLoS ONE 6 (8): e22431
  2. ^ Renfrew PD, Choi EJ, Bonneau R, Kuhlman B (2012) Включение неканонических аминокислот в Rosetta и использование в расчетном дизайне интерфейса белок-пептид PLoS ONE 7 (3): e32637.
  3. ^ Дрю К., Уинтерс П., Баттерфосс Г.Л., Берстис В., Аплингер К., Армстронг Дж., Риффл М., Швайхофер Э., Боверманн Б., Гудлетт Д.Р., Дэвис Т.Н., Шаша Д., Мальмстрем Л., Бонно Р., Genome Res. 2011 ноя; 21 (11): 1981-94.
  4. ^ Проект сворачивания протеома: предсказание структуры и функции в масштабе протеома (2011) Кевин Дрю, Патрик Винтерс, GlennL. Баттерфосс, Викторс Берстис, Кейт Аплингер, Джонатан Армстронг, Майкл Риффл, Эрик Швайхофер, Билл Боверманн, Дэвид Р. Гудлетт, Триша Н. Дэвис, Деннис Шаша, Ларс Мальмстром и Ричард Бонно. Genome Research, 8 августа 2011 г.)
  5. ^ Бонно, Р., Фаччиотти, М. Т., Рейсс, Д. Д., Мадар А., Балига, Н. С. и др. Прогностическая модель для транскрипционного контроля физиологии в свободно живущей клетке. (2007) Cell. 131 декабрь: 1354-1365
  6. ^ Мария Чиофани, Авив Мадар, Каролина Галан, МакЛин Селларс, Киран Мейс, Флоренсия Паули, Ашиш Агарвал, Венди Хуанг, Кристофер Н. Паркерст, Майкл Мурает, Ким М. Ньюберри, Сара Медоуз, Алекс Гринфилд, Йи Ян, Прети Джайн, Фрэнсис К. Киригин, Кармен Бирчмайер, Эрвин Ф. Вагнер, Кеннет М. Мерфи, Ричард М. Майерс, Ричард Бонно, Дэн Р. Литтман. Cell, 12 октября 2012 г. (том 151, выпуск 2, стр. 289-303)

Прогнозирование структуры

  • Бонно, Р. и Бейкер, Д. (2001). Прогнозирование структуры белка Ab Initio: успехи и перспективы. Анну. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 30, 173-89.
  • Бонно, Р., Дилан Чивиан, Чарли Э.М. Штраус, Кэрол Рол, Дэвид Бейкер. (2002) De Novo Прогнозирование трехмерных структур основных семейств белков. ЖМБ, 322 (1): 65-78.
  • Bonneau R, Baliga NS, Deutsch EW, Shannon P, Hood L. (2004) Комплексное предсказание структуры de novo в контексте системной биологии для архей Halobacterium sp. NRC-1. Геномная биология. 5 (8): Р52-68
  • Майк Боксем, Золтан Малига, Нильс Дж. Клитгорд, На Ли, Ирма Лемменс, Миеко Мана, Лоренцо де Лихтервельде, Джорам Мул, Дидерик ван де Пеут, Максим Девос, Николас Симонис, Анн-Лор Шлайц, Мурат Коколь, Мухаммед А. Йилдирим , Тонг Хао, Чанюй Фан, Ченвэй Линь, Майк Типсворд, Кевин Дрю, Матильда Галли, Кан Рриссорракрай, Дэвид Дрексел, Дэвид Э. Хилл, Ричард Бонно, Кристин К. Гансалус, Фредерик П. Рот, Фабио Пьяно, Ян Тавернье , Сандер ван ден Хеувел, Энтони А. Хайман, Марк Видаль. Интерактомная сеть на основе белковых доменов для раннего эмбриогенеза C. elegans. (2008) Cell, 134 (3) стр. 534 - 545.
  • Андерсен-Ниссен Э., Смит К.Д., Бонно Р., Стронг Р.К., Адерем А. Консервативная поверхность на Toll-подобном рецепторе 5 распознает бактериальный флагеллин. (2007) J Exp Med. 19 февраля; 204 (2): 393-403.

Геномика и системная биология

  • Бонно, Ричард. Изучение биологических сетей: от модулей к динамике. Природа, химическая биология, 4, 658 - 664 (2008)
  • Bonneau R, Reiss DJ, Shannon P, Hood L, Baliga NS, Thorsson V (2006) The Inferelator: процедура для изучения экономных регуляторных сетей из наборов данных системной биологии de novo. Genome Biol. 7 (5): R36.
  • Дэвид Дж. Рейсс, Нитин С. Балига, Бонно Р. (2006) Интегрированная бикластеризация гетерогенных общегеномных наборов данных. BMC Bioinformatics. 7 (1): 280.

внешняя ссылка