ТИГРФАМы - Википедия - TIGRFAMs

ТИГРФАМ это база данных белковые семейства разработан для поддержки ручных и автоматизированных аннотация генома.[1][2][3] Каждая запись включает множественное выравнивание последовательностей и скрытая марковская модель (HMM) построен из расклада. Последовательности, которые превышают определенные пороговые значения HMM данного TIGRFAM, назначаются этому семейству белков и могут иметь соответствующие аннотации.

Нравиться Pfam, TIGRFAMs использует HMMER пакет, написанный Шоном Эдди.[4] ТИГРФАМ производится на заводе Институт Дж. Крейга Вентера. Это одна из 11 баз данных в ИнтерПро. Текущая версия TIGRFAM, выпуск 15.0, насчитывает 4488 моделей.

Рекомендации

  1. ^ Хафт, DH; Селенгут, JD; Белый, О (2003). «База данных семейств белков TIGRFAMs». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (1): 371–3. Дои:10,1093 / нар / гкг128. ЧВК  165575. PMID  12520025.
  2. ^ Селенгут, JD; Хафт, DH; Дэвидсен, Т; Ганапати, А; Gwinn-Giglio, M; Нельсон, WC; Рихтер, АР; Белый, О (2007). «TIGRFAM и свойства генома: инструменты для определения молекулярных функций и биологических процессов в геномах прокариот». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (Выпуск базы данных): D260–4. Дои:10.1093 / нар / gkl1043. ЧВК  1781115. PMID  17151080.
  3. ^ Хафт, DH; Селенгут, JD; Рихтер, РА; Харкинс, DM; Басу, МК; Бек, Э (2012). «TIGRFAM и свойства генома в 2013 году». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Выпуск базы данных): D387-95. Дои:10.1093 / нар / гкс1234. ЧВК  3531188. PMID  23197656.
  4. ^ Эдди, SR (2009). «Новое поколение инструментов поиска гомологии на основе вероятностного вывода». Геномная информатика. Международная конференция по геномной информатике. 23 (1): 205–11. PMID  20180275.

внешняя ссылка