Тандемный тег массы - Tandem mass tag

А тандемный массовый тег (TMT) - это химическая этикетка, используемая для масс-спектрометрии (MS) количественная оценка и идентификация биологических макромолекулы Такие как белки, пептиды и нуклеиновые кислоты. TMT принадлежит к семейству реагентов, называемых изобарные массовые метки. Они представляют собой альтернативу гелевому или антитело количественной оценки, но также может использоваться в сочетании с этими и другими методами.[1] Помимо помощи в количественной оценке белков, метки TMT могут также повысить чувствительность обнаружения некоторых высокогидрофильных аналитов, таких как фосфопептиды, в RPLC -MS анализы.[2]

Версии

В настоящее время доступно шесть разновидностей TMT: TMTzero, неизотопно замещенная структура ядра; TMTduplex, изобарическая пара массовых меток с одним изотопным замещением;[1] TMTsixplex, изобарный набор из шести массовых меток с пятью изотопными заменами;[3] TMT 10-plex - набор из 10 изотопных меток массы, которые используют репортерную область TMTsixplex, но используют другой элементарный изотоп для создания разницы масс 0,0063 Да,[4] TMTpro - это версия с 16 сплетениями с другим репортером и нормализатором массы, чем исходный TMT, и TMTpro Zero.

Метки содержат четыре области, а именно область массового репортера (M), область расщепляемого линкера (F), область нормализации массы (N) и реактивную группу с белком (R). Химические структуры всех тегов идентичны, но каждый содержит изотопы заменены в различных положениях, так что области массового репортера и нормализации массы имеют разные молекулярные массы в каждом теге. Комбинированные области M-F-N-R меток имеют одинаковую общую молекулярную массу и структуру, так что во время хроматографический или же электрофоретический разделения и в режиме одиночной МС, молекулы, помеченные разными метками, неразличимы. При фрагментации в МС / МС режиме, информация о последовательности получается из фрагментации пептидный позвоночник и данные количественной оценки одновременно получают из фрагментации меток, что приводит к образованию массы репортерных ионов.

Идентификация и количественная оценка пептидов, меченных TMT

В структуры тегов TMT публично доступны через базу данных unimod на unimod.org и, следовательно, программное обеспечение для масс-спектрометрии Такие как Талисман могут учитывать массы тегов. Кроме того, начиная с версии 2.2, Талисман имеет возможность количественного определения с использованием TMT и других меток изобарической массы без использования дополнительного программного обеспечения. Интуитивно понятно, что доверие, связанное с измерением белка, зависит от сходства соотношений различных пептидов и уровня сигнала этих измерений. Появился математически строгий подход под названием BACIQ, который объединяет интенсивности пептидов и согласованность измерений пептидов в доверительные интервалы для соотношений белков.[5] Стандарт TKO может использоваться для оценки помех [6]

Рекомендации

  1. ^ а б Томпсон А., Шефер Дж., Кун К. и др. (2003). «Тандемные массовые метки: новая стратегия количественной оценки для сравнительного анализа сложных белковых смесей методом МС / МС». Анальный. Chem. 75 (8): 1895–904. Дои:10.1021 / ac0262560. PMID  12713048.
  2. ^ Цай, Чиа-Фэн; Смит, Джеффри С .; Краевский, Кшиштоф; Чжао, Руи; Moghieb, Ahmed M .; Никора, Кэрри Д .; Сюн, Синьюй; Мур, Рональд Дж .; Лю, Тао (2019-08-28). «Тандемная маркировка масс-меток облегчает жидкостную хроматографию с обращенной фазой-масс-спектрометрический анализ гидрофильных фосфопептидов». Аналитическая химия. 91 (18): 11606–11613. Дои:10.1021 / acs.analchem.9b01814. ISSN  1520-6882. PMID  31418558.
  3. ^ Дайон Л., Хайнард А., Ликер В., Терк Н., Кун К., Хохштрассер Д. Ф., Буркхард П. Р., Санчес Дж. К. (2008). «Относительное количественное определение белков в спинномозговой жидкости человека с помощью МС / МС с использованием 6-сплетенных изобарических меток». Анальный. Chem. 80 (8): 2921–31. Дои:10.1021 / ac702422x. PMID  18312001.[неосновной источник необходим ]
  4. ^ Вернер, Т; Sweetman, G; Савицкий М.Ф .; Мэтисон, Т; Банчефф, М; Савицкий, М.М. (1 апреля 2014 г.). «Ионная коалесценция нейтронно-кодированных репортерных ионов TMT 10-Plex». Аналитическая химия. 86 (7): 3594–601. Дои:10.1021 / ac500140s. PMID  24579773.[неосновной источник необходим ]
  5. ^ Пешкин, Л .; Рязанова, Л .; Wuhr, M .; и другие. (2017). «Байесовские доверительные интервалы для мультиплексной протеомики объединяют ионную статистику с соответствием количественной оценки пептидов». bioRxiv  10.1101/210476. Cite имеет пустой неизвестный параметр: | accessdate = (помощь)
  6. ^ Paulo, JA; О'Коннелл, JD; Гыги, СП (2017). «Стандарт протеомики тройного нокаута (TKO) для диагностики ионной интерференции в экспериментах по изобарическому мечению». J Am Soc масс-спектрометрия. 27 (10): 1620–5. Bibcode:2016JASMS..27.1620P. Дои:10.1007 / s13361-016-1434-9. ЧВК  5018445. PMID  27400695.[неосновной источник необходим ]