ВИСТА (сравнительная геномика) - VISTA (comparative genomics)
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | база данных тканеспецифических энхансеров человека. |
| Контакт | |
| Основное цитирование | Visel и др. (2007)[1] |
| Дата выхода | 2006 |
| Доступ | |
| Интернет сайт | http://enhancer.lbl.gov |
ВИСТА представляет собой набор баз данных, инструментов и серверов, позволяющих проводить обширный сравнительный анализ геномики.
Фон
Семейство инструментов VISTA разработано и размещено в Genomics Division of Национальная лаборатория Лоуренса Беркли. Эти совместные усилия поддерживаются грантом Программы для геномных приложений от NHLBI /Национальные институты здравоохранения США и Управление биологических и экологических исследований, Управление науки, Министерство энергетики США.
Он был разработан из модулей, предоставленных разработчиками из Калифорнийского университета в Беркли, Стэнфорде и Калифорнийском университете в Дэвисе, и частично основан на AVID Программа глобального выравнивания.
использование
Существует несколько серверов VISTA, каждый из которых позволяет выполнять различные типы поиска.
- mVISTA можно использовать для выравнивания и сравнения ваших последовательностей с последовательностями нескольких других видов.
- rVISTA (регуляторный VISTA) сочетает поиск в базе данных сайтов связывания факторов транскрипции со сравнительным анализом последовательностей, обнаружением возможных сайтов связывания регуляторных факторов транскрипции в областях представляющих интерес генов. Его можно использовать напрямую или через браузер mVISTA, Genome VISTA или VISTA. База данных тканеспецифических человеческих энхансеров доступна через VISTA Enhancer Browser.[1]
- GenomeVISTA позволяет сравнивать последовательности со сборками всего генома. Он автоматически найдет ортолога, получит выравнивание и график VISTA. Это позволяет просматривать сопоставление вместе с предварительно рассчитанными сопоставлениями других видов в том же интервале.
- Phylo-VISTA позволяет анализировать множественные сопоставления последовательностей ДНК последовательностей разных видов, учитывая их филогенные отношения.
- wgVISTA позволяет выравнивать последовательности длиной до 10 Мб (готовые или черновые), включая микробные полногеномные сборки.
Исследователи могут использовать браузер VISTA:
- для изучения предварительно вычисленных сопоставлений среди множества видов
- отправлять собственные последовательности (не ограничиваясь коллекцией видов, уже содержащейся в базе данных)
Геномы
Существует более 28 геномов, доступных для поиска, в том числе позвоночных, беспозвоночных, растений, грибов, водорослей, бактерий и других. Постоянно добавляются новые. К ним относятся:
- Человек — Орангутанг — Резус — Мартышка — Лошадь — Собака — Мышь — Крыса — Курица
- Drosophila spp.
- Арабидопсис — Рис — Сорго
- E. coli - микоплазма - нитрозомонады
Сотрудничество с другими проектами
Предварительно рассчитанные полные выравнивания каркасов для микробных геномов доступны как компонент VISTA IMG (Интегрированная система микробных геномов ) разработан в DOE (Департамент энергетики) Объединенный институт генома.
внешняя ссылка
- ВИСТА - официальный сайт VISTA в Национальной лаборатории Лоуренса Беркли
- Учебные материалы и учебные материалы VISTA - размещено OpenHelix, спонсируется Национальной лабораторией Лоуренса Беркли.
Рекомендации
- ^ а б Визель, Аксель; Миновицкий Симон; Дубчак Инна; Pennacchio Len A (Январь 2007 г.). «VISTA Enhancer Browser - база данных тканеспецифичных человеческих энхансеров». Нуклеиновые кислоты Res. Англия. 35 (Выпуск базы данных): D88-92. Дои:10.1093 / нар / gkl822. ЧВК 1716724. PMID 17130149.