BioLinux - BioLinux

Эта статья поднимает множество проблем. Пожалуйста помоги Улучши это или обсудите эти вопросы на страница обсуждения. (Узнайте, как и когда удалить эти сообщения-шаблоны) эта статья возможно содержит оригинальные исследования. Пожалуйста Улучши это от проверка заявленные претензии и добавление встроенные цитаты. Заявления, содержащие только оригинальные исследования, следует удалить. (Октябрь 2009 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) Эта статья использование внешние ссылки может не следовать политикам или рекомендациям Википедии. Пожалуйста улучшить эту статью путем удаления чрезмерный или неуместен внешние ссылки и преобразование полезных ссылок, где это необходимо, в ссылки в сносках. (Ноябрь 2012 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) эта статья может чрезмерно полагаться на источники слишком тесно связан с предметом, потенциально препятствуя публикации статьи проверяемый и нейтральный. Пожалуйста помоги Улучши это заменив их более подходящими цитаты к надежные, независимые сторонние источники. (Сентябрь 2013) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения)

BioLinux это термин, используемый в различных проектах, связанных с предоставлением доступа к биоинформатика программного обеспечения на Linux платформе проще, используя один или несколько из следующих методов:

• Поставка полных систем
• Предоставление репозиториев программного обеспечения биоинформатики
• Добавление пакетов биоинформатики в стандартные дистрибутивы
• Прямой эфир DVD /Компакт-диски с добавлением программного обеспечения биоинформатики
• Системы построения и поддержки сообщества

В настоящее время существуют различные проекты с аналогичными целями как в системах Linux, так и в других системах Unix, и некоторые из них приведены ниже. Также имеется обзор в Информационном бюллетене службы поддержки по биоинформатике Канады.^[1] в котором подробно описаны некоторые проекты на базе Linux.

Репозитории пакетов

Красная Шапка

Репозитории пакетов обычно зависят от дистрибутива Linux, который использует биоинформатик. В биоинформатике преобладает ряд вариантов Linux. Fedora является свободно распространяемой версией коммерческого Красная Шапка система. Red Hat широко используется в корпоративном мире, поскольку предлагает коммерческую поддержку и пакеты обучения. Fedora Core - это производная от Red Hat, поддерживаемая сообществом, популярная среди тех, кому нравится система Red Hat, но не требует коммерческой поддержки. Многие пользователи приложений биоинформатики создали RPMs (Формат пакета Red Hat), предназначенный для работы с Fedora, который потенциально также можно установить на Red Hat Enterprise Linux системы. Другие дистрибутивы, такие как Mandriva и SUSE используйте RPM, поэтому эти пакеты также могут работать с этими дистрибутивами.

Debian

Debian еще один очень популярный Дистрибутив Linux используется во многих академических учреждениях, и некоторые специалисты по биоинформатике сделали свои собственные программные пакеты доступными для этого дистрибутива в деб формат.

Slackware

Slackware один из менее используемых Дистрибутивы Linux. Он популярен среди тех, кто лучше знает операционную систему Linux и предпочитает командную строку различным доступным графическим интерфейсам. Пакеты имеют формат tgz или tgx. Самый известный live-дистрибутив на основе Slackware - это Slax и он был использован в качестве основы для многих распределений биоинформатики.

• BioSLAX

Apple / Mac

Многие пакеты Linux совместимы с Mac OS X и есть несколько проектов, которые пытаются упростить установку выбранных пакетов Linux (включая программное обеспечение биоинформатики) на компьютер под управлением Mac OS X. (источник?)

Live DVD / CD

Live DVD или компакт-диски - не идеальный способ обеспечить биоинформатические вычисления, поскольку они запускаются с привода CD / DVD. Это означает, что они работают медленнее, чем установка с традиционного жесткого диска, и имеют ограниченные возможности настройки. Однако они могут подходить для предоставления для этого случая решения, в которых нет другого доступа к Linux, и могут даже использоваться в качестве основы для установки Linux.

Стандартные дистрибутивы с хорошей поддержкой биоинформатики

В общем, в дистрибутивах Linux доступен широкий спектр официальных пакетов, но они обычно не включают в себя значительную научную поддержку. Есть исключения, подобные описанным ниже.

Gentoo Linux

Gentoo Linux предоставляет более 156 приложений для биоинформатики (см. Научно-биологическое стадо Gentoo на главном дереве ) в виде ебилды, которые собирают приложения из исходного кода. Дополнительные 315 пакетов находятся в Наложение науки Gentoo (для тестирования).

Несмотря на то, что это очень гибкая система с отличной поддержкой сообщества, требование установки из исходного кода означает, что системы Gentoo часто устанавливаются медленно и требуют значительного обслуживания. Можно сократить время компиляции, используя центральный сервер для создания двоичных пакетов. С другой стороны, вы можете точно настроить все для работы на максимальной скорости, используя лучшее из вашего процессора (например, для фактического использования инструкций SSE, AVX и AVX2 CPU). Дистрибутивы на основе двоичных файлов обычно предоставляют двоичные файлы, используя только наборы инструкций i686 или даже только i386.

FreeBSD

FreeBSD не является дистрибутивом Linux, но поскольку это версия Unix что очень похоже. это порты похожи на ебилды Gentoo, и применяются те же предостережения. Однако существуют также готовые бинарные пакеты. Существует более 60 приложений для биологических наук, и они внесены в список Fresh Ports.^[2] сайт.

Debian

В стандартную установку Debian входит более сотни пакетов биоинформатики. NEBC Bio-Linux^[3] пакеты также могут быть установлены в стандартной системе Debian, если также установлен пакет bio-linux-base. Это создает каталог / usr / local / bioinf, в котором другие наши пакеты устанавливают свое программное обеспечение. Пакеты Debian также могут работать с Ubuntu Linux или другие установки, производные от Debian.

Системы построения и поддержки сообщества

Поддержка и документация должны быть важной частью любого проекта BioLinux, чтобы ученые, не являющиеся ИТ-специалистами, могли быстро найти ответы на свои конкретные проблемы. Форумы поддержки или списки рассылки также полезны для распространения знаний в исследовательском сообществе. Ссылки на некоторые из этих ресурсов приведены здесь.

Смотрите также

• Список программного обеспечения для биоинформатики с открытым исходным кодом

• Список программ для биомедицинской кибернетики

использованная литература

внешние ссылки