Карта биосайт - Википедия - Biositemap

А Карта биосайт это способ биомедицинские исследования учреждение организации, чтобы показать, как биологическая информация распределяется по их Информационные технологии системы и сети. Эта информация может быть передана другим организациям и исследователям.

Biositemap позволяет веб-браузеры, краулеры и роботы для легкого доступа и обработки информации для использования в других системах, носителях и вычислительных форматах. Протоколы Biositemaps предоставляют подсказки для Веб-комбайны Biositemap, позволяя им находить ресурсы и контент по всей взаимосвязи системы Biositemap. Это означает, что пользователи-люди или машины могут получить доступ к любой релевантной информации по любой теме во всех организациях системы Biositemap и перенести ее в свои системы для усвоения или анализа.

Файловая структура

iTools представление биосайтной карты

Информация обычно хранится в файле biositemap.rdf или biositemap.xml, который содержит списки информации о данных, программном обеспечении, материалах инструментов и услугах, предоставляемых или хранимых этой организацией. Информация представлена ​​в метаполя и могут быть созданы онлайн через такие сайты, как онлайн-редактор биосайт-карт.[1]

Информация представляет собой смесь карты сайта и RSS-каналы и создается с использованием Информационная модель (IM) и биомедицинские ресурсы Онтология (БРАТАН). IM отвечает за определение данных, содержащихся в метаполях, а BRO контролирует терминологию данных, содержащихся в поле resource_type. BRO играет важную роль в содействии интерактивности как других организаций, так и третьих сторон для поиска и уточнения этих запросов.

Форматы данных

Протокол Biositemaps[2] позволяет ученым, инженерам, центрам и учреждениям, занимающимся моделированием, разработкой программного обеспечения и анализом биомедицинских и информационных данных, транслировать и распространять по всему миру информацию о своих последних вычислительная биология ресурсы (данные, программные инструменты и веб-сервисы). Концепция биосайтной карты основана на идеях Эффективный автоматизированный сбор веб-ресурсов[3] и Веб-серверы, удобные для сканирования,[4] и он объединяет функции карты сайта и RSS поступает в децентрализованный механизм, позволяющий вычислительным биологам и биоинформатикам открыто транслировать и получать метаданные о биомедицинских ресурсах.

Эти сайты, учреждения или исследователи биосайт карта описания публикуются в RDF форматируются в Интернете, и их ищут, анализируют, отслеживают и интерпретируют поисковые машины в Интернете, веб-приложения, специфичные для биосайт-карт и онтологий, и другие приложения, заинтересованные в обнаружении обновленных или новых ресурсов для биоинформатики и биомедицинских исследований. Механизм биосайтной карты отделяет поставщиков биомедицинских ресурсов (исследователей или учреждения) от потребителей контента ресурсов (исследователи, врачи, средства массовой информации, финансовые агентства, образовательные и исследовательские инициативы).

Biositemap - это RDF файл, в котором перечислены биомедицинские и биоинформатические ресурсы для конкретной исследовательской группы или консорциума. Он позволяет разработчикам биомедицинских ресурсов описывать функциональность и удобство использования каждого из своих программных инструментов, баз данных или веб-сервисов.[2][5]

Карты биосайт дополняют, а не заменяют существующие структуры для распространения данных, инструментов и услуг. Использование биосайтной карты не гарантирует, что ресурсы будут включены в поисковые индексы, и не влияет на то, как инструменты оцениваются или воспринимаются сообществом. Протокол Biositemaps будет предоставлять подсказки, информацию и директивы для всех веб-харвестеров Biositemap, которые указывают на существование и содержание биомедицинских ресурсов на разных сайтах.

Информационная модель Biositemap

Протокол Biositemap основан на расширяемой информационной модели, которая включает определенные свойства.[6] которые обычно используются и необходимы для характеристики биомедицинских ресурсов:

  • Имя
  • Описание
  • URL
  • Стадия развития
  • Организация
  • Ярлык ресурсной онтологии
  • Ключевые слова
  • Лицензия

Актуальная документация по информационной модели доступна на сайте Biositemaps.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Онлайн-редактор Biositemaps В архиве 30 июля 2010 г. Wayback Machine
  2. ^ а б Динов И.Д., Рубин Д., Лоренсен В. и др. (2008). «iTools: структура для классификации, категоризации и интеграции ресурсов вычислительной биологии». PLOS ONE. 3 (5): e2265. Дои:10.1371 / journal.pone.0002265. ЧВК  2386255. PMID  18509477.
  3. ^ М.Л. Нельсон; J.A. Смит; дель Кампо; Х. Ван де Сомпель; X. Лю (2006). «Эффективный автоматизированный сбор веб-ресурсов» (PDF). WIDM'06.
  4. ^ Brandman O; Чо Дж; Гарсия-Молина H; Шивакумар Н (2000). «Веб-серверы, удобные для сканирования». Обзор оценки эффективности ACM SIGMETRICS. 28 (2): 9–14. CiteSeerX  10.1.1.34.7957. Дои:10.1145/362883.362894. S2CID  5732912.
  5. ^ Cannata N, Merelli E, Altman RB (декабрь 2005 г.). «Пора организовать ресурс по биоинформатике». PLOS Comput. Биол. 1 (7): e76. Дои:10.1371 / journal.pcbi.0010076. ЧВК  1323464. PMID  16738704.
  6. ^ Чен Ю.Б., Чаттопадхьяй А., Берген П., Гадд С., Кожевенный Н. (январь 2007 г.). «Коллекция онлайн-ресурсов по биоинформатике в библиотечной системе медицинских наук Питтсбургского университета - универсальный доступ к онлайн-базам данных и программным средствам по биоинформатике». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (Выпуск базы данных): D780–5. Дои:10.1093 / нар / gkl781. ЧВК  1669712. PMID  17108360.

внешняя ссылка