Биоинформатический комбайн - Википедия - Bioinformatic Harvester

Биоинформатический комбайн
Разработчики)Городской Либель, Бьорн Киндлер
Стабильный выпуск
4/24 мая 2011 г.; 9 лет назад (2011-05-24)
Операционная системаНа базе Интернета
ТипИнструмент биоинформатики
Интернет сайткомбайн.Комплект.edu[постоянная мертвая ссылка ]

В Биоинформатический комбайн была биоинформатической мета поисковый движок созданный Европейская лаборатория молекулярной биологии[1] и впоследствии размещен и доработан KIT Карлсруэ технологический институт за гены и информация, связанная с белками. Комбайн в настоящее время работает на человек, мышь, крыса, данио, дрозофила и арабидопсис талиана основанная на информации. Harvester перекрестные ссылки> 50 популярных биоинформатических ресурсов и позволяет выполнять перекрестный поиск. Harvester ежедневно обслуживает десятки тысяч страниц для ученых и врачей. С 2014 года сервис не работает.

Как работает комбайн

Харвестер собирает информацию от белок и генные базы данных вместе с информацией с так называемых «серверов предсказаний». Сервер прогнозов, например предоставить онлайн-анализ последовательности для одного белка. Индекс поиска комбайнов основан на IPI и UniProt сбор информации о белках. Коллекции состоят из:

  • ~ 72000 человек, ~ 57000 мышей, ~ 41000 крыс, ~ 51000 рыбок данио, ~ 35000 страниц белков арабидопсиса, которые перекрестно связывают ~ 50 основных биоинформатических ресурсов.


Комбайн перекрестно связывает несколько типов информации

Текстовая информация

Из следующих баз данных:

Базы данных, богатые графическими элементами

Эти базы данных не собираются, но перекрестно связаны, отображаясь через iframe. Iframe - это окно внутри HTML страница для встроенного просмотра и интерактивного доступа к связанной базе данных. Несколько таких фреймов объединяются на одной странице белка Harvester. Это позволяет одновременно удобно сравнивать информацию из нескольких баз данных.

Доступ из внешнего приложения

Что можно найти

Harvester позволяет комбинировать различные поисковые запросы и отдельные слова.

Примеры поиска:

  • Имя гена: "golga3"
  • Псевдоним гена: «ADAP-S ADAS ADHAPS ADPS» (достаточно одного названия гена)
  • Генные онтологии: «Путь передачи сигналов ферментативного рецепторного белка»
  • Unigene -Кластер: «Hs.449360»
  • Go-annotation: "Внутри-Гольджи транспорт"
  • Молекулярная функция: «связывание протеинкиназы».
  • Белок: «Q9NPD3»
  • Белковый домен: «SH2 sar»
  • Локализация белка: «эндоплазматический ретикулум».
  • Хромосома: «2q31»
  • Актуальность болезни: используйте слово "болезнь"
  • Комбинации: «ссылка болезни Гольджи» (обнаруживает все белки Гольджи, связанные с болезнью)
  • мРНК: "AL136897"
  • Слово: «Рак»
  • Комментарий: «глубоко выражен в сердце»
  • Автор: «Меркель, Шмидт»
  • Публикация или проект: "кДНК секвенирование проекта "

Смотрите также

Литература

  • Либель Ю., Киндлер Б., Пепперкок Р. (август 2004 г.). "'Harvester ': быстрая метапоисковая система человеческих ресурсов белка ". Биоинформатика. 20 (12): 1962–3. Дои:10.1093 / биоинформатика / bth146. PMID  14988114.
  • Либель Ю., Киндлер Б., Пепперкок Р. (2005). "Биоинформатический" комбайн ": поисковая машина для полногеномных ресурсов белка человека, мыши и крысы". Meth. Энзимол. Методы в энзимологии. 404: 19–26. Дои:10.1016 / S0076-6879 (05) 04003-6. ISBN  9780121828097. PMID  16413254.

Примечания и ссылки

  1. ^ Manoj, M; Элизабет, Джейкоб (октябрь 2008 г.). «Поиск информации в Интернете с использованием метапоисковых систем: обзор» (PDF). Журнал научных и промышленных исследований. 67 (10): 739–746. ISSN  0022-4456.

внешняя ссылка