Национальный центр биотехнологической информации - National Center for Biotechnology Information

"NCBI" перенаправляется сюда. Для использования в других целях см. NCBI (значения).
Национальный центр биотехнологической информации
US-NLM-NCBI-Logo.svg
СокращениеNCBI
Основан1988; 32 года назад (1988)
Штаб-квартираБетесда, Мэриленд, НАС.
Координаты38 ° 59′45 ″ с.ш. 77 ° 05′56 ″ з.д. / 38,9959 ° с.ш.77,0989 ° з. / 38.9959; -77.0989Координаты: 38 ° 59′45 ″ с.ш. 77 ° 05′56 ″ з.д. / 38,9959 ° с.ш.77,0989 ° з. / 38.9959; -77.0989
Интернет сайтwww.ncbi.nlm.Национальные институты здравоохранения США.gov

В Национальный центр биотехнологической информации (NCBI)[1][2] является частью Национальная медицинская библиотека США (NLM), филиал Национальные институты здоровья (НАЦИОНАЛЬНЫЕ ИНСТИТУТЫ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ США). NCBI находится в Бетесда, Мэриленд и была основана в 1988 году в соответствии с законом при поддержке сенатора Клод Пеппер.

NCBI содержит ряд баз данных, относящихся к биотехнология и биомедицина и является важным ресурсом для инструментов и услуг биоинформатики. Основные базы данных включают GenBank для последовательностей ДНК и PubMed, библиографическая база данных по биомедицинской литературе. Другие базы данных включают NCBI Эпигеномика база данных. Все эти базы данных доступны в Интернете через Entrez поисковый движок. NCBI был направлен Дэвид Липман,[2] один из первых авторов ВЗРЫВ программа выравнивания последовательностей[3] и широко уважаемая фигура в биоинформатика. Он также руководил очной исследовательской программой, включая группы под руководством Стивен Альтшул (еще один ВЗРЫВ соавтор), Дэвид Ландсман, Евгений Кунин, Джон Уилбур, Тереза ​​Пшитицка и Чжийонг Лу. Дэвид Липман ушел со своего поста в мае 2017 года.[4]

GenBank

Основная статья: GenBank

NCBI несет ответственность за предоставление доступа к GenBank ДНК база данных последовательностей с 1992 г.[5] GenBank координирует свои действия с отдельными лабораториями и другими базами данных последовательностей, такими как Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL) и Банк данных ДНК Японии (DDBJ).[5]

С 1992 года NCBI расширился, чтобы предоставить другие базы данных в дополнение к GenBank. NCBI предоставляет Ген, Онлайн-менделевское наследование в человеке, База данных молекулярного моделирования (трехмерные структуры белков), dbSNP (база данных однонуклеотидные полиморфизмы ), Коллекция эталонных последовательностей, карта человеческий геном, а таксономия браузер, и координирует свои действия с Национальным институтом рака, чтобы обеспечить проект анатомии генома рака. NCBI присваивает уникальный идентификатор (идентификационный номер таксономии) каждому виду организмов.[6]

NCBI имеет программные инструменты, которые доступны через интернет-браузеры или по FTP. Например, ВЗРЫВ программа поиска подобия последовательностей. BLAST может выполнять сравнение последовательностей с базой данных ДНК GenBank менее чем за 15 секунд.

Книжная полка NCBI

Книжная полка NCBI[7] представляет собой коллекцию свободно доступных, загружаемых онлайн-версий избранных биомедицинских книг. Книжная полка охватывает широкий круг тем, включая молекулярная биология, биохимия, клеточная биология, генетика, микробиология, болезненные состояния с молекулярной и клеточной точки зрения, методы исследования и вирусология. Некоторые из книг являются онлайн-версиями ранее опубликованных книг, а другие, например Перерыв на кофе, написаны и отредактированы сотрудниками NCBI. Книжная полка является дополнением к Entrez PubMed хранилище рецензируемая публикация рефераты в содержимом этой книжной полки предоставляют устоявшиеся взгляды на развивающиеся области исследования и контекст, в котором можно организовать множество разрозненных отдельных частей опубликованных исследований.[нужна цитата ]

Базовый инструмент поиска местного выравнивания (BLAST)

ВЗРЫВ представляет собой алгоритм, используемый для вычисления сходства последовательностей между биологическими последовательностями, такими как нуклеотидные последовательности ДНК и аминокислотные последовательности белков.[8] BLAST - это мощный инструмент для поиска последовательностей, похожих на последовательность запроса, в одном и том же организме или в разных организмах. Он ищет последовательность запросов в базах данных и на серверах NCBI и отправляет результаты обратно в браузер пользователя в выбранном формате. Последовательности ввода в BLAST в основном имеют формат FASTA или Genbank, тогда как выходные данные могут быть доставлены в различных форматах, таких как HTML, форматирование XML и простой текст. HTML - это формат вывода по умолчанию для веб-страницы NCBI. Результаты NCBI-BLAST представлены в графическом формате со всеми найденными совпадениями, таблицей с идентификаторами последовательностей для совпадений, имеющих соответствующие данные для оценки, а также сопоставления для интересующей последовательности и совпадений, полученных с аналогичными оценками BLAST для них.[9]

Entrez

В Entrez Global Query Cross-Database Search System используется в NCBI для всех основных баз данных, таких как нуклеотидные и белковые последовательности, структуры белков, PubMed, таксономия, полные геномы, OMIM и некоторые другие.[10] Entrez - это система индексации и поиска, содержащая данные из различных источников для биомедицинских исследований. NCBI распространила первую версию Entrez в 1991 году, состоящую из нуклеотидных последовательностей из PDB и GenBank, белковые последовательности из SWISS-PROT, переведенные GenBank, PIR, PRF, PDB, а также соответствующие выдержки и цитаты из PubMed. Entrez специально разработан для интеграции данных из нескольких различных источников, баз данных и форматов в единую информационную модель и поисковую систему, которая может эффективно извлекать соответствующие ссылки, последовательности и структуры.[11]

Ген

Ген был внедрен в NCBI для характеристики и организации информации о генах. Он служит основным узлом в связке геномной карты, экспрессии, последовательности, функции белка, структуры и данных гомологии. Каждой записи гена присваивается уникальный GeneID, за которым можно следить в циклах пересмотра. Ген записи для известных или предсказанных генов устанавливаются здесь и разграничиваются положениями на карте или нуклеотидными последовательностями. Gene имеет несколько преимуществ по сравнению со своим предшественником, LocusLink, включая лучшую интеграцию с другими базами данных в NCBI, более широкий таксономический охват и расширенные возможности для запроса и поиска, предоставляемые системой Entrez.[12]

Протеин

База данных белков поддерживает текстовые записи для отдельных последовательностей белков, полученные из множества различных ресурсов, таких как проект NCBI Reference Sequence (RefSeq), GenBank, PDB и UniProtKB / SWISS-Prot. Записи о белках представлены в разных форматах, включая FASTA и XML и связаны с другими ресурсами NCBI. Protein предоставляет пользователям релевантные данные, такие как гены, последовательности ДНК / РНК, биологические пути, данные по экспрессии и вариациям, а также литературу. Он также предоставляет заранее определенные наборы подобных и идентичных белков для каждой последовательности, вычисленные с помощью BLAST. База данных структур NCBI содержит наборы трехмерных координат для экспериментально определенных структур в PDB, которые импортируются NCBI. База данных сохраненного домена (CDD ) белка содержит профили последовательностей, которые характеризуют высококонсервативные домены в белковых последовательностях. Он также содержит записи из внешних ресурсов, таких как SMART и Pfam.Существует еще одна база данных в белке, известная как база данных кластеров белков, которая содержит наборы последовательностей белков, которые сгруппированы в соответствии с максимальным выравниванием между отдельными последовательностями, рассчитанным с помощью BLAST.[13]

База данных Pubchem

PubChem База данных NCBI - это общедоступный ресурс, посвященный молекулам и их активности в отношении биологических тестов. PubChem доступен для поиска и доступен по Entrez информационно-поисковая система.[14]

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ «Проект генома человека». Нью-Йорк Таймс.
  2. ^ а б "Исследовательский институт размещает данные о генах в Интернете". Нью-Йорк Таймс. 26 июня 1997 г.
  3. ^ "Смысл от последовательностей: Стивен Ф. Альтшул об улучшении BLAST". 2000. Архивировано с оригинал на 2007-10-07.
  4. ^ «Национальная медицинская библиотека объявляет об уходе директора NCBI доктора Дэвида Липмана». www.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-06.
  5. ^ а б Мизрахи, Илен (22 августа 2007 г.). GenBank: База данных нуклеотидных последовательностей. Национальный центр биотехнологической информации (США) - через www.ncbi.nlm.nih.gov.
  6. ^ «Главная - Таксономия - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov.
  7. ^ США (06.05.2019). «Главная - Книги - NCBI». Ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-06-12.
  8. ^ Альтшул Стивен; Гиш Уоррен; Миллер Уэбб; Майерс Юджин; Липман Дэвид (1990). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания». Журнал молекулярной биологии. 215 (3): 403–410. Дои:10.1016 / с0022-2836 (05) 80360-2. PMID  2231712.
  9. ^ Мэдден Т. (2002). Справочник NCBI, 2-е издание, глава 16, Инструмент анализа последовательности BLAST
  10. ^ Координаторы ресурсов NCBI (2012). «Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации». Исследование нуклеиновых кислот 41 (выпуск базы данных): D8 – D20.
  11. ^ Остелл Дж. (2002). Справочник NCBI, 2-е издание, глава 15, Система поиска и поиска Entrez
  12. ^ Маглотт Д. Пруитт К. и Татусова Т. (2005). Справочник NCBI, 2-е издание, глава 19, Ген: справочник генов
  13. ^ Сейерс Э. (2013). Справочник NCBI, 2-е издание, NCBI Protein Resources
  14. ^ Ван Ю. и Брайант С. Х. (2014). Справочник NCBI, 2-е издание, База данных NCBI PubChem BioAssay

внешние ссылки