VectorBase - VectorBase

VectorBase[1][2] один из пяти Ресурсные центры по биоинформатике (BRC) финансируется Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), компонент Национальные институты здоровья (NIH), который является агентством Министерство здравоохранения и социальных служб США. VectorBase ориентирована на беспозвоночных-переносчиков патогены человека работа с центрами секвенирования и научным сообществом для создания векторных геномов (в основном аннотация генома ).

Геномы, включенные в базу данных VectorBase

Инструменты, доступные на сайте VectorBase

  • Браузер генома
  • Система аннотаций сообщества
  • Репозиторий микрочипов и экспрессии генов
  • Контролируемые словари по анатомии,[5] устойчивость к инсектицидам и трансмиссивные болезни (малярия и лихорадка денге)
  • BLAST ищет все покрытые геномы

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Лоусон, Д.; Arensburger, P; Аткинсон, П; Бесанский, штат Нью-Джерси; Bruggner, RV; Батлер, Р. Кэмпбелл, Канзас; Christophides, GK; и другие. (2007). «VectorBase: дом беспозвоночных - переносчиков патогенов человека». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (Выпуск базы данных): D503–5. Дои:10.1093 / нар / gkl960. ЧВК  1751530. PMID  17145709.
  2. ^ Лоусон, Д.; Arensburger, P; Аткинсон, П; Бесанский, штат Нью-Джерси; Bruggner, RV; Батлер, Р. Кэмпбелл, Канзас; Christophides, GK; и другие. (2009). "VectorBase: ресурс данных для геномики векторов беспозвоночных". Исследования нуклеиновых кислот. 37 (Выпуск базы данных): D583–7. Дои:10.1093 / nar / gkn857. ЧВК  2686483. PMID  19028744.
  3. ^ Нене, В; Wortman, JR; Лоусон, D; Хаас, В; Кодира, С; Tu, ZJ; Лофтус, Б; Xi, Z; и другие. (2007). «Последовательность генома Aedes aegypti, основного вектора арбовируса». Наука. 316 (5832): 1718–23. Bibcode:2007Научный ... 316.1718N. Дои:10.1126 / science.1138878. ЧВК  2868357. PMID  17510324.
  4. ^ Холт, РА; Субраманиан, GM; Хальперн, А; Sutton, GG; Charlab, R; Nusskern, DR; Винкер, П; Clark, AG; и другие. (2002). «Последовательность генома малярийного комара Anopheles gambiae». Наука. 298 (5591): 129–49. Bibcode:2002Наука ... 298..129H. CiteSeerX  10.1.1.149.9058. Дои:10.1126 / science.1076181. PMID  12364791. S2CID  4512225.
  5. ^ Topalis, P; Цавлаки, Ц; Вестаки, К; Dialynas, E; Sonenshine, DE; Батлер, Р. Bruggner, RV; Стинсон, EO; и другие. (2008). «Анатомические онтологии комаров и клещей и их веб-браузеры в VectorBase». Молекулярная биология насекомых. 17 (1): 87–9. Дои:10.1111 / j.1365-2583.2008.00781.x. PMID  18237287. S2CID  8618269.

внешняя ссылка

Геномные браузеры VectorBase