Информационная сеть по рыбкам данио - Zebrafish Information Network

ZFIN
Database.png
Содержание
ОписаниеБаза данных модельных организмов рыбок данио.
ОрганизмыДанио
Контакт
Исследовательский центрОрегонский университет
Основное цитированиеБрэдфорд и др. (2011)[1]
Дата выхода2010
Доступ
Интернет сайтhttp://zfin.org

В Информационная сеть по рыбкам данио (ZFIN ) является онлайн биологическая база данных информации о данио (Данио Рерио). Данио - широко используемый модельный организм за генетический, геномный, и развивающий исследований, а ZFIN предоставляет интегрированный интерфейс для запроса и отображения большого объема данных, полученных в результате этого исследования.[2] Чтобы облегчить использование рыбок данио в качестве модели человек биологии, ZFIN связывает эти данные с соответствующей информацией о других модельных организмах (например, мышь ) и в базы данных болезней человека.[3] Обильные ссылки на внешние последовательность базы данных (например, GenBank ) и в геномные браузеры. Данные о продукте гена, экспрессии гена и фенотипе сопровождаются терминами из биомедицинских онтологии. ZFIN базируется на Орегонский университет в Соединенных Штатах при финансировании, предоставленном Национальные институты здоровья (НАЦИОНАЛЬНЫЕ ИНСТИТУТЫ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ США).

Содержание

ZFIN состоит из двух основных частей:

  1. веб-сайт новостей и объявлений сообщества, а также биологических ресурсов, таких как лабораторные протоколы, номенклатура генов руководство и анатомическая информация
  2. а реляционная база данных содержащие биологические данные, которые кураторский из научной литературы и которые непосредственно представлены исследовательскими лабораториями по изучению рыбок данио (например, Thisse high-throughput Анализ экспрессии генов[4]).

Информация в ZFIN тесно связана с веб-ресурсами Международного ресурсного центра Zebrafish (ZIRC ), Центр ресурсов по рыбам данио в Китае (CZRC ) и т. д., которые поддерживают и предоставляют исследовательские ресурсы, материалы и услуги, связанные с рыбками данио.

Интерфейс реляционной базы данных ZFIN предоставляет формы запросов и страницы отображения для следующих типов биологических данных:

  • Гены, маркеры и клоны
  • Экспрессия гена
  • Антитела
  • Выравнивания последовательностей (ВЗРЫВ )
  • Мутанты и трансгенные линии
  • Анатомия
  • Генетические карты

ZFIN также поддерживает базу данных публикаций, лабораторий, людей и компаний, связанных с рыбками данио.

Помимо специализированных поисковых интерфейсов, ZFIN предоставляет Google -подобный поиск по всему миру.

Сообщество ZFIN вики дает исследователям рыбок данио возможность делиться информацией о лабораторных протоколах и антителах.

Примечания и ссылки

  1. ^ Брэдфорд, Ивонн; Конлин, Том; Данн, Натан; Фашена, Давид; Фрейзер, Кен; Хау, Дуглас Дж. Рыцарь, Джонатан; Мани, Прита; Мартин, Райан; Moxon, Sierra A.T .; Паддок, Холли; Пич, Кристиан; Рамачандран, Шридхар; Рюф, Барбара Дж; Ружичка, Лейла; Бауэр Шапер, Холле; Шапер, Кевин; Шао, Сян; Певица Эми; Спраг, Джуди; Спрунгер, Брок; Ван Слайк, Кери; Вестерфилд, Монте (январь 2011 г.). «ZFIN: улучшения и обновления базы данных модельных организмов рыбок данио». Нуклеиновые кислоты Res. Англия. 39 (Проблема с базой данных): D822-9. Дои:10.1093 / nar / gkq1077. ЧВК  3013679. PMID  21036866.
  2. ^ Sprague и другие. (2008). Информационная сеть рыбок данио: база данных модельных организмов рыбок данио обеспечивает расширенную поддержку генотипов и фенотипов. Нуклеиновые кислоты Res 36: D768.
  3. ^ Проект базы данных Zebrafish
  4. ^ Б. Тисс и К. Тисс (2004). «Клоны с быстрым высвобождением: анализ экспрессии с высокой пропускной способностью». Прямое предоставление данных ZFIN (не опубликовано).CS1 maint: использует параметр авторов (связь)

внешняя ссылка

Смотрите также