Биологическая база данных - Biological database

Для баз данных по генным болезням см. База данных генных болезней.
Домашняя страница биологической базы данных STRING, которая описывает функциональные связи между белками.[1]

Биологические базы данных представляют собой библиотеки информации о науках о жизни, собранной в результате научных экспериментов, опубликованной литературы, технологий высокопроизводительных экспериментов и компьютерного анализа.[нужна цитата ] Они содержат информацию из областей исследований, в том числе геномика, протеомика, метаболомика, микрочип экспрессия генов и филогенетика.[2] Информация, содержащаяся в биологических базах данных, включает функцию генов, структуру, локализацию (как клеточную, так и хромосомную), клинические эффекты мутаций, а также сходство биологических последовательностей и структур.

Биологические базы данных можно в широком смысле разделить на базы данных последовательностей, структур и функций. Последовательности нуклеиновых кислот и белков хранятся в базах данных последовательностей, а в базах данных структур хранятся решенные структуры РНК и белков. Функциональные базы данных предоставляют информацию о физиологической роли генных продуктов, например об активности ферментов, мутантных фенотипах или биологических путях. Базы данных модельных организмов это функциональные базы данных, которые предоставляют данные по конкретным видам. Базы данных - важные инструменты, помогающие ученым анализировать и объяснять множество биологических явлений, исходя из структуры биомолекулы и их взаимодействие в целом метаболизм организмов и к пониманию эволюция из виды. Эти знания помогают облегчить борьбу с болезнями, помогают в развитии лекарства, предсказывая определенные генетические заболевания и обнаруживая основные взаимосвязи между видами в история жизни.

Биологические знания распределены по множеству различных общих и специализированных баз данных. Иногда это затрудняет обеспечение последовательности информации. Интегративная биоинформатика - это одно поле, которое пытается решить эту проблему, предоставляя унифицированный доступ. Одно из решений - как биологические базы данных Перекрестная ссылка в другие базы данных с инвентарные номера чтобы связать свои знания вместе.

Реляционная база данных концепции Информатика и Поиск информации концепции электронные библиотеки важны для понимания биологических баз данных. Проектирование, разработка и долгосрочное управление биологической базой данных является основной областью дисциплины биоинформатика.[3] Содержимое данных включает последовательности генов, текстовые описания, атрибуты и онтология классификации, цитаты и табличные данные. Их часто называют полу-структурированные данные, и могут быть представлены в виде таблиц, записей с разделителями и XML-структур.

Исследования нуклеиновых кислот Проблема с базой данных

Важным ресурсом для поиска биологических баз данных является специальный ежегодный выпуск журнала. Исследования нуклеиновых кислот (НАР). Выпуск базы данных NAR находится в свободном доступе и классифицирует многие общедоступные онлайн-базы данных, связанные с биология и биоинформатика. В сопутствующей базе данных под названием Online Molecular Biology Database Collection содержится 1380 онлайн-баз данных.[4] Существуют и другие коллекции баз данных, такие как MetaBase и Коллекция ссылок на биоинформатику.[5][6]

Доступ

Большинство биологических баз данных доступно через веб-сайты, которые систематизируют данные таким образом, чтобы пользователи могли просматривать их в Интернете. Кроме того, базовые данные обычно доступны для загрузки в различных форматах. Биологические данные бывают разных форматов. Эти форматы включают текст, данные о последовательностях, структуру белка и ссылки. Каждый из них можно найти в определенных источниках, например:

  • Текстовые форматы предоставляются PubMed и OMIM.
  • Данные о последовательности предоставлены GenBank, с точки зрения ДНК, и UniProt, в пересчете на белок.
  • Белковые структуры представлены PDB, SCOP, и CATH.

Базы данных по конкретным видам

Для некоторых видов доступны базы данных по конкретным видам, в основном те, которые часто используются в исследованиях (Модельные организмы ). Например, EcoCyc - это Кишечная палочка база данных. Другие популярные базы данных моделей организмов включают Информатика генома мыши для лабораторная мышь, Mus musculus, то База данных генома крысы за Раттус, ZFIN за Данио Рерио (данио), PomBase[7] для делящихся дрожжей Schizosaccharomyces pombe, FlyBase за Дрозофила, WormBase для нематод Caenorhabditis elegans и Caenorhabditis briggsae, и Xenbase за Xenopus tropicalis и Xenopus laevis лягушки.

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ Szklarczyk D; Franceschini A; Kuhn M; и другие. (Январь 2011 г.). «База данных STRING в 2011 году: сети функционального взаимодействия белков, глобально интегрированные и оцененные». Нуклеиновые кислоты Res. 39 (Выпуск базы данных): D561–8. Дои:10.1093 / nar / gkq973. ЧВК  3013807. PMID  21045058.
  2. ^ Альтман РБ (март 2004 г.). «Создание успешных биологических баз данных». Краткий. Биоинформатика. 5 (1): 4–5. Дои:10.1093 / bib / 5.1.4. PMID  15153301.
  3. ^ Борн П. (август 2005 г.). «Будет ли биологическая база данных отличаться от биологического журнала?». PLOS Comput. Биол. 1 (3): 179–81. Bibcode:2005PLSCB ... 1 ... 34B. Дои:10.1371 / journal.pcbi.0010034. ЧВК  1193993. PMID  16158097.
  4. ^ Гальперин М.Ю .; Фернандес-Суарес XM (январь 2012 г.). "Выпуск базы данных исследований нуклеиновых кислот 2012 г. и онлайн-сборник базы данных по молекулярной биологии". Нуклеиновые кислоты Res. 40 (Проблема с базой данных): D1–8. Дои:10.1093 / нар / gkr1196. ЧВК  3245068. PMID  22144685.
  5. ^ Bolser DM; Chibon PY; Palopoli N; и другие. (Январь 2012 г.). «MetaBase - wiki-база биологических баз данных». Нуклеиновые кислоты Res. 40 (Выпуск базы данных): D1250–4. Дои:10.1093 / nar / gkr1099. ЧВК  3245051. PMID  22139927.
  6. ^ Brazas MD; Yim DS; Yamada JT; Ouellette BF (июль 2011 г.). «Обновление Каталога ссылок по биоинформатике 2011 г .: больше ресурсов, инструментов, баз данных и функций для расширения возможностей сообщества биоинформатиков». Нуклеиновые кислоты Res. 39 (Выпуск веб-сервера): W3–7. Дои:10.1093 / nar / gkr514. ЧВК  3125814. PMID  21715385.
  7. ^ Замок, А; Резерфорд, К; Харрис, Массачусетс; Hayles, J; Оливер SG; Bähler, J; Вуд, V (13 октября 2018 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных по делящимся дрожжам обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной, взаимосвязанной информации». Исследования нуклеиновых кислот. 47 (D1): D821 – D827. Дои:10.1093 / нар / gky961. ЧВК  6324063. PMID  30321395.

внешняя ссылка