Филогенетика - Phylogenetics

Часть серии по
Эволюционная биология
Зяблики Дарвина, автор Gould.jpg
Поля и приложения

В биология, филогенетика /ˌжаɪлoʊdʒəˈпɛтɪks,-лə-/[1][2] (Греческий: φυλή, φῦλον - филэ, филон = племя, клан, раса + γενετικός - Genetikós = происхождение, источник, рождение)[3] является частью систематика что касается вывода эволюционный история и отношения между или внутри групп организмы (например. разновидность, или более инклюзивных таксонов). Эти отношения предполагаются филогенетический вывод методы оценки наблюдаемых наследственный черты характера, такие как ДНК последовательности или морфология, часто в рамках определенной модели эволюции этих черт. Результатом такого анализа является филогения (также известное как филогенетическое дерево) - схематическая гипотеза взаимоотношений, отражающая эволюционную историю группы организмов.[4] Кончики филогенетического дерева могут быть живыми таксонами или окаменелостями и представлять «конец» или настоящее в эволюционной линии. Филогенетическая диаграмма может быть корневой или некорневой. Диаграмма корневого дерева указывает на гипотетического общего предка или наследственную родословную дерева. Древовидная диаграмма без корней (сеть) не делает никаких предположений о родовой линии и не показывает происхождение или «корень» рассматриваемых таксонов или направление предполагаемых эволюционных преобразований.[5] В дополнение к их правильному использованию для определения филогенетических закономерностей среди таксонов, филогенетический анализ часто используется для представления взаимосвязей между копиями генов или отдельными организмами. Такое использование стало центральным для понимания биоразнообразия, эволюции, экологии и геномов.

Таксономия это идентификация, наименование и классификация организмов. Классификации в настоящее время обычно основаны на филогенетических данных, и многие систематики утверждают, что только монофилетический таксоны следует отнести к названным группам. Степень, в которой классификация зависит от предполагаемой эволюционной истории, различается в зависимости от школы таксономии: фенетика полностью игнорирует филогенетические спекуляции, вместо этого пытаясь представить сходство между организмами; кладистика (филогенетическая систематика) пытается отразить филогенез в своих классификациях, распознавая только группы, основанные на общих, производных признаках (синапоморфии ); эволюционная таксономия пытается принять во внимание как паттерн ветвления, так и «степень различия», чтобы найти между ними компромисс.

Заключение филогенетического дерева

Основная статья: Вычислительная филогенетика

Обычные методы филогенетический вывод включают вычислительные подходы, реализующие критерии оптимальности и методы скупость, максимальная вероятность (ML) и MCMC -основан Байесовский вывод. Все это зависит от явного или неявного математическая модель описывающий эволюцию наблюдаемых персонажей.

Фенетика, популярный в середине 20-го века, но сейчас в значительной степени устаревший, использовался матрица расстояний -основные методы построения деревьев на основе общего сходства в морфология или аналогичные наблюдаемые черты (т.е. фенотип или общее сходство ДНК, не Последовательность ДНК ), что часто считалось приближенным к филогенетическим отношениям.

До 1950 г. филогенетические выводы обычно представлялись как повествование сценарии. Такие методы часто неоднозначны и не имеют четких критериев для оценки альтернативных гипотез.[6][7][8]

История

Термин «филогения» происходит от немецкого Филогения, введенный Геккелем в 1866 г.,[9] и Дарвиновский подход к классификации получил название «филетический» подход.[10]

Теория перепросмотра Эрнста Геккеля

В конце 19 века Эрнст Геккель с теория перепросмотра, или «фундаментальный биогенетический закон», получил широкое распространение. Часто это выражалось как "онтогенез резюмирует филогению ", т.е. развитие отдельного организма в течение его жизни, от зародыша до взрослого, последовательно отражает взрослые стадии последовательных предков того вида, к которому он принадлежит. Но эта теория давно отвергается.[11][12] Вместо, онтогенез развивается - филогенетическая история вида не может быть прочитана непосредственно из его онтогенеза, как думал Геккель, но признаки онтогенеза могут (и использовались) в качестве данных для филогенетического анализа; чем более тесно связаны два вида, тем больше апоморфии их эмбрионы делятся.

Хронология ключевых моментов

Схема ветвления дерева из работы Генриха Георга Бронна (1858 г.)
Филогенетическое древо, предложенное Геккелем (1866 г.)
  • 14 век, lex parsimoniae (принцип экономии), Уильям Оккам, Английский философ, теолог и монах-францисканец, но на самом деле идея восходит к Аристотель, концепция предшественника
  • 1763 г., байесовская вероятность, преподобный Томас Байес,[13] концепция предшественника
  • 18 век, Пьер Симон (маркиз де Лаплас), возможно, первый, кто использовал ML (максимальная вероятность), концепция предшественника
  • 1809 г., эволюционная теория, Philosophie Zoologique, Жан-Батист де Ламарк, концепция предшественника, предвосхищенная в 17-м и 18-м веках Вольтером, Декартом и Лейбницем, при этом Лейбниц даже предлагал эволюционные изменения для объяснения наблюдаемых пробелов, предполагая, что многие виды вымерли, другие трансформировались, а разные виды, имеющие общие черты, могут когда-то были единой расой,[14] также предзнаменован некоторыми ранними греческими философами, такими как Анаксимандр в 6 веке до нашей эры и атомисты 5 века до нашей эры, предложившие элементарные теории эволюции[15]
  • 1837 год, записные книжки Дарвина показывают эволюционное древо.[16]
  • 1843 г., различие между гомология и аналогия (последний теперь именуется гомоплазия ), Ричард Оуэн, концепция предшественника
  • В 1858 году палеонтолог Генрих Георг Бронн (1800–1862) опубликовал гипотетическое дерево, чтобы проиллюстрировать палеонтологическое «прибытие» новых подобных видов после исчезновения более старых видов. Бронн не предлагал механизм, ответственный за такие явления, предшественник концепции.[17]
  • 1858 г., разработка эволюционной теории, Дарвин и Уоллес,[18] также в Происхождении видов Дарвина в следующем году, концепция предшественника
  • 1866, Эрнст Геккель, впервые публикует свое эволюционное древо, основанное на филогенезе, концепцию предшественников
  • 1893 г., Закон Долло о необратимости состояния характера,[19] концепция предшественника
  • 1912 г., ML рекомендован, проанализирован и популяризирован Рональдом Фишером, концепция предшественника
  • 1921, Тиллиард использует термин «филогенетический» и проводит различие между архаическими и специализированными персонажами в своей системе классификации.[20]
  • 1940 г., срок »клады "придумал Люсьен Куэно
  • 1949, Передискретизация складного ножа, Морис Кенуй (предвосхищенный в 46 г. Махаланобисом и расширенный в 58 г. Тьюки), концепция-предшественник
  • 1950, классическая формализация Вилли Хеннига[21]
  • 1952, метод расхождения плана земли Уильяма Вагнера[22]
  • 1953 г., придумано «кладогенез».[23]
  • 1960, «кладистический», изобретенный Каином и Харрисоном.[24]
  • 1963, первая попытка использовать ML (максимальная вероятность) для филогенетики, Эдвардс и Кавалли-Сфорца.[25]
  • 1965
    • Экономия Камина-Сокаля, первый критерий экономии (оптимизации) и первая компьютерная программа / алгоритм для кладистического анализа Камина и Сокаля[26]
    • метод совместимости персонажей, также называемый анализом кликов, независимо введенный Камином и Сокалом (loc. cit.) и Э. О. Уилсон[27]
  • 1966
    • Английский перевод Хеннига[28]
    • придуманы "кладистика" и "кладограмма" (Webster's, loc. cit.)
  • 1969
    • динамическое и последовательное взвешивание, Джеймс Фаррис[29]
    • Вагнер экономия, Клюге и Фаррис[30]
    • CI (индекс согласованности), Клюге и Фаррис[30]
    • введение попарной совместимости для анализа клик, Le Quesne[31]
  • 1970, экономия Вагнера, обобщенная Фаррисом[32]
  • 1971
    • первое успешное применение ML в филогенетике (для белковых последовательностей), Neyman[33]
    • Fitch экономия, Fitch[34]
    • NNI (ближайший соседний обмен), первая стратегия поиска с перестановкой ветвей, независимо разработанная Робинсоном[35] и Мур и др.
    • ME (минимальная эволюция), Kidd и Sgaramella-Zonta[36] (неясно, является ли это методом попарного расстояния или он связан с ML, поскольку Эдвардс и Кавалли-Сфорца называют ML «минимальной эволюцией»)
  • 1972, консенсус Адамса, Адамс[37]
  • 1976 г., префиксная система рангов, Фаррис[38]
  • 1977, Долло бережливость, Фаррис[39]
  • 1979
    • Консенсус Нельсона, Нельсон[40]
    • MAST (поддерево максимального согласия) ((GAS) поддерево максимального согласия), метод консенсуса, Гордон[41]
    • бутстрап, Брэдли Эфрон, предшественник концепции[42]
  • 1980, PHYLIP, первый программный пакет для филогенетического анализа, Felsenstein
  • 1981
    • консенсус большинства, Маргуш и МакМоррис[43]
    • строгий консенсус, Сокал и Рольф[44]
    • первый вычислительно эффективный алгоритм машинного обучения, Felsenstein[45]
  • 1982
    • ФИЗИС, Микевич и Фаррис
    • ветвь и переплет, Хенди и Пенни[46]
  • 1985
    • первый кладистический анализ эукариот на основе комбинированных фенотипических и генотипических данных Дайана Липскомб[47]
    • первый выпуск Кладистика
    • первое филогенетическое применение бутстрапа, Фельзенштейна[48]
    • первое филогенетическое применение складного ножа, Скотт Ланьон[49]
  • 1986, Макклейд, Мэддисон и Мэддисон
  • 1987, метод объединения соседей Сайто и Ней[50]
  • 1988, Hennig86 (версия 1.5), Фаррис
    • Поддержка Бремера (индекс распада), Бремера[51]
  • 1989
    • RI (индекс удержания), RCI (индекс согласованности с измененным масштабом), Farris[52]
    • HER (коэффициент избытка гомоплазии), Арчи[53]
  • 1990
    • комбинируемые компоненты (полустрогое) консенсус, Бремер[54]
    • SPR (обрезка и пересадка поддерева), TBR (деление дерева пополам и повторное соединение), Swofford и Olsen[55]
  • 1991
    • DDI (индекс достоверности данных), Goloboff[56][57]
    • первый кладистический анализ эукариот, основанный только на фенотипических доказательствах, Lipscomb
  • 1993, подразумеваемое взвешивание Голобова[58]
  • 1994, уменьшенный консенсус: RCC (уменьшенный кладистический консенсус) для корневых деревьев, Уилкинсон[59]
  • 1995, уменьшенный консенсус RPC (уменьшенный консенсус раздела) для некорневых деревьев, Уилкинсон[60]
  • 1996, первые методы работы для BI (байесовский вывод), независимо разработанные Ли,[61] Мау,[62] и Раннала и Ян[63] и все с использованием MCMC (цепь Маркова-Монте-Карло)
  • 1998, TNT (анализ дерева с использованием новой технологии), Голобофф, Фаррис и Никсон
  • 1999, Винклада, Никсон
  • 2003, симметричная ресэмплинг, Голобов[64]
  • 2004, 2005, метрика симмилярности (с использованием приближения к сложности Колмогорова) или NCD (нормализованное расстояние сжатия), Li et al.,[65] Чилибрази и Витаньи.[66]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ "филогенетический". Dictionary.com Несокращенный. Случайный дом.
  2. ^ «филогенетический». Словарь Merriam-Webster.
  3. ^ Лидделл, Генри Джордж; Скотт, Роберт; Джонс, Генри Стюарт (1968). Греко-английский лексикон (9-е изд.). Оксфорд: Clarendon Press. п. 1961 г.
  4. ^ "филогения". Биология онлайн. Получено 15 февраля 2013.
  5. ^ «Филогенетические деревья». www.cs.tau.ac.il. Получено 27 апреля 2019.
  6. ^ Ричард К. Бруска и Гэри Дж. Бруска (2003). Беспозвоночные (2-е изд.). Сандерленд, Массачусетс: Sinauer Associates. ISBN  978-0-87893-097-5.
  7. ^ Бок, В. Дж. (2004). Разъяснения по систематике. Стр. 49–56. В Williams, D. M. и Forey, P. L. (eds) Milestones in Systematics. Лондон: Специальный выпуск Ассоциации систематики, серия 67. CRC Press, Бока-Ратон, Флорида.
  8. ^ Ауян, Санни Ю. (1998). Рассказы и теории естественной истории. В: Основы теорий сложных систем: в экономике, эволюционной биологии и статистической физике. Кембридж, Великобритания; Нью-Йорк: Издательство Кембриджского университета.[страница нужна ]
  9. ^ Харпер, Дуглас (2010). «Филогения». Интернет-словарь этимологии.
  10. ^ Стюесси 2009.
  11. ^ Блехшмидт, Эрих (1977) Начало человеческой жизни. Springer-Verlag Inc., стр. 32: «Так называемый основной закон биогенетики неверен. Никакие« но »или« если »не могут смягчить этот факт. Он даже немного не верен или верен в другой форме, что делает его действительным в определенном процентном отношении. Это совершенно неверно . "
  12. ^ Эрлих, Пол; Ричард Холм; Деннис Парнелл (1963) Процесс эволюции. Нью-Йорк: МакГроу – Хилл, с. 66: «Его недостатки почти повсеместно указывались современными авторами, но эта идея все еще занимает видное место в биологической мифологии. Сходство ранних эмбрионов позвоночных легко объяснить, не прибегая к таинственным силам, заставляющим каждого человека восстанавливать свое филогенетическое древо. "
  13. ^ Байес, мистер; Прайс, мистер (1763 г.). «Очерк решения проблемы в доктрине случайностей. Покойный преподобный г-н Байес, Ф. Р. С., переданный г-ном Прайсом в письме Джону Кантону, А. М. Ф. Р. С.». Философские труды Лондонского королевского общества. 53: 370–418. Дои:10.1098 / рстл.1763.0053.
  14. ^ Стрикбергер, Монро. 1996. Evolution, 2-е. изд. Джонс и Бартлетт.[страница нужна ]
  15. ^ Теория эволюции, курс обучающей компании, лекция 1
  16. ^ Древо жизни Дарвина В архиве 13 марта 2014 г. Wayback Machine
  17. ^ Арчибальд, Дж. Дэвид (2008). "Додарвиновское" дерево жизни Эдварда Хичкока (1840) "'". Журнал истории биологии. 42 (3): 561–92. CiteSeerX  10.1.1.688.7842. Дои:10.1007 / s10739-008-9163-у. PMID  20027787.
  18. ^ Дарвин, Чарльз; Уоллес, Альфред (1858). «О склонности видов к формированию разновидностей; и о сохранении разновидностей и видов естественными средствами отбора». Журнал трудов Линнеевского общества Лондона. Зоология. 3 (9): 45–62. Дои:10.1111 / j.1096-3642.1858.tb02500.x.
  19. ^ Долло, Луи. 1893. Les lois de l'évolution. Бык. Soc. Belge Géol. Палеонт. Hydrol. 7: 164–66.
  20. ^ Тиллярд, Р. Дж (2012). «Новая классификация отряда Perlaria». Канадский энтомолог. 53 (2): 35–43. Дои:10.4039 / Ent5335-2.
  21. ^ Хенниг, Вилли (1950). Grundzüge einer Theorie der Phylogenetischen Systematik [Основные черты теории филогенетической систематики] (на немецком). Берлин: Deutscher Zentralverlag. OCLC  12126814.[страница нужна ]
  22. ^ Вагнер, Уоррен Герберт (1952). «Род папоротников Diellia: структура, родство и таксономия». Публикации Калифорнийского университета по ботанике. 26 (1–6): 1–212. OCLC  4228844.
  23. ^ Девятый новый университетский словарь Вебстера
  24. ^ Каин, А. Дж; Харрисон, Г. А (2009). «Филетическое взвешивание». Труды Лондонского зоологического общества. 135 (1): 1–31. Дои:10.1111 / j.1469-7998.1960.tb05828.x.
  25. ^ «Реконструкция эволюции» в «Тезисы докладов». Анналы генетики человека. 27 (1): 103–5. 1963. Дои:10.1111 / j.1469-1809.1963.tb00786.x.
  26. ^ Камин, Джозеф H; Сокал, Роберт Р. (1965). «Метод определения ветвящихся последовательностей в филогенезе». Эволюция. 19 (3): 311–26. Дои:10.1111 / j.1558-5646.1965.tb01722.x.
  27. ^ Уилсон, Эдвард О (1965). «Тест на согласованность филогенеза на основе современных видов». Систематическая зоология. 14 (3): 214–20. Дои:10.2307/2411550. JSTOR  2411550.
  28. ^ Хенниг. W. (1966). Филогенетическая систематика. Издательство Иллинойского университета, Урбана.[страница нужна ]
  29. ^ Фаррис, Джеймс S (1969). "Подход последовательных приближений к весу символов". Систематическая зоология. 18 (4): 374–85. Дои:10.2307/2412182. JSTOR  2412182.
  30. ^ а б Kluge, A.G; Фаррис, Дж. С. (1969). «Количественная филетика и эволюция бесхвостых животных». Систематическая биология. 18 (1): 1–32. Дои:10.1093 / sysbio / 18.1.1.
  31. ^ Кен, Вальтер Дж. Ле (1969). «Метод выбора знаков в числовой таксономии». Систематическая зоология. 18 (2): 201–205. Дои:10.2307/2412604. JSTOR  2412604.
  32. ^ Фаррис, Дж. С. (1970). «Методы вычисления деревьев Вагнера». Систематическая биология. 19: 83–92. Дои:10.1093 / sysbio / 19.1.83.
  33. ^ Нейман, Дж. (1971). Молекулярные исследования: источник новых статистических проблем. В: Гупта С. С., Якель Дж. (Ред.), Статистическая теория принятия решений и связанные темы, стр. 1-27. Academic Press, Нью-Йорк.
  34. ^ Фитч, В. М. (1971). «На пути к определению хода эволюции: минимальные изменения для конкретной топологии дерева». Систематическая биология. 20 (4): 406–16. Дои:10.1093 / sysbio / 20.4.406. JSTOR  2412116.
  35. ^ Робинсон, Д. Ф. (1971). «Сравнение помеченных деревьев с валентностью три». Журнал комбинаторной теории, серия B. 11 (2): 105–19. Дои:10.1016/0095-8956(71)90020-7.
  36. ^ Кидд, К. К.; Сгарамелла-Зонта, Л. А (1971). «Филогенетический анализ: концепции и методы». Американский журнал генетики человека. 23 (3): 235–52. ЧВК  1706731. PMID  5089842.
  37. ^ Адамс, Э. Н. (1972). «Консенсусные методы и сравнение таксономических деревьев». Систематическая биология. 21 (4): 390–397. Дои:10.1093 / sysbio / 21.4.390.
  38. ^ Фаррис, Джеймс С (1976). «Филогенетическая классификация окаменелостей с современными видами». Систематическая зоология. 25 (3): 271–282. Дои:10.2307/2412495. JSTOR  2412495.
  39. ^ Фаррис, Дж. С. (1977). «Филогенетический анализ по закону Долло». Систематическая биология. 26: 77–88. Дои:10.1093 / sysbio / 26.1.77.
  40. ^ Нельсон, Г. (1979). «Кладистический анализ и синтез: принципы и определения, с исторической запиской о Familles Des Plantes Адансона (1763-1764)». Систематическая биология. 28: 1–21. Дои:10.1093 / sysbio / 28.1.1.
  41. ^ Гордон, А. Д. (1979). «Мера совпадения рейтингов». Биометрика. 66 (1): 7–15. Дои:10.1093 / biomet / 66.1.7. JSTOR  2335236.
  42. ^ Эфрон Б. (1979). Методы бутстрапа: еще один взгляд на складной нож. Анна. Стат. 7: 1–26.
  43. ^ Маргуш, Т; МакМоррис, Ф (1981). «Деревья консенсуса». Вестник математической биологии. 43 (2): 239. Дои:10.1016 / S0092-8240 (81) 90019-7.
  44. ^ Сокал, Роберт Р.; Рольф, Ф. Джеймс (1981). "Таксономическое соответствие в Leptopodomorpha повторно исследовано". Систематическая зоология. 30 (3): 309. Дои:10.2307/2413252. JSTOR  2413252.
  45. ^ Фельзенштейн, Джозеф (1981). «Эволюционные деревья из последовательностей ДНК: подход максимального правдоподобия». Журнал молекулярной эволюции. 17 (6): 368–76. Дои:10.1007 / BF01734359. PMID  7288891.
  46. ^ Хенди, доктор медицины; Пенни, Дэвид (1982). «Алгоритмы ветвей и границ для определения минимальных эволюционных деревьев». Математические биологические науки. 59 (2): 277. Дои:10.1016 / 0025-5564 (82) 90027-Х.
  47. ^ Липскомб, Диана (1985). «Эукариотические царства». Кладистика. 1: 127–40. Дои:10.1111 / j.1096-0031.1985.tb00417.x.
  48. ^ Фельзенштейн, Дж (1985). «Пределы уверенности в филогении: подход, использующий бутстрап». Эволюция. 39: 783–791. Дои:10.2307/2408678. PMID  28561359.
  49. ^ Ланьон, С. М. (1985). «Обнаружение внутренних несоответствий в данных о расстоянии». Систематическая биология. 34 (4): 397–403. CiteSeerX  10.1.1.1000.3956. Дои:10.1093 / sysbio / 34.4.397.
  50. ^ Saitou, N .; Ней, М. (1987). «Метод объединения соседей: новый метод реконструкции филогенетических деревьев». Молекулярная биология и эволюция. 4 (4): 406–25. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a040454. PMID  3447015.
  51. ^ Бремер, Кори (1988). "Пределы данных аминокислотной последовательности в филогенетической реконструкции покрытосеменных". Эволюция. 42 (4): 795–803. Дои:10.1111 / j.1558-5646.1988.tb02497.x. PMID  28563878.
  52. ^ Фаррис, Джеймс С (1989). «Индекс удержания и измененный индекс согласованности». Кладистика. 5 (4): 417–419. Дои:10.1111 / j.1096-0031.1989.tb00573.x.
  53. ^ Арчи, Джеймс В. (1989). «Коэффициенты избытка гомоплазии: новые индексы для измерения уровней гомоплазии в филогенетической систематике и критика индекса согласованности». Систематическая зоология. 38 (3): 253–269. Дои:10.2307/2992286. JSTOR  2992286.
  54. ^ Бремер, Кори (1990). «Консенсус комбинируемых компонентов». Кладистика. 6 (4): 369–372. Дои:10.1111 / j.1096-0031.1990.tb00551.x.
  55. ^ Д. Л. Своффорд и Г. Дж. Олсен. 1990. Реконструкция филогении. В Д. М. Хиллисе и Г. Морице (редакторы), «Молекулярная систематика», страницы 411–501. Sinauer Associates, Сандерленд, Массачусетс.
  56. ^ Голобов, Пабло А (1991). «Гомоплазия и выбор среди кладограмм». Кладистика. 7 (3): 215–232. Дои:10.1111 / j.1096-0031.1991.tb00035.x.
  57. ^ Голобов, Пабло А (1991). «Случайные данные, гомоплазия и информация». Кладистика. 7 (4): 395–406. Дои:10.1111 / j.1096-0031.1991.tb00046.x.
  58. ^ Голобов, Пабло А (1993). «Оценка веса символов во время поиска по дереву». Кладистика. 9: 83–91. Дои:10.1111 / j.1096-0031.1993.tb00209.x.
  59. ^ Уилкинсон, М. (1994). «Общая кладистическая информация и ее консенсусное представление: уменьшенные Адамса и уменьшенные деревья и профили кладистического консенсуса». Систематическая биология. 43 (3): 343–368. Дои:10.1093 / sysbio / 43.3.343.
  60. ^ Уилкинсон, Марк (1995). «Подробнее о методах ограниченного консенсуса». Систематическая биология. 44 (3): 435–439. Дои:10.2307/2413604. JSTOR  2413604.
  61. ^ Ли, Шуйин; Перл, Деннис К.; Досс, Хани (2000). «Построение филогенетического дерева с использованием цепи Маркова Монте-Карло». Журнал Американской статистической ассоциации. 95 (450): 493. CiteSeerX  10.1.1.40.4461. Дои:10.1080/01621459.2000.10474227. JSTOR  2669394.
  62. ^ Мау, Боб; Ньютон, Майкл А; Ларже, Брет (1999). "Байесовский филогенетический вывод с помощью методов Монте-Карло цепи Маркова". Биометрия. 55 (1): 1–12. CiteSeerX  10.1.1.139.498. Дои:10.1111 / j.0006-341X.1999.00001.x. JSTOR  2533889. PMID  11318142.
  63. ^ Раннала, Брюс; Ян, Цзихэн (1996). «Распределение вероятностей молекулярных эволюционных деревьев: новый метод филогенетического вывода». Журнал молекулярной эволюции. 43 (3): 304–11. Дои:10.1007 / BF02338839. PMID  8703097.
  64. ^ Голобов, П (2003). «Улучшения передискретизации мер групповой поддержки». Кладистика. 19 (4): 324–32. Дои:10.1111 / j.1096-0031.2003.tb00376.x.
  65. ^ М. Ли, Х. Чен, Х. Ли, Б. Ма, П.М.Б. Vitanyi, Метрика подобия, IEEE Trans. Сообщить. Th., 50:12 (2004), 3250--3264
  66. ^ Р. Чилибрази, П.М.Б. Витани, Кластеризация сжатием, IEEE Trans. Теория информации, 51: 4 (2005), 1523-1545

Библиография

внешняя ссылка