Информатика генома мыши - Mouse Genome Informatics

Информатика генома мыши (MGI) - это бесплатная онлайн-база данных и биоинформатический ресурс, размещенный на Лаборатория Джексона при финансировании Национальный институт исследования генома человека (NHGRI), Национальный институт рака (NCI), а Юнис Кеннеди Шрайвер Национальный институт детского здоровья и развития человека (NICHD).[1] MGI обеспечивает доступ к данным о генетике, геномике и биологии лабораторных мышей, чтобы облегчить изучение здоровья и болезней человека.[2][3] База данных объединяет несколько проектов, два из которых наибольшие из них - База данных генома мышей и База данных экспрессии генов мышей (GXD).[4] По состоянию на 2018 год, MGI содержит данные, собранные из более чем 230 000 публикаций.[5]

Ресурс MGI впервые был опубликован в сети в 1994 году.[5] и представляет собой набор данных, инструментов и анализов, созданных и адаптированных для использования в лабораторная мышь, широко используемый модельный организм. Это «авторитетный источник официальных названий генов, аллелей и линий мышей», которые соответствуют руководящим принципам, установленным Международным комитетом по стандартизированной генетической номенклатуре для мышей.[6] История и направленность научно-исследовательских и производственных объектов лаборатории Джексона дает огромные знания и глубину, которые исследователи могут использовать для продвижения своих исследований. Специализированное сообщество исследователей мышей во всем мире также расширяет знания и способствует их развитию. Это незаменимый инструмент для любого исследователя, использующего мышь в качестве модельного организма для своих исследований, а также для исследователей, интересующихся генами, которые имеют гомологию с генами мыши. Различные ресурсы поддержки исследований мышей, включая коллекции животных и бесплатное программное обеспечение для управления колониями, также доступны на сайте MGI.[7]

База данных генома мышей

База данных генома мышей
Database.png
Содержание
Описаниересурс по геномике и генетике млекопитающих.
Связаться с нами
Исследовательский центрЛаборатория Джексона
Основное цитированиеДжудит Блейк и др. (2011)[8]
Доступ
Интернет сайтhttp://www.informatics.jax.org
Скачать URLftp://ftp.informatics.jax.org/

В База данных генома мышей собирает и обрабатывает подробные фенотипические и функциональные аннотации для мышь гены и аллели.[8] Это NHGRI финансируемый проект, который вносит вклад в базу данных информатики генома мышей.

База данных экспрессии генов мышей

База данных экспрессии генов мыши
Database.png
Содержание
ОписаниеБаза данных экспрессии генов мыши
ОрганизмыMus musculus
Связаться с нами
Исследовательский центрЛаборатория Джексона
Основное цитированиеПалец и др. (2011)[9]
Дата выхода1996
Доступ
Интернет сайтhttp://www.informatics.jax.org/expression.shtml

В База данных экспрессии генов это ресурс сообщества, содержащий информацию о развитии мышей.[9]

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ «Текущая финансовая поддержка MGI-MGI». jax.org. Получено 2 июн 2015.
  2. ^ Шоу Д. (май 2004 г.). «Поиск ресурсов информатики генома мышей (MGI) для получения информации о биологии мышей от генотипа к фенотипу». Текущие протоколы в биоинформатике. Глава 1: Блок 1.7. Дои:10.1002 / 0471250953.bi0107s05. ISBN  0471250953. ЧВК  5147750. PMID  18428715.
  3. ^ Ци Д, Блейк Дж., Kadin JA, Richardson JE, Ringwald M, Eppig JT, Bult CJ (8–11 августа 2005 г.). Интеграция данных в базу данных информатики генома мышей (MGI). Конференция по биоинформатике вычислительных систем, 2005. Семинары и тезисы докладов. IEEE. С. 37–8. Дои:10.1109 / CSBW.2005.48. ISBN  0-7695-2442-7.
  4. ^ "MGI-О ресурсе базы данных информатики генома мышей". jax.org. Получено 2 июн 2015.
  5. ^ а б Закон, М; Шоу, Д.Р. (2018). Информатика генома мышей (MGI) - международный ресурс информации о лабораторных мышах. Методы молекулярной биологии. 1757. С. 141–161. Дои:10.1007/978-1-4939-7737-6_7. ISBN  978-1-4939-7736-9. PMID  29761459.
  6. ^ Домашняя страница номенклатуры мыши, получено 28 августа 2016
  7. ^ Ивица Летунич. "OpenHelix: информатика генома мыши (MGI)". openhelix.com. Архивировано из оригинал 26 декабря 2017 г.. Получено 2 июн 2015.
  8. ^ а б Блейк, Джудит А.; Bult, Кэрол Дж .; Кадин, Джеймс А .; Ричардсон, Джоэл Э .; Eppig, Janan T .; Группа базы данных генома мышей (январь 2011 г.). "База данных генома мышей (MGD): главный ресурс модельных организмов для геномики и генетики млекопитающих". Нуклеиновые кислоты Res. Англия. 39 (Проблема с базой данных): D842-8. Дои:10.1093 / nar / gkq1008. ЧВК  3013640. PMID  21051359.
  9. ^ а б Палец, Жаклин Н; Smith Constance M; Хаямизу Терри Ф; Маккрайт Ингеборг Дж; Эппиг Джанан Т; Кадин Джеймс А; Ричардсон Джоэл Э; Рингуолд Мартин (январь 2011 г.). «База данных экспрессии генов мыши (GXD): обновление 2011 г.». Нуклеиновые кислоты Res. Англия. 39 (Проблема с базой данных): D835-41. Дои:10.1093 / nar / gkq1132. ЧВК  3013713. PMID  21062809.

внешние ссылки