Нидерландский центр биоинформатики - Netherlands Bioinformatics Centre

Нидерландский центр биоинформатики
Типнекоммерческая организация
Место расположения
Интернет сайтwww.nbic.nl

В Нидерландский центр биоинформатики или же NBIC[1] (2003-2013) была голландской, финансируемой государством организацией, которая координировала всю академическую работу по биоинформатика в Нидерланды.[2] NBIC состоял из программ для исследований (BioRange), для обучения (BioWise) и для поддержки (BioAssist). Все партнеры NBIC Голландские университеты и университетские больницы, и некоторые коммерческие предприятия. Центральный офис NBIC размещался в Центр молекулярной и биомолекулярной информатики (CMBI) на Медицинский центр Университета Радбауд в Неймегене.

История

В 2003 году был запущен NBIC.[3] как некоммерческий организации, чтобы укрепить и организовать исследования биоинформатики в Нидерланды. NBIC - один из четырех технологических центров, созданных по инициативе Нидерландская инициатива в области геномики (NGI)[4] улучшить геномика исследования в Нидерландах. Остальные три технологических центра: Нидерландский центр протеомики (NPC),[5] то Нидерландский центр метаболомики (NMC)[6] и Нидерландский консорциум системной биологии (NCSB).[7] Большинство служб переехало в Голландский техцентр наук о жизни в 2015 году.[8]

Финансирование

Нидерландский центр биоинформатики финансировался Голландское правительство сквозь Нидерландская инициатива в области геномики (NGI)[9] и БСИК[10](инфраструктуры знаний) программа.

Поддерживать

Отдел поддержки NBIC, BioAssist, состоит из рабочих групп, которые объединяют экспертов в различных областях биоинформатики. Вместе эти люди определяют общие проблемы в своей области, которые они намереваются решить совместными усилиями. BioAssist также имеет группу поддержки исследований биоинформатики (BRS),[11][12] который помогает биологам и медикам с короткими проектами биоинформатики.

Образование

Образовательная часть NBIC, BioWise, организует курсы и тренинги на разных уровнях. Они проводят обучение в школах,[13] сотрудничать с различными образовательными программами по биоинформатике в университетах Нидерландов и организовывать тренинги для кандидат наук студенты. Кроме того, проводятся тематические тренинги и конференции на национальном уровне или с другими международными партнерами, такими как Швейцарский институт биоинформатики.

Достижения

Организация биоинформатических исследований

На данный момент NBIC достигла своей цели по объединению различных исследовательских групп в области биоинформатики в Нидерланды. В настоящее время он также сотрудничает с голландскими университетами прикладных наук (UAS) в сети LOBIN. в июле 2011 г. к ним присоединились четыре БПЛА.[14]

Программное обеспечение для биоинформатики

Большое разнообразие программное обеспечение для биоинформатики был создан людьми, вовлеченными в NBIC.[15] NBIC также предоставляет услугу по координации программного обеспечения разработка (Trac-сервер с релизами ПО и проектной документацией).[16] Многие инструменты также доступны через собственный открытый доступ NBIC. Галактика сервер[17]

Промышленные ссылки

Были сделаны первые шаги по включению коммерческих организаций, в том числе через Платформу промышленных пользователей биоинформатики (BIUP). BIUP, хотя он все еще находится на начальной стадии в середине 2011 года, уже привлек таких партнеров, как DSM.

Общественное здание

Большая часть усилий NBIC сосредоточена на развитии новых или укреплении существующих сообществ биоинформатики. Например, NBIC провела конференцию 2011 г. Галактика Общественная конференция.[18]В Нидерланды Биоинформатика для платформы протеомики (сокращенно NBPP) является совместной инициативой Нидерландского центра биоинформатики (NBIC) и Нидерландский центр протеомики (NPC).

Торжественное заседание Глобальная организация обучения, образования и подготовки в области биоинформатики (ГОБЛЕТ) был проведен в NBIC в ноябре 2012 года.[19]

Рекомендации

  1. ^ Сайт NBIC
  2. ^ van Gelder, Celia W. G .; Хоофт, Роб В. В .; van Rijswijk, Merlijn N .; ван ден Берг, Линда; Kok, Ruben G .; Рейндерс, Марсель; Монс, Баренд; Херинга, Яап (15 сентября 2017 г.). «Биоинформатика в Нидерландах: ценность общенационального сообщества». Брифинги по биоинформатике. 20 (2): 375–383. Дои:10.1093 / bib / bbx087. ЧВК  6433734. PMID  28968694.
  3. ^ Информация Нидерландской инициативы по геномике на NBIC
  4. ^ Обзор Центры геномики NGI
  5. ^ Веб-сайт Нидерландского центра протеомики
  6. ^ Веб-сайт Нидерландского центра метаболомики
  7. ^ «Сайт Нидерландского консорциума системной биологии». Архивировано из оригинал на 2012-01-25. Получено 2012-02-27.
  8. ^ «NBIC: деятельность BioAssist перенесена в программу DTL Data». www.nbic.nl. Получено 2 марта 2018.
  9. ^ Веб-сайт Нидерландской инициативы по геномике
  10. ^ Веб-сайт BSIK: Besluit субсидии Investeringen Kennisinfrastructuur
  11. ^ [1]
  12. ^ http://www.nbic.nl/support/brs/
  13. ^ Биоинформатика в классе
  14. ^ Члены LOBIN
  15. ^ перечень ключевых программных продуктов NBIC
  16. ^ Сервер трассировки NBIC
  17. ^ Сервер NBIC Galaxy
  18. ^ Домашняя страница конференции сообщества Galaxy 2011
  19. ^ "Встреча BTN / GOBLET | GOBLET". www.mygoblet.org. Получено 24 августа 2016.