Bsoft - Bsoft
Bsoft представляет собой набор программ и платформу для разработки программного обеспечения для обработки изображений и молекулярной обработки в структурной биологии. Проблемы структурной биологии решаются с помощью высокомодульного дизайна, что позволяет быстро разрабатывать новые алгоритмы без таких проблем, как файловый ввод-вывод. Он предоставляет легко доступный интерфейс, ресурс, который может быть использован в других пакетах. Поддерживаются несколько рабочих процессов, таких как анализ отдельных частиц и томография, с обменом параметрами, а также возможность выполнять распределенную обработку в разнородных кластерах компьютеров.
Технические детали
Версия: 1.8.8
Поддержка ОС: Unix (Mac OS X, IRIX, Linux, AIX, Solaris, Tru64), OpenVMS
Поддержка формата:
- Изображения: BioRad, Brix, CCP4, Цифровые инструменты, Цифровая микрофотография, DSN6, EM, Goodford, GRD, Imagic, JPEG, MFF, Магия изображений, MRC, PIC, PIF, PNG, Паук, Суприм, TIFF, СЫРОЙ
- Параметры микрофотографии: STAR (словарь Bsoft), XML (Схема Bsoft), EMX (схема формата обмена EM)
- Последовательности: EMBL, Fasta, Genbank, Phylip, PIR, STAR, Text
- Молекулярное моделирование: Gromacs, PDB, ЗВЕЗДА / ммCIF, Текст, WAH
- Общее моделирование: модель маркера химеры, STAR (словарь Bsoft), XML (схема Bsoft)
Публикации
- Heymann JB (2001) Bsoft: Обработка изображений и молекул в электронной микроскопии. Журнал структурной биологии 133 (2/3), 156 - 169.
- Heymann JB и Belnap DM (2007) Bsoft: Обработка изображений и молекулярное моделирование для электронной микроскопии. Журнал структурной биологии 157 (1), 3 - 18.
- Heymann JB, Cardone G, Winkler DC и Steven AC (2008) Вычислительные ресурсы для криоэлектронной томографии в Bsoft. Журнал структурной биологии 161 (3), 232 - 242.
- Heymann JB (2018) Руководство по использованию Bsoft для реконструкции с высоким разрешением и проверки биомолекулярных структур на электронных микрофотографиях. Наука о протеине 27 (1), 159-171.
- Heymann JB (2018) Реконструкция и проверка отдельных частиц с использованием Bsoft для Map Challenge. Журнал структурной биологии 204 (1), 90-95.