Банк данных EM - EM Data Bank
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | Единый ресурс данных для КриоЭМ. |
| Связаться с нами | |
| Исследовательский центр | Европейский институт биоинформатики (сайт в Великобритании) И университет Рутгерса (сайт в США) |
| Лаборатория | PDBe и RCSB PDB |
| Основное цитирование | Лоусон и др. (2011)[1] |
| Дата выхода | 2002 |
| Доступ | |
| Интернет сайт | emdatabank |
В Банк данных EM или Банк данных электронной микроскопии (EMDB) собирает 3D-ЭМ-карты и связанные с ними экспериментальные данные, полученные с помощью электронной микроскопии биологических образцов. Он был основан в 2002 г. MSD / PDBe группа Европейский институт биоинформатики (EBI), где расположен европейский сайт консорциума EMDataBank.org. По состоянию на 2015 год[Обновить]ресурс содержал более 2600 записей со средним разрешением 15 Å.[2]
Первоначально депонирование данных осуществлялось через интерфейс осаждения EMdep, но с 2016 года депонирование данных было включено в wwPDB OneDep интерфейс[3]
Под Единый ресурс данных NIH для CryoEM, то Сотрудничество в области исследования структурной биологии (RCSB) также действует как центр хранения, обработки и распределения данных EMDB, в то время как Национальный центр макромолекулярной визуализации (NCMI) является партнером по сотрудничеству в предоставлении услуг и инструментов, касающихся EMDB.
EM Data Bank также предоставляет EMsearch инструмент поиска и данные можно также запросить на RCSB, EMBL-EBI и PDBj[1].
EMDB - это архив трехмерных карт плотности всех типов биологических ансамблей, включая рибосомы, шапероны, полимеразы, многофункциональные ферменты и вирусы. Viper EMDB в Скриппс отдельная база данных для трехмерных ЭМ карт вирусов.
Чтобы сравнить и оценить методы нового поколения структур с более высоким разрешением (лучше 5Å), EMDB провела первые испытания CryoEM Map Challenge и CryoEM Model Challenge, о которых сообщается в специальном выпуске Journal of Structural Biology. [2]
Смотрите также
использованная литература
- ^ Лоусон, Кэтрин Л; Бейкер, Мэтью Л; Бест, Кристоф; и другие. (Январь 2011 г.). «EMDataBank.org: единый ресурс данных для CryoEM». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (приложение 1): D456-464. Дои:10.1093 / nar / gkq880. ЧВК 3013769. PMID 20935055.
- ^ Эскивель-Родригес, Дж .; Xiong, Y; Хан, X; и другие. (30 мая 2015 г.). «Навигация по трехмерным электронно-микроскопическим картам с помощью EM-SURFER». BMC Bioinform. 16 (181). Дои:10.1186 / s12859-015-0580-6. ЧВК 4448178. PMID 26025554.
- ^ Янг, JY; Вестбрук, JD; Feng, Z; Sala, R; Peisach, E; Oldfield, TJ; Сен, S; Гутманас, А; Армстронг, доктор наук; Беррисфорд, JM; Чен, L; Чен, М; Ди Костанцо, L; Димитропулос, Д; Gao, G; Ghosh, S; Гор, S; Guranovic, V; Хендрикс, премьер-министр; Хадсон, ВР; Igarashi, R; Икегава, Y; Кобаяши, N; Lawson, CL; Лян, Y; Mading, S; Мак, Л; Мир, МС; Mukhopadhyay, A; Патвардхан, А; Персикова, я; Ринальди, L; Санс-Гарсия, Восточная; Сехаран, MR; Shao, C; Swaminathan, GJ; Тан, L; Ульрих, EL; ван Гинкель, G; Yamashita, R; Ян, H; Журавлева М.А. Кесада, М; Kleywegt, GJ; Берман, HM; Markley, JL; Накамура, Н; Веланкар, S; Берли, СК. «OneDep: Единая система wwPDB для осаждения, биокументации и проверки макромолекулярных структур в архиве PDB». Структура. 25: 536–545. Дои:10.1016 / j.str.2017.01.004. ЧВК 5360273. PMID 28190782.
- Тагари, Мохамед; Ньюман, Ричард; Чагойен, Моника; Карасо, Хосе-Мария; Хенрик, Ким (2002). «Новая база данных электронной микроскопии и система осаждения». Тенденции в биохимических науках. 27 (11): 589. Дои:10.1016 / s0968-0004 (02) 02176-х. PMID 12417136.
- Фуллер, Стивен Д. (2003). «Депонирование карт электронной микроскопии». Структура. 11 (1): 11–12. Дои:10.1016 / s0969-2126 (02) 00942-5. PMID 12517335.
- Хенрик, К; Newman, R; Тагари, М; Чагойенб М. (2003). «EMDep: веб-система для осаждения и проверки информации о структуре макромолекул с помощью электронной микроскопии с высоким разрешением». Журнал структурной биологии. 144 (1–2): 228–237. Дои:10.1016 / j.jsb.2003.09.009. PMID 14643225.
- Хейманн, Дж. Бернар; Чагойен, Моника; Белнап, Дэвид М. (2005). «Общие соглашения для обмена и архивирования информации трехмерной электронной микроскопии в структурной биологии». Журнал структурной биологии. 151 (2): 196–207. Дои:10.1016 / j.jsb.2005.06.001. PMID 16043364.
- Тагари, М .; Tate, J .; Swaminathan, G.J .; и другие. (2006). «E-MSD: улучшение размещения данных и качества структуры». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Выпуск базы данных): 287–290. Дои:10.1093 / nar / gkj163. ЧВК 1347525. PMID 16381867.