Всемирный банк данных о белках - Worldwide Protein Data Bank

Банк данных белков
Wwpdb-logo.png
Содержание
Описание
Доступ
Формат данныхммCIF, PDB
Интернет сайт

В Всемирный банк данных о белках, wwPDB, - это организация, которая ведет архив макромолекулярная структура. Его миссия - поддерживать единый Банк данных белков Архив макромолекулярный структурные данные, которые находятся в свободном и публичном доступе для мирового сообщества.[1][2]

В организации четыре члена:[3]

WwPDB была основана в 2003 году RCSB PDB (США), PDBe (Европа) и PDBj (Япония). В 2006 году BMRB (США) присоединился к wwPDB.

Сайт каждого члена может принимать структурные данные и обрабатывать данные. Обработанные данные отправляются «хранителю архива». RCSB PDB в настоящее время действует как «хранитель архива». Это гарантирует, что существует только одна версия данных, идентичная для всех пользователей. Затем измененная база данных становится доступной для других участников wwPDB, каждый из которых делает файлы итоговой структуры общедоступными через свои веб-сайты. (Доступ к данным с самого веб-сайта wwPDB осуществляется только через ссылки на веб-сайты участников.) Сайты-участники - это больше, чем просто зеркала хранителя архива, потому что участники предлагают на своих веб-сайтах различные инструменты для анализа структур в базе данных.

Достижения (взято из годовые отчеты wwPDB )

  • 2008 wwPDB теперь требует, чтобы, помимо координат атомов, амплитуды и интенсивности структурных факторов (для осаждения кристаллической структуры) и ограничений ЯМР (для осаждения структуры ЯМР) были депонированы в качестве предварительного условия для получения идентификатора PDB.
  • 2007 Выпущено исправленное PDB. Исправление включало изменение номенклатуры в соответствии со стандартами IUPAC.[4]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Всемирный банк данных по белкам. URL: http://www.wwpdb.org. Доступ: 22 апреля 2009 г.
  2. ^ Берман Х, Хенрик К., Накамура Х (декабрь 2003 г.). «Представляем всемирный банк данных о белках». Nat. Struct. Биол. 10 (12): 980. Дои:10.1038 / nsb1203-980. PMID  14634627.
  3. ^ Х., Берман; Хенрик, К .; Nakamura, H .; Маркли, Дж. Л. (январь 2007 г.). «Всемирный банк данных о белках (wwPDB): обеспечение единого унифицированного архива данных PDB» (PDF). Нуклеиновые кислоты Res. 35 (Проблема с базой данных): D301 – D303. Дои:10.1093 / нар / gkl971. ЧВК  1669775. PMID  17142228. Проверено 1/3/2008. Проверить значения даты в: | accessdate = (помощь)
  4. ^ Х., Берман; и другие. (Январь 2008 г.). «Восстановление архива банка данных белков». Нуклеиновые кислоты Res. 36 (Проблема с базой данных): D426 – D433. Дои:10.1093 / нар / гкм937. ЧВК  2238854. PMID  18073189. Проверено 1/3/2008. Проверить значения даты в: | accessdate = (помощь)

внешняя ссылка

  • Официальный веб-сайт
  • Членские организации
    • RCSB PDB, Исследовательское коллаборация по структурной биоинформатике банка данных белков (США)
    • PDBe, Банк данных о белках в Европе
    • PDBj, Банк данных по протеинам, Япония
    • BMRB, Банк данных биологического магнитного резонанса (США)