Банк данных биологического магнитного резонанса - Википедия - Biological Magnetic Resonance Data Bank

«BMRB» перенаправляется сюда. Для Британского бюро маркетинговых исследований см. Kantar Group.
Банк данных биологического магнитного резонанса
BMRB logo.svg
Содержание
ОписаниеРепозиторий ЯМР данные от биологических молекул
Типы данных
захвачен		Данные ЯМР пептидов, белков, нуклеиновых кислот и других биологически значимых молекул
Доступ
Формат данныхЯМР-ЗВЕЗДА 3.1
Интернет сайтhttp://www.bmrb.wisc.edu/
Скачать URL[1]
Разное
ЛицензияВсеобщее достояние

В Банк данных биологического магнитного резонанса (БиоМагРесБанк или же BMRB) является открытый доступ хранилище ядерный магнитный резонанс (ЯМР) спектроскопические данные от пептиды, белки, нуклеиновые кислоты и другие биологически релевантные молекулы.[1] База данных находится в ведении Университет Висконсина-Мэдисона и поддерживается Национальная медицинская библиотека. BMRB является частью Исследовательского сотрудничества в области структурной биоинформатики.[2] а с 2006 года является партнером Всемирный банк данных о белках (wwPDB).[3]В репозиторий принимаются спектральные данные ЯМР из лабораторий по всему миру, и после подтверждения данных они становятся доступными онлайн на веб-сайте BMRB. В базе данных также есть ftp-сайт, с которого данные могут быть загружены в большом количестве.[1] BMRB имеет два зеркальных сайта, один в базе данных Protein Database Japan (PDBj) по адресу Осакский университет и один в Исследовательском центре магнитного резонанса (CERM) на Университет Флоренции в Италии. Сайт в Японии принимает и обрабатывает депонированные данные.[4]

Содержание

Спектральные значения ЯМР и производная информация

Основная часть данных, хранящихся в BMRB, состоит из более чем 11 900 записей, содержащих 1ЧАС, 13C, 15N и 31Р назначен химические сдвиги и константы связи пептидов, белков и нуклеиновых кислот.[5] Другие производные данные, такие как остаточные диполярные связи (RDC), параметры релаксации, NOE значения, параметры заказа и курсы обмена водорода также доступны. База данных содержит также меньшее количество данных ЯМР углеводов, кофакторов и лигандов.[1] Эти данные имеют перекрестные ссылки на 3D-структуры в PDB по мере доступности. Данные ЯМР представлены в Формат файла NMR-STAR и ряд инструментов преобразования формата доступны на сайте для преобразования файлов из NMR-STAR в другие форматы.[1]

Сетка ограничений ЯМР

Сетка ограничений ЯМР содержит Ограничения ЯМР данные из более чем 2500 белков и нуклеиновых кислот, собранные из отложений PDB. Сетка состоит из четырех подмножеств данных:[6]

  • Исходные данные ЯМР: эта подмножество содержит данные, обнаруженные в отложениях из PDB. Данные представлены в различных форматах файлов и содержат информацию о межатомных расстояниях, двугранные углы и Ограничения RDC.
  • Анализируемые данные об ограничениях: большинство записей в исходном подмножестве данных были проанализированы в формате файла NMR-star, что облегчило его доступ и использование. Это подмножество содержит более 9400 записей.
  • Преобразованные данные ограничений (DOCR): более 500 записей в проанализированном подмножестве были преобразованы, чтобы сделать номенклатуру атомов согласованной с соответствующими координатами атомов.
  • Отфильтрованные данные ограничений (FRED): данные в DOCR были отфильтрованы для удаления дубликатов, избыточностей, несоответствий и значений, которые не участвуют в расчетах структуры.

Данные во временной области

BMRB имеет архивные наборы необработанных данных во временной области, собранные в результате экспериментов ЯМР, проведенных для расчета ограничений и химических сдвигов в пептидах, белках и нуклеиновых кислотах. Эта коллекция содержит более 200 статей и во многих случаях импульсные последовательности также доступны используемые параметры сбора данных.[1]

Данные ЯМР-спектров метаболомных соединений

BMRB содержит базу данных, содержащую спектральные данные ЯМР сотен метаболомный соединения.[1] Для большинства соединений 1H ЯМР, 13C ЯМР, 13С 90о ОТДЕЛЕНИЕ, 13С 135о ОТДЕЛЕНИЕ, 1ЧАС-1ЧАС TOCSY и 1ЧАС-13C HSQC доступны.

Статистика ЯМР

BMRB предоставляет набор статистических данных ЯМР, включая распределения химических сдвигов для отдельных атомов в аминокислоты, рибонуклеотиды и дезоксирибонуклеотиды. Данные представлены в виде интерактивных гистограмм и графиков плотности.[7]

Поиски

Сетевой интерфейс запросов BMRB

Интерфейс сетки запросов BMRB,[8] позволяет искать в базе данных по типу молекулы (пептид, белок, ДНК, РНК и т. д.), по типу данных (1H химический сдвиг, 13C химический сдвиг, константа взаимодействия и т. Д.), По ID-номеру PDB и по инвентарному номеру BMRB.

FASTA поиск

Сайт BMRB также содержит FASTA страница поиска, на которой в базе данных можно искать соответствующие нуклеотидные или пептидные последовательности.[9]

Страница поиска в архиве

На странице архива поиска можно выполнять поиск по инвентарному номеру, автору, заголовку, названию молекулы и идентификационному номеру из других общих баз данных. Опция расширенного поиска позволяет выполнять запросы с использованием различных параметров поиска, таких как: вводная информация, цитаты, молекулярная сборка, экспериментальные описания, параметры ЯМР и т. Д. На странице также есть ссылки на поиск ограничений и метаболомики.[10]

Поиск ограничений

Сетку ограничений ЯМР можно искать по номеру PDB или BMRB,[6] а также особыми видами ограничений, такими как угол кручения, расстояние, остаточная диполярная связь и т. д.[1]

Метаболомический поиск

Через страницу поиска по метаболомике.[11] в базе данных можно искать конкретные соединения по названию, молекулярной формуле, молекулярной массе, идентификационному номеру и молекулярной структуре. В нем можно искать записи с конкретными экспериментальными условиями (растворитель или напряженность поля). Интерфейс позволяет также искать соединения с совпадающими списками спектральных пиков 1D или 2D ЯМР.[1]

Размещение данных

BMRB принимает показания от исследовательских групп со всего мира. Осаждение данных, содержащих только данные спектров ЯМР (без данных о координатах), проводят через сайт BMRB с использованием системы осаждения ADIT-ЯМР.[12] Принимаемые типы данных включают: спектральные параметры ЯМР, данные релаксации, а также кинетические и термодинамические данные. Данные должны быть введены в формате NMR-STAR, преобразование из других распространенных форматов может быть выполнено с помощью конвертера файлов STARch, предоставленного на сайте.[13] На сайте также есть генератор шаблонов NMR-STAR, который создает отформатированные таблицы, в которые можно вводить данные ЯМР.[14] Данные ЯМР во временной области загружаются отдельно через ftp.[15] BMRB рекомендует депонентам проверять свои данные ЯМР перед депонированием, используя один из инструментов проверки, доступных на сайте BMRB, для проверки несоответствий и ошибок. .[16] После того, как данные размещены, они проверяются на полноту, последовательность и аннотируются, добавляются ссылки на другие базы данных и генерируется инвентарный номер BMRB. Нанесение данных, содержащих данные ЯМР и координат, осуществляется с помощью системы осаждения OneDep wwPDB.[17] После проверки и принятия данных он получает регистрационные номера PDB и BMRB.

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм час Ульрих, E.L .; Akutsu, H .; Doreleijers, J.F .; Harano, Y .; Ioannidis, Y.E .; Lin, J .; Ливны, М .; Mading, S .; Мазюк, Д .; Miller, Z .; Накатами, Э .; Schulte, C.F .; Толми, Д.Э .; Wenger, R.K .; Yao, H .; Маркли, Дж. Л. (2008). «БиоМагРесБанк». Исследования нуклеиновых кислот. 36 (Suppl_1): D402 – D408. Дои:10.1093 / нар / гкм957. ЧВК  2238925. PMID  17984079. Получено 28 декабря 2017.
  2. ^ Berman, H.M .; Westbrook, J .; Feng, Z .; Gilliland, G .; Bhat, T.N .; Weissig, H .; Шиндялов, И.Н .; Борн, П. (2006). Глава 24.5. Банк данных о белках, 1999-. Международные таблицы для кристаллографии. F. С. 675–684. Дои:10.1107/97809553602060000722. ISBN  978-0-7923-6857-1. Архивировано из оригинал 18 января 2018 г.. Получено 31 декабря 2017.
  3. ^ Berman, H .; Хенрик, К .; Nakamura, H .; Маркли, Дж. Л. (2007). «Всемирный банк данных о белках (wwPDB): обеспечение единого унифицированного архива данных PDB». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (Suppl_1): D301 – D303. Дои:10.1093 / нар / gkl971. ЧВК  1669775. PMID  17142228. Получено 31 декабря 2017.
  4. ^ Ульрих, E.L .; Маркли, Дж. Л. (2013). «БМРБ». В Робертсе, G.C.K. (ред.). Энциклопедия биофизики. Берлин, Гейдельберг: Springer. С. 195–196. Дои:10.1007/978-3-642-16712-6_315. ISBN  978-3-642-16711-9.
  5. ^ «Текущее содержание архива BMRB». Веб-страница BMRB. BMRB. Получено 2 января 2018.
  6. ^ а б «Сетка ограничений ЯМР». BMRB сайт. BMRB. Получено 3 января 2018.
  7. ^ «Статистика химических сдвигов BMRB». BMRB сайт. BMRB. Получено 3 января 2018.
  8. ^ "Интерфейс сетки запросов BMRB". BMRB сайт. BMRB. Получено 3 января 2018.
  9. ^ «BMRB FASTA search». BMRB сайт. BMRB. Получено 9 января 2018.
  10. ^ "Поисковая BMRB". BMRB сайт. BMRB. Получено 9 января 2018.
  11. ^ "Поисковая метаболомика BMRB". BMRB сайт. BMRB. Получено 9 января 2018.
  12. ^ «Системы депонирования данных BMRB». BMRB сайт. BMRB. Получено 9 января 2018.
  13. ^ «Преобразовать файл данных». BMRB сайт. BMRB. Получено 9 января 2018.
  14. ^ "Генератор таблицы атомов BMRB". BMRB сайт. BMRB. Получено 9 января 2018.
  15. ^ "Инструкции по загрузке ftp для данных ЯМР во временной области". BMRB сайт. BMRB. Получено 9 января 2018.
  16. ^ «Инструменты проверки». BMRB сайт. BMRB. Получено 10 января 2018.
  17. ^ «Экскурсия по системе OneDep Deposition». сайт wwPDB. PDB. Получено 9 января 2018.

внешняя ссылка