CAZy - Википедия - CAZy

Эта статья о базе данных. Для сообщества в Соединенных Штатах см. Кази, Западная Вирджиния.
CAZy
Database.png
Содержание
Описаниебаза данных углеводно-активных ферментов
Контакт
Исследовательский центрAFMB, Французский национальный центр научных исследований
ЛабораторияГруппа гликогеномики
Основное цитированиеЛомбард и др. (2014)[1]
Доступ
Интернет сайтhttp://www.cazy.org/
Инструменты
Интернетhttp://research.ahv.dk/cazy

http://mothra.ornl.gov/cgi-bin/cat/cat.cgi

http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/

CAZy представляет собой базу данных углеводно-активных ферментов (CAZymes).[1][2] База данных содержит классификацию и связанную информацию о ферменты участвует в синтезе, метаболизме и распознавании сложных углеводы, т.е. дисахариды, олигосахариды, полисахариды, и гликоконъюгаты. В базу данных включены семейства гликозидгидролазы,[3] гликозилтрансферазы,[4] полисахарид лиасы,[5] углевод эстеразы,[6] и некаталитический углеводсвязывающие модули.[7] База данных CAZy также включает классификацию вспомогательной деятельности. редокс ферменты, участвующие в расщеплении лигноцеллюлоза.[8]

CAZy была основана в 1999 году для обеспечения онлайн и постоянно обновляемого доступа к белковая последовательность -основная классификация семейств CAZymes,[1] который был первоначально разработан в начале 1990-х годов для классификации гликозидгидролазы.[9] Новые записи добавляются вскоре после их появления в ежедневных выпусках GenBank. Быстрая эволюция высокой пропускной способности Секвенирование ДНК привело к продолжающемуся экспоненциальному росту базы данных CAZy,[1][2][9] который сейчас охватывает сотни тысяч последовательностей.[10] CAZy продолжает курироваться и развиваться группой гликогеномики AFMB, исследовательского центра, связанного с Французский национальный центр научных исследований и Университет Экс-Марсель.[11][12]

База данных CAZy связана с CAZypedia, который был запущен в 2007 году как исследовательское сообщество, вики энциклопедия CAZymes.[13]

Классификация

CAZy идентифицирует эволюционно связанные семейства гликозилгидролаз, используя классификацию, введенную Бернаром Хенриссатом.[3][9][14] Этим семьям присваивается номер, чтобы их можно было идентифицировать, например: Семейство гликозилгидролаз 1 содержит ферменты, обладающие ТИМ ствол складывать. Эти семьи сгруппированы в 14 разных кланов, имеющих структурное сходство. CAZy содержит 94 семейства ферментов гликозилтрансфераз,[4] 22 семейства полисахаридных лизаз[5] и 16 семейств углеводных эстераз.

Рекомендации

  1. ^ а б c d Lombard, V .; Golaconda Ramulu, H .; Drula, E .; Coutinho, P.M .; Хенриссат Б. (2014). «База данных по углеводно-активным ферментам (CAZy) за 2013 год». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (D1): D490 – D495. Дои:10.1093 / нар / gkt1178. ЧВК  3965031. PMID  24270786.
  2. ^ а б Cantarel BL, Coutinho PM, Rancurel C, Bernard T, Lombard V, Henrissat B (январь 2009 г.). «База данных по углеводно-активным ферментам (CAZy): экспертный ресурс по гликогеномике». Нуклеиновые кислоты Res. 37 (Выпуск базы данных): D233–8. Дои:10.1093 / nar / gkn663. ЧВК  2686590. PMID  18838391.
  3. ^ а б Henrissat, B .; Дэвис, Г. (1997). «Структурная и последовательная классификация гликозидгидролаз». Текущее мнение в структурной биологии. 7 (5): 637–644. Дои:10.1016 / S0959-440X (97) 80072-3. PMID  9345621.
  4. ^ а б Coutinho, P.M .; Deleury, E .; Дэвис, Г. Дж .; Хенриссат, Б. (2003). «Развивающаяся иерархическая семейная классификация гликозилтрансфераз». Журнал молекулярной биологии. 328 (2): 307–317. Дои:10.1016 / S0022-2836 (03) 00307-3. PMID  12691742.
  5. ^ а б Lombard, V .; Бернард, Т .; Rancurel, C .; Brumer, H .; Coutinho, P.M .; Хенриссат Б. (2010). «Иерархическая классификация полисахаридных лиаз для гликогеномики». Биохимический журнал. 432 (3): 437–444. Дои:10.1042 / BJ20101185. PMID  20925655.
  6. ^ Накамура, Алин М .; Nascimento, Alessandro S .; Поликарпов, Игорь (2017). «Структурное разнообразие углеводных эстераз». Биотехнологические исследования и инновации. 1 (1): 35–51. Дои:10.1016 / j.biori.2017.02.001.
  7. ^ Армента, Сильвия; Морено-Мендьета, Сильвия; Санчес-Куапио, Заира; Санчес, Серхио; Родригес-Саноха, Ромина (2017). «Успехи молекулярной инженерии углеводсвязывающих модулей». Белки. 85 (9): 1602–1617. Дои:10.1002 / prot.25327. PMID  28547780.
  8. ^ Левассер А, Друла Э, Ломбард V, Коутиньо П.М., Хенриссат Б (март 2013 г.). «Расширение ферментативного репертуара базы данных CAZy для интеграции вспомогательных окислительно-восстановительных ферментов». Биотехнология Биотопливо. 6 (1): 41. Дои:10.1186/1754-6834-6-41. ЧВК  3620520. PMID  23514094.
  9. ^ а б c Дэвис GJ, Синнотт ML (2008). «Сортировка разнообразных: классификации на основе последовательности углеводно-активных ферментов» (PDF). Биохимик. 30 (4): 26–32. Дои:10.1042 / BIO03004026.
  10. ^ Текущая статистика доступна по каждому Гликозид гидролаза, Гликозилтрансфераза, Полисахарид лиаза, Углеводная эстераза, Вспомогательная деятельность, и Модуль связывания углеводов страница раздела.
  11. ^ "О". CAZy.org. Получено 3 сентября 2014.
  12. ^ "AFMB UMR 7257 - UMR7257: CNRS - AIX MARSEILLE UNIV". www.afmb.univ-mrs.fr. Получено 3 сентября 2014.
  13. ^ Консорциум CAZypedia (2018). «Десять лет CAZypedia: живая энциклопедия углеводно-активных ферментов». Гликобиология. 28 (1): 3–8. Дои:10.1093 / glycob / cwx089. PMID  29040563.
  14. ^ Хенриссат Б. (1991). «Классификация гликозилгидролаз на основе сходства аминокислотных последовательностей». Биохимический журнал. 280 (Pt 2): 309–316. Дои:10.1042 / bj2800309. ЧВК  1130547. PMID  1747104.

внешняя ссылка