КОПАСИ - COPASI

КОПАСИ
изначальный выпуск11 октября 2004 г.; 16 лет назад (2004-10-11)
Стабильный выпуск
4.25 (сборка 207) / 15 марта 2019 г.; 20 месяцев назад (2019-03-15)
Репозиторий
Отредактируйте это в Викиданных
Написано вC ++
Операционная системаLinux, macOS и Майкрософт Виндоус
ПлатформаQt
ЛицензияХудожественная лицензия
Интернет сайтcopasi.org

КОПАСИ[1] (COmplex PAthway SImulator) - это программное приложение с открытым исходным кодом для создания и решения математических моделей биологических процессов, таких как метаболические сети, сигнальные пути клеток, регуляторные сети, инфекционные заболевания и многие другие.

История

COPASI основан на Gepasi[2] программное обеспечение для моделирования, разработанное в начале 1990-х гг. Педро Мендес. Первоначальная разработка COPASI финансировалась Институт биоинформатики Вирджинии, а Фонд Клауса Чира. Текущие усилия по развитию поддерживаются грантами от Национальные институты здоровья, то BBSRC, и Министерство образования Германии.

Команда разработчиков

COPASI является результатом международного сотрудничества между Манчестерский университет (Великобритания), Гейдельбергский университет (Германия), а Институт биоинформатики Вирджинии (СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ). Главные исследователи проекта: Педро Мендес и Урсула Куммер. Главными архитекторами программного обеспечения являются Стефан Хупс и Свен Сале.

Функции

COPASI включает функции для определения моделей биологических процессов, моделирования и анализа этих моделей, создания аналитических отчетов и импорта / экспорта моделей в Формат SBML.

  • Определение модели: Модели определяются как химические реакции между молекулярными видами. Динамика модели определяется Закон о ставке связанные с индивидуальными реакциями. Модели также могут включать в себя отсеки, события и другие глобальные переменные, которые могут помочь определить динамику системы.
  • Задачи: Задачи - это разные типы анализа, которые можно выполнять на модели. Они включают стационарный анализ, стехиометрический анализ, моделирование динамики с использованием детерминированных и стохастических алгоритмов моделирования анализ метаболического контроля, вычисление Показатель Ляпунова, разделение шкалы времени, сканирование параметров, оптимизация и оценка параметров.
  • Импорт и экспорт: COPASI может читать модели в SBML формат, а также в формате Gepasi. COPASI может писать модели в нескольких различных форматах, включая SBML, исходный код в C язык программирования, Мадонна Беркли файлы и XPPAUT файлы.

Рекомендации

  1. ^ Обручи, S .; Sahle, S .; Манометры, R .; Lee, C .; Pahle, J .; Simus, N .; Singhal, M .; Xu, L .; Mendes, P .; Куммер, У. (2006). «COPASI - симулятор COmplex PAthway». Биоинформатика. 22 (24): 3067–3074. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl485. PMID  17032683.
  2. ^ Мендес, П. (1993). «GEPASI: программный пакет для моделирования динамики, устойчивых состояний и управления биохимическими и другими системами». Компьютерные приложения в биологических науках (CABIOS). 9 (5): 563–571. Дои:10.1093 / биоинформатика / 9.5.563. PMID  8293329.

внешняя ссылка