SBML - Википедия - SBML

Язык разметки системной биологии (SBML)
Расширение имени файла
.xml, .sbml
Тип интернет-СМИ
приложение / sbml + xml
изначальный выпуск2 марта 2001 г.; 19 лет назад (2001-03-02)
Последний релиз
SBML Уровень 3 Версия 2 Ядро, Выпуск 2
(26 апреля 2019 г.; 19 месяцев назад (2019-04-26))
Тип форматаЯзык разметки
Расширен сXML
Открытый формат ?да
Интернет сайтsbml.org

В Язык разметки системной биологии (SBML) - это формат представления, основанный на XML, для общения и хранения вычислительные модели биологических процессов.[1] Это бесплатный и открытый стандарт с широкой поддержкой программного обеспечения и сообществом пользователей и разработчиков. SBML может представлять множество различных классов биологические явления, включая метаболические сети, клеточная сигнализация пути регулирующие сети, инфекционные заболевания, и много других.[2][3][4] Он был предложен в качестве стандарта для представления вычислительных моделей в системной биологии сегодня.[4]

История

В конце 1999 - начале 2000 годов при финансовой поддержке Японской научно-технической корпорации (JST), Хироаки Китано и Джон С. Дойл собрал небольшую команду исследователей для работы над улучшением инфраструктуры программного обеспечения для вычислительное моделирование в системная биология. Хамид Болури был руководителем группы разработчиков, в которую входили Эндрю Финни, Герберт Сауро и Майкл Хука.[5] Болури определил необходимость в структуре, обеспечивающей взаимодействие и совместное использование различных программных систем моделирования для биологии, существовавших в конце 1990-х годов, и организовал неофициальный семинар в декабре 1999 года в Калифорнийский технологический институт чтобы обсудить этот вопрос. На этом семинаре присутствовали группы, ответственные за разработку DBSolve, E-Cell, Gepasi, Jarnac, StochSim и The Virtual Cell. Отдельно, ранее в 1999 году, некоторые члены этих групп также обсуждали создание переносимого формата файлов для моделей метаболических сетей в группе BioThermoKinetics (BTK).[6][7] Те же группы, которые посетили первый семинар Калифорнийского технологического института, встретились снова 28–29 апреля 2000 г. на первом из недавно созданных собраний, названных Семинар по программным платформам для системной биологии.[8] Во время второго семинара стало ясно, что общий формат представления модели был необходим для обеспечения обмена моделями между программными инструментами в рамках любой функционирующей среды взаимодействия, и участники семинара решили, что формат должен быть закодирован в XML.

Команда Caltech ERATO разработала предложение для этого формата на основе XML и разослала проект определения участникам 2-го семинара по программным платформам для системной биологии в августе 2000 г. Этот проект подвергся широкому обсуждению в списках рассылки и во время 2-го семинара по программному обеспечению. Платформы для системной биологии,[9] проведенный в Токио, Япония, в ноябре 2000 г. в качестве вспомогательного семинара конференции ICSB 2000. После дальнейших доработок, обсуждений и внедрения программного обеспечения команда Калифорнийского технологического института выпустила спецификацию для SBML Level 1, Version 1 в марте 2001 г.

Уровень 2 SBML был задуман на 5-м семинаре по программным платформам для системной биологии, состоявшемся в июле 2002 г. Университет Хартфордшира, ВЕЛИКОБРИТАНИЯ.[10] К этому времени было задействовано гораздо больше людей, чем исходная группа соавторов SBML, и продолжающееся развитие SBML стало большим усилием сообщества, со многими новыми инструментами, которые были улучшены для поддержки SBML. Участники семинара в 2002 году коллективно решили пересмотреть форму SBML на уровне 2. Первый проект спецификации уровня 2 версии 1 был выпущен в августе 2002 года, а окончательный набор функций был доработан в мае 2003 года на 7-м семинаре по программному обеспечению. Платформы для системной биологии в Ft. Lauderdale, Флорида.

Следующая итерация SBML заняла два года отчасти потому, что разработчикам программного обеспечения требовалось время, чтобы усвоить и понять более крупный и сложный SBML Level 2. Неизбежное обнаружение ограничений и ошибок привело к разработке SBML Level 2 Version 2, выпущенной в сентябре 2006 г. К этому времени команда редакторов SBML (которые согласовывают предложения по изменениям и пишут последовательный окончательный документ с описанием) изменилась и теперь состоит из Эндрю Финни, Майкла Хука и Николя Ле Новера.

Версия 3 SBML уровня 2 была опубликована в 2007 году после многочисленных вкладов и обсуждений с сообществом SBML. В 2007 году также были избраны еще два редактора SBML в рамках внедрения современной организации редактора SBML в контексте процесса разработки SBML.

SBML Level 2 Version 4 был опубликован в 2008 году после того, как по многочисленным просьбам потребовались определенные изменения в Level 2. (Например, электронное голосование сообщества SBML в конце 2007 г. показало, что большинство предпочло не требовать строгой согласованности единиц, прежде чем модель SBML будет считаться действительной.) Версия 4 была окончательно доработана после собрания форума SBML, состоявшегося в Гетеборг, Швеция, в качестве вспомогательного семинара ICSB 2008 осенью 2008 года.[11]

Ядро SBML Level 3 Version 1 было опубликовано в окончательной форме в 2010 году после продолжительного обсуждения и доработки редакторами SBML и сообществом SBML. Он содержит множество значительных изменений в синтаксисе и конструкциях по сравнению с версией 4 уровня 2, но также представляет собой новую модульную основу для дальнейшего расширения функций и возможностей SBML в будущем.

SBML Level 2 Version 5 был опубликован в 2015 году. Эта версия включала ряд текстовых (но не структурных) изменений в ответ на отзывы пользователей, тем самым обращаясь к списку ошибок, собранных за многие годы для спецификации SBML Level 2 Version 4. Кроме того, в версии 5 появилась возможность использовать вложенные аннотации в формате аннотаций SBML (формат аннотаций, основанный на подмножестве RDF ).

Язык

Иногда ошибочно полагают, что SBML ограничивается только моделями биохимических сетей, потому что оригинальные публикации и раннее программное обеспечение были сосредоточены на этой области. В действительности, хотя центральные особенности SBML действительно ориентированы на представление процессов, подобных химическим реакциям, которые действуют на сущности, этот же формализм аналогичным образом служит для многих других типов процессов; кроме того, SBML имеет языковые функции, поддерживающие прямое выражение математических формул и прерывистые события отдельно от процессов реакции, что позволяет SBML представлять гораздо больше, чем просто биохимические реакции. Доказательства того, что SBML можно использовать не только для описания биохимии, можно увидеть в различных моделях, доступных от База данных биомоделей.

Цели

SBML имеет три основные цели:

  • позволяют использовать несколько программных инструментов без необходимости переписывать модели, чтобы они соответствовали индивидуальному формату файла каждого инструмента;
  • возможность совместного использования и публикации моделей в форме, которую другие исследователи могут использовать даже при работе с различными программными средами;
  • обеспечить выживание моделей по истечении срока службы программного обеспечения, используемого для их создания.

SBML - это не попытка определить универсальный язык для количественных моделей. Цель SBML - служить лингва франка - формат обмена, используемый различными современными программными инструментами для передачи основных аспектов вычислительной модели.[12]

Основные возможности

SBML может кодировать модели, состоящие из объектов (называемых разновидность в SBML), на которые действуют процессы (называемые реакции). Важным принципом является то, что модели разбиваются на явно помеченные составные элементы, набор которых напоминает подробное представление уравнений химических реакций (если в модели используются реакции) вместе с необязательными явными уравнениями (опять же, если модель их использует); представление SBML намеренно не превращает модель непосредственно в набор дифференциальных уравнений или другую конкретную интерпретацию модели. Эта явная декомпозиция, не зависящая от структуры моделирования, упрощает программному инструменту интерпретацию модели и преобразование формы SBML в любую внутреннюю форму, которую фактически использует инструмент.

Программный пакет может читать описание модели SBML и переводить его в собственный внутренний формат для анализа модели. Например, пакет может предоставить возможность моделировать модель путем построения дифференциальных уравнений, а затем выполнять численное интегрирование по времени для уравнений для исследования динамического поведения модели. Или, в качестве альтернативы, пакет может создавать дискретный стохастический представление модели и использовать Монте-Карло метод моделирования, такой как Алгоритм Гиллеспи.

SBML позволяет представлять модели произвольной сложности. Каждый тип компонента в модели описывается с использованием определенного типа структуры данных, которая организует соответствующую информацию. Структуры данных определяют, как результирующая модель кодируется в XML.

В дополнение к перечисленным выше элементам еще одной важной особенностью SBML является то, что к каждому объекту могут быть прикреплены машиночитаемые аннотации. Эти аннотации могут использоваться для выражения отношений между сущностями в данной модели и сущностями во внешних ресурсах, таких как базы данных. Хорошим примером ценности этого является база данных BioModels, где каждая модель аннотирована и связана с соответствующими ресурсами данных, такими как публикации, базы данных соединений и путей, контролируемые словари и т. Д. С аннотациями модель становится больше, чем просто воспроизведением математической конструкции - она ​​становится семантически обогащенной структурой для передачи знаний.[13][14]

Уровни и версии

SBML определяется в Уровни: совместимые снизу вверх спецификации, которые добавляют функциональность и выразительность. Программные инструменты, которые не нуждаются или не могут поддерживать сложность более высоких уровней, могут продолжать использовать более низкие уровни; Инструменты, которые могут читать более высокие уровни, гарантированно также могут интерпретировать модели, определенные на более низких уровнях. Таким образом, новые Уровни не заменяют предыдущие. Однако каждый уровень может иметь несколько версий внутри него, и новые версии уровня делать заменяют старые версии того же уровня.

В настоящее время определены три уровня SBML. Текущие версии на этих уровнях следующие:

  • Ядро версии 1 уровня 3, окончательная спецификация которого была выпущена 6 октября 2010 г.
  • Уровень 2 Версия 5 Выпуск 1
  • Уровень 1 Версия 2

Инфраструктура программного обеспечения с открытым исходным кодом, такая как libSBML и JSBML, позволяет разработчикам поддерживать все уровни SBML своего программного обеспечения с минимальными усилиями.

Команда SBML поддерживает общедоступный трекер проблем, где читатели могут сообщать об ошибках или других проблемах в документах спецификации SBML. Сообщенные проблемы в конечном итоге включаются в список официальных ошибок, связанных с каждым выпуском спецификации. Списки исправлений задокументированы на Характеристики страница SBML.org.

Пакеты уровня 3

Разработка SBML Level 3 идет по модульному принципу. В Основной Спецификация - это полный формат, который можно использовать отдельно. Дополнительные пакеты уровня 3 могут быть наложены на это ядро, чтобы обеспечить дополнительные, необязательные функции.

Состав иерархической модели

Пакет иерархической композиции модели, известный как "комп", был выпущен в ноябре 2012 года. Этот пакет предоставляет возможность включать модели в качестве подмоделей внутри другой модели. Цель состоит в том, чтобы поддержать способность разработчиков моделей и программных инструментов делать такие вещи, как (1) разложение больших моделей на более мелкие, как способ для управления сложностью; (2) включать несколько экземпляров данной модели в одну или несколько закрывающих моделей, чтобы избежать буквального дублирования повторяющихся элементов; и (3) создавать библиотеки многократно используемых, проверенных моделей, во многом так же, как это делается при разработке программного обеспечения и другой инженерии Спецификация стала кульминацией многолетних дискуссий широкого круга людей.

Ограничения баланса потока

Пакет ограничений баланса потока (по прозвищу "fbc") был впервые выпущен в феврале 2013 года. Изменения импорта были внесены как часть версии 2,[15] выпущен в сентябре 2015 года.fbc"пакет обеспечивает поддержку моделирования на основе ограничений,[16] часто используется для анализа и изучения биологических сетей как в малых, так и в крупных масштабах.[17] Этот пакет SBML использует стандартные компоненты из базовой спецификации SBML уровня 3, включая виды и реакции, и расширяет их дополнительными атрибутами и структурами, чтобы позволить разработчикам моделей определять такие вещи, как границы потока и функции оптимизации.

Качественные модели

Качественные модели или "qualПакет для SBML Level 3 был выпущен в мае 2013 года. Этот пакет поддерживает представление моделей, в которых отсутствуют глубокие знания биохимических реакций и их кинетики, и необходимо использовать качественный подход. Примеры явлений, смоделированных таким образом, включают ген регулирующие сети [18]и сигнальные пути,[19] основание структуры модели на определении графов регулирования или влияния. Определение и использование некоторых компонентов этого класса моделей отличается от того, как виды и реакции определяются и используются в основной Модели SBML. Например, качественные модели обычно связывают дискретные уровни действий с пулами аутентичности; следовательно, процессы с их участием нельзя описывать как реакции как таковые, а скорее как переходы между состояниями. Эти системы можно рассматривать как реактивные системы, динамика которых представлена ​​с помощью графов переходов состояний (или других структур Крипке). [20]), в котором узлы являются достижимыми состояниями, а ребра - переходами состояний.

Макет

SBML макет Пакет возник как набор соглашений об аннотациях, используемых в SBML Level 2. Он был представлен на форуме SBML inSt. Луи в 2004 году.[21] Ральф Гаугес написал спецификацию [22] и предоставил реализацию, которая широко использовалась. Это первоначальное определение было переформулировано как пакет SBMLLevel 3, а спецификация была официально выпущена в августе 2013 года.

Пакет SBML Level 3 Layout предоставляет спецификацию того, как представить сеть реакций в графической форме. Таким образом, он лучше приспособлен к задаче, чем использование произвольного рисунка или графика. Пакет SBMLLevel 3 имеет дело только с информацией, необходимой для определения положения и других аспектов компоновки графика; дополнительные детали, необходимые для завершения графика, а именно то, как визуальные аспекты предназначены для визуализации, являются поставкой отдельного пакета SBML уровня 3, называемого Рендеринг (по прозвищу "оказывать"). По состоянию на ноябрь 2015 года проект спецификации для"оказывать"пакет доступен, но он еще не был официально доработан.[23]

Пакеты в разработке

Разработка пакетов SBML уровня 3 проводится таким образом, что спецификации проверяются и предпринимаются попытки реализации в процессе разработки. Если спецификация стабильна и ее поддерживают две реализации, пакет считается принятым. Все описанные выше пакеты достигли стадии принятия. В таблице ниже приводится краткое описание пакетов, которые в настоящее время находятся на стадии разработки.

Имя пакетаЭтикеткаОписание
МассивымассивыПоддержка выражения массивов компонентов
РаспределенияраздаватьПоддержка моделей кодирования, которые выбирают значения из статистических распределений или определяют статистику, связанную с числовыми значениями.
ДинамикадинПоддержка создания и уничтожения сущностей во время симуляции
ГруппыгруппыСредство для группировки элементов
Многоступенчатые и многокомпонентные видымультиСтруктуры объектов для представления пулов сущностей с несколькими состояниями, состоящих из нескольких компонентов, и правила реакции, включающие их
РендерингоказыватьПоддержка определения графических символов и глифов, используемых в диаграмме модели; дополнение к пакету макетов
Обязательные элементыreqПоддержка точной индикации элементов SBML, которые были изменены из-за наличия другого пакета.
Пространственные процессыпространственныйПоддержка описания процессов, которые включают пространственный компонент, и описания задействованных геометрий

Структура

Определение модели на уровнях 2 и 3 SBML состоит из списков одного или нескольких из следующих компонентов:

  • Определение функции: Именованная математическая функция, которая может использоваться в остальной части модели.
  • Определение единицы: Именованное определение новой единицы измерения или переопределение существующей единицы измерения по умолчанию SBML. Именованные единицы могут использоваться в выражении количеств в модели.
  • Тип купе (только в SBML Level 2): ​​Тип места, где могут находиться реагирующие объекты, такие как химические вещества.
  • Тип вида (только в SBML уровня 2): тип объекта, который может участвовать в реакциях. Примеры типов разновидностей включают ионы, такие как Ca2+, молекулы, такие как глюкоза или АТФ, сайты связывания на белке и многое другое.
  • Отсек: Хорошо перемешиваемый контейнер определенного типа и конечного размера, в котором могут находиться виды. Модель может содержать несколько отделений одного типа. Каждый вид в модели должен располагаться в отсеке.
  • Разновидность: Пул объектов одного и того же видовой тип расположен в конкретном купе.
  • Параметр: Количество с символическим названием. В SBML термин параметр используется в общем смысле для обозначения именованных величин независимо от того, являются ли они константами или переменными в модели.
  • Первоначальное назначение: Математическое выражение, используемое для определения начальных условий модели. Этот тип структуры может использоваться только для определения того, как значение переменной может быть вычислено из других значений и переменных в начале моделирования времени.
  • Правило: Математическое выражение, используемое в сочетании с дифференциальными уравнениями, построенными на основе набора реакций в модели. Его можно использовать для определения того, как значение переменной может быть вычислено из других переменных, или для определения скорости изменения переменной. Набор правил в модели может использоваться с уравнениями скорости реакции для определения поведения модели во времени. Набор правил ограничивает модель на все время моделирования.
  • Ограничение: Математическое выражение, определяющее ограничение на значения переменных модели. Ограничение применяется во все моменты смоделированного времени. Набор ограничений в модели не должен использоваться для определения поведения модели во времени.
  • Реакция: Заявление, описывающее некоторый процесс преобразования, переноса или связывания, который может изменить количество одного или нескольких видов. Например, реакция может описывать, как определенные объекты (реагенты) превращаются в некоторые другие объекты (продукты). С реакциями связаны выражения кинетической скорости, описывающие, как быстро они происходят.
  • Мероприятие: Утверждение, описывающее мгновенное, прерывистое изменение набора переменных любого типа (концентрация видов, размер компартмента или значение параметра), когда выполняется условие срабатывания.

Сообщество

По состоянию на февраль 2020 года около 300 программных систем рекламируют поддержку SBML. Текущий список доступен в виде Руководство по программному обеспечению SBML, размещенный на SBML.org.

SBML был и продолжает развиваться сообществом людей, создающих программные платформы для системной биологии, посредством активных списков рассылки по электронной почте и проводимых раз в два года семинаров. Встречи часто проводятся вместе с другими конференциями по биологии, особенно с Международной конференцией по системной биологии (ICSB). Работа сообщества координируется избранной редакционной коллегией, состоящей из пяти человек. Каждый редактор избирается на трехлетний срок без права продления.

Такие инструменты, как онлайн-валидатор моделей, а также Открытый исходный код библиотеки для включения SBML в программное обеспечение, запрограммированное в C, C ++, Ява, Python, Mathematica, MATLAB и другие языки разработаны частично командой SBML и частично более широким сообществом SBML.[24]

SBML является официальным IETF MIME тип, указанный в RFC 3823.[25]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Энциклопедия системной биологии Дубицкий, В., Волькенхауэр, О., Йокота, Х., Чо, К.-Х. (Ред.) SBML, стр. 205–2062, Весна 2013 г.ISBN  978-1-4419-9863-7
  2. ^ Hucka, M .; Finney, A .; Sauro, H.M .; Bolouri, H .; Doyle, J.C .; Китано, Х.; Аркин, А.П .; Bornstein, A. P .; Bray, B.J .; Cornish-Bowden, D .; Cuellar, A .; Дронов, А. А .; Gilles, S .; Ginkel, E.D .; Гор, М .; Горянин, В .; Hedley, I. I .; Hodgman, W. J .; Hofmeyr, T. C .; Хантер, J. -H .; Juty, P.J .; Kasberger, N. S .; Kremling, J. L .; Kummer, A .; Le Novère, U .; Loew, N .; Lucio, L.M .; Мендес, П.; Minch, P .; Мьолснесс, Э. (2003). «Язык разметки системной биологии (SBML): среда для представления и обмена моделями биохимических сетей». Биоинформатика. 19 (4): 524–531. Дои:10.1093 / биоинформатика / btg015. PMID  12611808.
  3. ^ Finney, A .; Хука, М. (2003). «Язык разметки системной биологии: Уровень 2 и выше». Сделки биохимического общества. 31 (6): 1472–3. Дои:10.1042 / BST0311472. PMID  14641091.
  4. ^ а б Hucka, M .; Finney, A .; Bornstein, B.J .; Китинг, С. М .; Shapiro, B.E .; Мэтьюз, Дж .; Kovitz, B.L .; Schilstra, M. J .; Funahashi, A .; Дойл, С. М .; Китано, М. Дж. (2004). «Развитие лингва-франка и соответствующей программной инфраструктуры для вычислительной системной биологии: проект языка разметки системной биологии (SBML)» (PDF). Системная биология. 1 (1): 41–53. Дои:10.1049 / сб: 20045008. PMID  17052114.
  5. ^ Хука, Майкл. «История СБМЛ». Получено 3 января 2010.
  6. ^ bionet.metabolic-reg. «ОБЪЯВЛЕНИЕ: Портативный бинарный метаболический стандарт». Получено 13 декабря 2010.
  7. ^ Келл, Д. Б.; Мендес, П. (2008). «Разметка - это модель: рассуждения о моделях системной биологии в эпоху семантической паутины». Журнал теоретической биологии. 252 (3): 538–543. Дои:10.1016 / j.jtbi.2007.10.023. PMID  18054049.
  8. ^ Команда SBML. «Первый семинар по программным платформам для системной биологии». Получено 3 декабря 2010.
  9. ^ Команда SBML. «2-й семинар по программным платформам для системной биологии». Получено 13 декабря 2010.
  10. ^ Команда SBML. «5-й семинар по программным платформам для системной биологии». Получено 3 января 2010.
  11. ^ Команда SBML. «13-й Форум SBML». Получено 3 января 2010.
  12. ^ Финни, А., Хука, М., Борнштейн, Б.Дж., Китинг, С.М., Шапиро, Б.Е., Мэтьюз, Дж., Ковиц, Б.Л., Шилстра, М.Дж., Фунахаши, А., Дойл, Дж.К., Китано, Х. (2006 ). «Программная инфраструктура для эффективного взаимодействия и повторного использования вычислительных моделей». Системное моделирование в клеточной биологии: от концепций до гаек и болтов. MIT Press. С. 369–378.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  13. ^ Краузе, Фалько; Улендорф, Яннис; Любиц, Тимо; Шульц, Марвин; Клипп, Эдда; Либермейстер, Вольфрам (2009). «Аннотации и объединение моделей SBML с semanticSBML». Биоинформатика. 26 (3): 421–2. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp642. PMID  19933161.
  14. ^ Алм, Ребекка; Вальтемат, Дагмар; Вольфьен, Маркус; Волькенхауэр, Олаф; Хенкель, Рон (2015). «Извлечение признаков на основе аннотаций из наборов моделей SBML». Журнал биомедицинской семантики. 6: 20. Дои:10.1186 / s13326-015-0014-4. ЧВК  4405863. PMID  25904997.
  15. ^ Бретт Г. Оливье и Франк Т. Бергманн. "Пакет SBML уровня 3: ограничения баланса потока ('fbc')". Получено 24 ноября 2015.
  16. ^ Орт, Джеффри Д.; Тиле, Инес; Палссон, Бернхард О. (2010). "Что такое анализ баланса потоков?". Природа Биотехнологии. 28 (3): 245–8. Дои:10.1038 / nbt.1614. ЧВК  3108565. PMID  20212490.
  17. ^ Оберхардт, Мэтью А; Палссон, Бернхард О; Папин, Джейсон А (2009). «Применение метаболических реконструкций в масштабе генома». Молекулярная системная биология. 5: 320. Дои:10.1038 / msb.2009.77. ЧВК  2795471. PMID  19888215.
  18. ^ Батт, Грегори; Роперс, Дельфина; де Йонг, Хидде; Гейзельманн, Йоханнес; Матееску, Раду; Пейдж, Мишель; Шнайдер, Доминик (2005). «Валидация качественных моделей генетических регуляторных сетей путем проверки моделей: анализ реакции на пищевой стресс у Escherichia coli». Биоинформатика. 21: i19–28. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti1048. PMID  15961457.
  19. ^ Геликар, Томас; Конвалина, Иоанн; Хидель, Джек; Роджерс, Джим А (2008). «Принятие новых решений в сетях передачи биологических сигналов». Труды Национальной академии наук. 105 (6): 1913–1918. Bibcode:2008PNAS..105.1913H. Дои:10.1073 / pnas.0705088105. ЧВК  2538858. PMID  18250321.
  20. ^ Кларк, Э.М., Грумберг, О., Пелед, Д.А. (1999). Модальная проверка. MIT Press.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  21. ^ Команда SBML. «8-й Форум SBML». Получено 3 января 2010.
  22. ^ Gauges, Ральф; Рост, Урсула; Сахле, Свен; Вегнер, Катя (2006). «Расширение макета схемы модели для SBML». Биоинформатика. 22 (15): 1879–85. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl195. PMID  16709586.
  23. ^ Ральф Гаугес; Свен Сахле; Катя Венглер; Франк Т. Бергманн и Сара М. Китинг. "Пакет SBML уровня 3: рендеринг ('рендеринг')". Получено 24 ноября 2015.
  24. ^ Родригес, Николас; Петти, Жан-Батист; Далле Пецце, Пьеро; Ли, Лу; Генри, Арно (2016). «Конвертер формата системной биологии». BMC Биоинформатика. 17 (1): 1–7. Дои:10.1186 / s12859-016-1000-2. ЧВК  4820913. PMID  27044654.
  25. ^ Ковиц, Бенджамин (июнь 2004 г.). "Тип носителя MIME для языка разметки системной биологии (SBML)". Запрос IETF о комментариях 3823. Получено 3 января 2010.

внешняя ссылка