Метаболическая сеть - Metabolic network

А метаболическая сеть это полный набор метаболических и физических процессов, которые определяют физиологический и биохимический свойства клетка. Таким образом, эти сети включают химические реакции метаболизм, то метаболические пути, а также регуляторные взаимодействия, которые направляют эти реакции.

С секвенированием полного геномы, теперь возможно реконструировать сеть биохимических реакций во многих организмах, от бактерий до человека. Некоторые из этих сетей доступны в Интернете: Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG),[1] EcoCyc,[2] BioCyc[3] и метаТИГЕР.[4]Метаболические сети - мощные инструменты для изучения и моделирования метаболизма.


Карта основных метаболических путей в стиле метро



Изображение выше содержит интерактивные ссылки
Основной метаболические пути в карта в стиле метро. Щелкните любой текст (название пути или метаболитов), чтобы указать ссылку на соответствующую статью.
Одиночные линии: пути, общие для большинства форм жизни. Двойные линии: пути не у человека (встречаются, например, у растений, грибов, прокариот). Метаболический метро orange.svg Оранжевые узлы: углеводный обмен. Метаболическое метро purple.svg Фиолетовые узлы: фотосинтез. Метаболический метро red.svg Красные узлы: клеточное дыхание. Метаболический метро pink.svg Розовые узлы: клеточная сигнализация. Метаболический метро blue.svg Синие узлы: метаболизм аминокислот. Метаболическое метро grey.svg Серые узлы: витамин и кофактор метаболизм. Метаболический метро brown.svg Коричневые узлы: нуклеотид и белок метаболизм. Метаболическое метро green.svg Зеленые узлы: липидный обмен.


Использует

Метаболические сети могут использоваться для выявления моделей коморбидности у больных.[5] Некоторые заболевания, такие как ожирение и диабет, могут присутствовать у одного и того же человека одновременно, иногда одно заболевание является значительным фактором риска для другого заболевания.[6] Сами фенотипы болезни обычно являются следствием неспособности клетки к распаду или выработке необходимого субстрата. Однако дефект фермента в одной реакции может повлиять на потоки других последующих реакций. Эти каскадные эффекты сочетают метаболические заболевания, связанные с последующими реакциями, приводящими к коморбидным эффектам. Таким образом, сети метаболических заболеваний могут использоваться, чтобы определить, связаны ли два расстройства из-за их коррелированных реакций.[5]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ "GenomeNet". www.genome.ad.jp. Архивировано из оригинал на 2009-02-24. Получено 2020-04-01.
  2. ^ «EcoCyc: энциклопедия генов и метаболических путей E. coli». www.ecocyc.org.
  3. ^ "Путь BioCyc / Коллекция базы данных генома". biocyc.org.
  4. ^ "metaTIGER - Home". www.bioinformatics.leeds.ac.uk. Архивировано из оригинал на 2012-03-04. Получено 2010-06-09.
  5. ^ а б Lee, D.-S .; Park, J .; Kay, K. A .; Christakis, N.A .; Oltvai, Z. N .; Барабаши, А.-Л. (2008). «Влияние топологии метаболической сети человека на сопутствующую патологию». Труды Национальной академии наук. 105 (29): 9880–9885. Дои:10.1073 / pnas.0802208105. ЧВК  2481357. PMID  18599447.
  6. ^ Ross, R .; Dagnone, D .; Джонс, П. Дж .; Smith, H .; Paddags, A .; Hudson, R .; Янссен, И. (2000). «Снижение ожирения и связанных с ним сопутствующих состояний после снижения веса, вызванного диетой или снижения веса в результате физических упражнений, у мужчин. Рандомизированное контролируемое исследование». Анналы внутренней медицины. 133 (2): 92–103. Дои:10.7326/0003-4819-133-2-200007180-00008. PMID  10896648. S2CID  13415272.