Минимум информации, необходимой в аннотации моделей - Википедия - Minimum information required in the annotation of models

MIRIAM logo.png

МИРИАМ (Минимум информации, требуемой в аннотации моделей[1]) - это усилие на уровне сообщества по стандартизации процессов аннотации и курирования количественных моделей биологических систем.[2] Он состоит из набора руководящих принципов, подходящих для использования с любым структурированным форматом, позволяя различным группам сотрудничать и обмениваться полученными моделями. Соблюдение этих рекомендаций также облегчает совместное использование программных и сервисных инфраструктур, созданных на основе моделирования.

Идея «набора передовых практик», включая «некоторые обязательные метаданные», была впервые предложена Николя Ле Новер в октябре 2004 года в рамках обсуждения разработки общей базы данных моделей в системной биологии (что привело к созданию База данных биомоделей ). Эти первоначальные идеи были дополнительно уточнены на встрече в Гейдельберге во время ICSB 2004 г. с представителями многих других заинтересованных групп.

МИРИАМ зарегистрированный проект MIBBI (минимум информации для биологических и биомедицинских исследований).[3]

Рекомендации MIRIAM

В Рекомендации MIRIAM состоят из трех частей, справочная корреспонденция, аннотация атрибуции, и аннотация внешнего ресурса, каждый из которых имеет дело с различным аспектом информации, которая должна быть включена в модель.

Справочная корреспонденция

«Справочное соответствие» касается базовой справочной информации, необходимой для использования модели, детализации на общем уровне формата файла модели и его возможности использования для целей моделирования.

  • Файл модели должен быть закодирован в общедоступном стандартизованном машиночитаемом формате (SBML, CellML, ГЕНЕЗИС, ...).
  • Файл модели должен быть действительным в соответствии со схемой кодирования.
  • Модель должна быть связана со справочным описанием или публикацией с подробным описанием ее происхождения, даже если она составная.
  • Закодированная структура модели должна отражать (биологические) процессы, подробно описанные в справочном описании.
  • Модель должна быть экземпляром; необходимые количественные параметры, такие как начальные условия, должны быть предоставлены, если они необходимы для моделирования.
  • При создании экземпляра модель должна быть способна воспроизводить репрезентативные результаты, как указано в справочном описании, в пределах эпсилона (алгоритмы, ошибки округления).

Аннотации атрибуции

«Аннотации атрибуции» имеют дело с информацией атрибуции, которая должна быть встроена в файл модели.

  • У модели должно быть название.
  • Модель должна включать цитату из справочного описания, идентифицирующего авторов модели.
  • Модель должна включать имя и контактные данные создателей модели.
  • Необходимо указать дату и время создания модели и последней модификации. История модели полезна, но не требуется.
  • Модель должна быть связана с точным заявлением об условиях ее использования и распространения, независимо от того, является ли она «бесплатной» или нет.

Аннотация внешнего ресурса

«Аннотации внешних ресурсов» определяют способ построения аннотаций. Эти аннотации содержат ссылки на сущности в базах данных, классификациях, онтологиях и т. Д. Одна из целей аннотации - дать возможность однозначной идентификации различных компонентов модели.

  • Аннотация должна однозначно связывать часть знания с компонентом модели.
  • Ссылочная информация должна быть описана с использованием триплета {сбор данных, конкретный идентификатор коллекции, необязательный квалификатор}:
    • Аннотация должна быть выражена как Единый идентификатор ресурса (URI).
    • Идентификатор коллекции должен быть проанализирован в рамках сбора данных.
    • Квалификаторы (необязательно) должны использоваться для уточнения связи между компонентами модели и ссылочной информацией, например, «has_a», «is_version_of» и «is_homolog_to».

Более подробную информацию о существующих квалификаторах можно получить на BioModels.net.[4]

Пока что аннотации в основном выполняются вручную, поэтому для обеспечения их долговечности необходимо использовать постоянные URI. Было признано, что генерация действительных и уникальных URI для аннотаций требует создания каталога общих пространств имен для использования сообществом. Эта функция предоставляется Реестр MIRIAM. Реестр также предоставляет множество вспомогательных функций для включения автоматических процедур на основе этих URI. Возможность генерировать разрешимые идентификаторы обеспечивается за счет использования разрешающего слоя, Identifiers.org.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ В исходной статье использовался глагол «запрошенный», но благодаря использованию сообщества он превратился в «обязательный» и соответствует другим стандартам минимальной информации (MI), доступным на портале MIBBI.
  2. ^ Новер, Николя Ле; Финни, Эндрю; Хука, Майкл; Bhalla, Upinder S; Кампань, Фабьен; Колладо-Видес, Хулио; Крампин, Эдмунд Дж; Холстед, Мэтт; и другие. (2005). «Минимум информации, запрашиваемой в аннотации биохимических моделей (MIRIAM)». Природа Биотехнологии. 23 (12): 1509–15. Дои:10.1038 / nbt1156. PMID  16333295.
  3. ^ http://www.mibbi.org/ Минимум информации для биологических и биомедицинских исследований[неосновной источник необходим ]
  4. ^ "интернет сайт". Biomodels.net. 1999-02-22. Получено 2012-10-09.