Христос Узунис - Christos Ouzounis

Христос Узунис
Родился
Христос А. Узунис

1965 (54–55 лет)
Греция
Альма-матерУниверситет Аристотеля в Салониках (Бакалавр)
Йоркский университет (Магистр, доктор философии)
Научная карьера
ПоляВычислительная биология
Системная биомедицина
Биоинформатика
Эволюция[1]
УчрежденияЕвропейская лаборатория молекулярной биологии
SRI International
Европейский институт биоинформатики[2]
Королевский колледж Лондона
Центр исследований и технологий Эллада[3]
ТезисРоль сохранения последовательности в предсказании структуры белка.  (1993)
ДокторантКрис Сандер
Интернет сайтbcplab.wordpress.com/ВОЗ/ директор

Христос А. Узунис это компьютерный биолог и директор по исследованиям в CERTH в Салоники.[4][5][1][6]

Образование

Узунис получил степень бакалавра биологических наук в Университет Аристотеля в Салониках в 1987 г.[4] Затем он получил степень магистра наук. в биологических вычислениях из Йоркский университет в 1988 г.[4] и продолжал выполнять докторскую работу с Крис Сандер на Европейская лаборатория молекулярной биологии в Гейдельберг, Германия получая его кандидат наук от Йоркский университет в 1993 г.[4][7]

Карьера и исследования

После получения докторской степени Узунис был Программа Human Frontiers Science (HFSP) Постдокторант в SRI International, Менло-Парк, Калифорния. Узунис основал свою лабораторию, занимающуюся компьютерной геномикой, в Европейская лаборатория молекулярной биологии, Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI) в 1996 году.

Узунис перенес свою лабораторию в 2007 году в Королевский колледж Лондона (KCL), как профессор, председатель и директор Центра биоинформатики KCL. После реструктуризации King's в 2009/2010 годах он решил вернуться в Греция, присоединяясь к CPERI в CERTH в Салоники. Его исследовательские интересы включают структуру, функции и эволюцию генома, эволюцию функции белков, эволюцию систем обработки генетической информации, теорию и приложения сравнения биологических последовательностей, представление данных и знаний для геномики, неконтролируемое машинное обучение в очень больших наборах данных, вдохновленное биологией. аппаратная и программная инженерия (неопубликованные работы), синтетическая биология, экзобиология и научная коммуникация.

Некоторые из его самых известных вкладов в области вычислительной геномики включают автоматическое аннотирование последовательностей,[8] открытие методов геномного контекста,[9][10][11] вывод о метаболических путях из последовательностей генома,[12][13] разработка методов крупномасштабной кластеризации сходства последовательностей,[14][15] определение Последний универсальный общий предок (LUCA ),[16][17] и количественная оценка моделей горизонтального переноса генов через «сеть жизни».[18] Он также поддерживает большой интерес к развитию вычислительной биологии как образцовой парадигмы в истории современной науки.[19]

Среди его бывших аспирантов Дэвид Крейл (2001),[нужна цитата ] Антон Энрайт (2002)[нужна цитата ] Дж. М. Перегрин-Альварес (2003),[нужна цитата ] Виктор Кунин (2004)[нужна цитата ] Никос Дарзентас (2005)[нужна цитата ] и Игнат Дроздов (2010).[нужна цитата ]

Награды и почести

Узунис - заместитель редактора журнала. PLOS вычислительная биология (с 2007 г.). Он также является помощником редактора журнала. Биосистемы и почетный редактор журнала Биоинформатика. Он является одним из основателей Международное общество вычислительной биологии (ISCB), инициатива Микробиокосмос (Греция), Греческое общество вычислительной биологии и биоинформатики и греческой биоинформатики.[4] Узунис был приглашенным профессором в Университет Торонто (2011-2014).

Рекомендации

  1. ^ а б Христос Узунис публикации, проиндексированные Google ученый Отредактируйте это в Викиданных
  2. ^ «От деревьев жизни к безмасштабным сетям: новое видение бактериальной эволюции». Европейский Союз, CORDIS. КОРДИС, Европейский Союз.
  3. ^ "Биография Христоса А. Узуниса".
  4. ^ а б c d е «Консультативный совет фонда спасательной шлюпки».
  5. ^ "Библиография Христоса Узуниса". Получено 2019-10-05.
  6. ^ Христос Узунис публикации из Европа PubMed Central
  7. ^ Узунис, Христос (1993). Роль сохранения последовательности в предсказании структуры белка (Кандидатская диссертация). Йоркский университет. OCLC  53486615. EThOS  uk.bl.ethos.387193.
  8. ^ Casari, G .; Андраде, М. А .; Bork, P .; Boyle, J .; Дарувар, А .; Ouzounis, C .; Schneider, R .; Tamames, J .; Валенсия, А .; Сандер, К. (1995-08-24). «Непростые времена для биоинформатики». Природа. 376 (6542): 647–648. Bibcode:1995Натура 376..647C. Дои:10.1038 / 376647a0. HDL:10993/19513. ISSN  0028-0836. PMID  7651513.
  9. ^ Ouzounis, C .; Кирпидес, Н. (1996). «Возникновение основных клеточных процессов в эволюции». Письма FEBS. 390 (2): 119–123. Дои:10.1016 / 0014-5793 (96) 00631-х. ISSN  0014-5793. PMID  8706840.
  10. ^ Tamames, J .; Casari, G .; Ouzounis, C .; Валенсия, А. (1997). «Консервативные кластеры функционально связанных генов в двух бактериальных геномах». Журнал молекулярной эволюции. 44 (1): 66–73. Bibcode:1997JMolE..44 ... 66T. Дои:10.1007 / pl00006122. ISSN  0022-2844. PMID  9010137.
  11. ^ Enright, A.J .; Iliopoulos, I .; Kyrpides, N.C .; Узунис, К. А. (1999). «Карты взаимодействия белков для полных геномов на основе событий слияния генов». Природа. 402 (11): 87–90. Bibcode:1999Натура 402 ... 86E. Дои:10.1038/47056. PMID  10573422.
  12. ^ Karp, P.D .; Ouzounis, C .; Пейли, С. (1996). «HinCyc: база знаний о полном геноме и метаболических путях H. influenzae». Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. 4: 116–124. ISSN  1553-0833. PMID  8877511.
  13. ^ Карп, Питер Д .; Узунис, Христос А .; Мур-Кохлак, Кэролайн; Голдовский, Леон; Кайпа, Паллави; Арен, Даг; Цока, София; Дарзентас, Никос; Кунин Виктор; Лопес-Бигас, Нурия (2005). «Расширение коллекции BioCyc баз данных путей / геномов до 160 геномов». Исследования нуклеиновых кислот. 33 (19): 6083–6089. Дои:10.1093 / нар / gki892. ISSN  1362-4962. ЧВК  1266070. PMID  16246909.
  14. ^ Enright, A.J .; van Dongen, S .; Узунис, К. А. (2002). «Эффективный алгоритм для крупномасштабного обнаружения семейств белков». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (7): 1575–1584. Дои:10.1093 / nar / 30.7.1575. ЧВК  101833. PMID  11917018.
  15. ^ Кунин Виктор; Арен, Даг; Голдовский, Леон; Янссен, Пол; Узунис, Христос А. (2005). «Измерение сохранения генома по таксонам: разделенные штаммы и объединенные королевства». Исследования нуклеиновых кислот. 33 (2): 616–621. Дои:10.1093 / нар / gki181. ISSN  1362-4962. ЧВК  548337. PMID  15681613.
  16. ^ Kyrpides, N .; Overbeek, R .; Узунис, К. (1999). «Универсальные белковые семейства и функциональное содержание последнего универсального общего предка». Журнал молекулярной эволюции. 49 (4): 413–423. Bibcode:1999JMolE..49..413K. Дои:10.1007 / pl00006564. ISSN  0022-2844. PMID  10485999.
  17. ^ Узунис, Христос А .; Кунин Виктор; Дарзентас, Никос; Голдовский, Леон (2006). «Минимальная оценка генного содержания последнего универсального общего предка - экзобиология с наземной точки зрения». Исследования в области микробиологии. 157 (1): 57–68. Дои:10.1016 / j.resmic.2005.06.015. ISSN  0923-2508. PMID  16431085.
  18. ^ Кунин Виктор; Голдовский, Леон; Дарзентас, Никос; Узунис, Христос А. (2005). «Сеть жизни: реконструкция филогенетической сети микробов». Геномные исследования. 15 (7): 954–959. Дои:10.1101 / гр.3666505. ISSN  1088-9051. ЧВК  1172039. PMID  15965028.
  19. ^ Узунис, Христос А. (2012). «Взлет и упадок биоинформатики? Обещания и прогресс». PLoS вычислительная биология. 8 (4): e1002487. Bibcode:2012PLSCB ... 8E2487O. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1002487. ISSN  1553-7358. ЧВК  3343106. PMID  22570600.