Базы данных и ресурсы круговой РНК (circRNA) - Circular RNA (circRNA) databases and resources

В молекулярная биология, Круговые РНК (circRNA) относятся к классу кольцевая РНК молекулы встречаются во всех царствах жизни.[1][2][3] Исследования 2013 г. показали, что circRNA играют важную регуляторную роль в miRNA Мероприятия. Исследователи обнаружили, что CDR1as circRNA действует как miR-7. супер-губка который содержит около 70 сайтов-мишеней из одной и той же miR-7 в одном и том же транскрипте.[4][5] Другая специфическая для семенников circRNA, определяющая пол область Y (Sry), также была обнаружена как miR-138 губка.[6] Приведенные примеры предполагают, что эффекты губки miRNA, достигаемые за счет образования circRNA, могут быть общим явлением. Поскольку miR-7 модулирует экспрессию нескольких онкогенов, взаимодействия ciRS-7 / miR-7 могут играть важную роль в путях, связанных с раком.[7]

Этот Базы данных и ресурсы круговой РНК (circRNA) это сборник базы данных и веб-порталы и серверы, используемые для circRNA.

ИмяОписаниетипСвязьРекомендации
circRNABasecircRNABase предназначена для декодирования сетей взаимодействия miRNA-circRNA из тысяч circRNA и 108 наборов данных CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH).база данныхинтернет сайт[8]
circBasecircBase исследует общедоступные наборы данных circRNA и загружает пользовательские скрипты python, необходимые для обнаружения circRNA в ваших собственных (ribominus) данных РНК-seq.база данныхинтернет сайт[9]
CircNetCircNet регистрирует общедоступные и новые CirRNA и предполагаемые взаимодействия circRNA-miRNA. Вся информация представлена ​​в интерактивном пользовательском интерфейсе и доступна для скачивания.база данныхинтернет сайт[10]
Circ2TraitsCirc2Traits - обширная база данных кольцевой РНК, потенциально связанной с заболеванием и признаками.база данныхбаза данных[11]
Gokool et al. 2019 г.Пейзаж экспрессии кольцевой РНК в мозге человекаресурсресурс[12]

Рекомендации

  1. ^ Мемчак, S; Йенс, М; Элефсиниоти, А; Torti, F; Крюгер, Дж; Рыбак, А; Maier, L; Mackowiak, SD; Gregersen, LH; Munschauer, M; Loewer, A; Зибольд, У; Ландталер, М; Кокс, С; le Noble, F; Раевский, Н. (21 марта 2013 г.). «Циркулярные РНК - это большой класс животных РНК с регулирующей способностью». Природа. 495 (7441): 333–338. Bibcode:2013Натура.495..333М. Дои:10.1038 / природа11928. PMID  23446348.
  2. ^ Хансен, ТБ; Дженсен, Т.И.; Clausen, BH; Bramsen, JB; Finsen, B; Дамгаард, СК; Kjems, J (21 марта 2013 г.). «Природные круги РНК функционируют как эффективные губки для микроРНК». Природа. 495 (7441): 384–388. Bibcode:2013Натура.495..384H. Дои:10.1038 / природа11993. PMID  23446346.
  3. ^ Косик, К.С. (21 марта 2013 г.). «Молекулярная биология: круги меняют мир РНК». Природа. 495 (7441): 322–324. Bibcode:2013Натура.495..322K. Дои:10.1038 / природа11956. PMID  23446351.
  4. ^ Мемчак, S; Йенс, М; Элефсиниоти, А; Torti, F; Крюгер, Дж; Рыбак, А; Maier, L; Mackowiak, SD; Gregersen, LH; Munschauer, M; Loewer, A; Зибольд, У; Ландталер, М; Кокс, С; le Noble, F; Раевский, Н. (21 марта 2013 г.). «Циркулярные РНК - это большой класс животных РНК с регулирующей способностью». Природа. 495 (7441): 333–338. Bibcode:2013Натура.495..333М. Дои:10.1038 / природа11928. PMID  23446348.
  5. ^ Хансен, ТБ; Дженсен, Т.И.; Clausen, BH; Bramsen, JB; Finsen, B; Дамгаард, СК; Kjems, J (21 марта 2013 г.). «Природные круги РНК функционируют как эффективные губки для микроРНК». Природа. 495 (7441): 384–388. Bibcode:2013Натура.495..384H. Дои:10.1038 / природа11993. PMID  23446346.
  6. ^ Хансен, ТБ; Дженсен, Т.И.; Clausen, BH; Bramsen, JB; Finsen, B; Дамгаард, СК; Kjems, J (21 марта 2013 г.). «Природные круги РНК функционируют как эффективные губки для микроРНК». Природа. 495 (7441): 384–388. Bibcode:2013Натура.495..384H. Дои:10.1038 / природа11993. PMID  23446346.
  7. ^ Хансен, ТБ; Кьемс, Дж; Дамгаард, СК (15 сентября 2013 г.). «Циркулярная РНК и miR-7 в раке». Исследования рака. 73 (18): 5609–5612. Дои:10.1158 / 0008-5472.CAN-13-1568. PMID  24014594.
  8. ^ Ли, JH; Лю, S; Чжоу, H; Qu, LH; Ян, Дж. Х. (1 января 2014 г.). «starBase v2.0: расшифровка сетей взаимодействия miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA и белок-РНК из крупномасштабных данных CLIP-Seq». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (1): D92–7. Дои:10.1093 / нар / gkt1248. ЧВК  3964941. PMID  24297251.
  9. ^ Мемчак, S; Йенс, М; Элефсиниоти, А; Torti, F; Крюгер, Дж; Рыбак, А; Maier, L; Mackowiak, SD; Gregersen, LH; Munschauer, M; Loewer, A; Зибольд, У; Ландталер, М; Кокс, С; le Noble, F; Раевский, Н. (21 марта 2013 г.). «Циркулярные РНК - это большой класс животных РНК с регулирующей способностью». Природа. 495 (7441): 333–338. Bibcode:2013Натура.495..333М. Дои:10.1038 / природа11928. PMID  23446348.
  10. ^ Лю Юй-Чен; Ли, Цзянь-Жун; Сунь, Чуан-Ху; Эндрюс, Эрик; Чао, Роу-Фанг; Линь, Фэн-Мао; Вен, Шун-Лонг; Сюй, Шэн-Да; Хуанг, Чи-Чен (04.01.2016). «CircNet: база данных кольцевых РНК, полученных из данных секвенирования транскриптомов». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D209–215. Дои:10.1093 / нар / gkv940. ISSN  1362-4962. ЧВК  4702939. PMID  26450965.
  11. ^ Ghosal, S; Das, S; Sen, R; Basak, P; Чакрабарти, Дж (2013). «Circ2Traits: обширная база данных круговой РНК, потенциально связанной с заболеванием и признаками». Границы генетики. 4: 283. Дои:10.3389 / fgene.2013.00283. ЧВК  3857533. PMID  24339831.
  12. ^ Гокул, А; Анвар, Ф; Войнягу, I (2019). "Пейзаж круговой экспрессии РНК в мозге человека". Биологическая психиатрия. Дои:10.1016 / j.biopsych.2019.07.029. PMID  31570194.

circbase.org оригинальная статья [1]

внешняя ссылка

  1. ^ РНК. 2014 ноя; 20 (11): 1666-70. DOI: 10.1261 / rna.043687.113. Epub 2014 18 сентября. CircBase: база данных круговых РНК. Glazar P1, Papavasileiou P1, Rajewsky N2.