База данных сравнительной токсикогеномики - Comparative Toxicogenomics Database

База данных сравнительной токсикогеномики (CTD)
Разработчики)Отделение биологических наук при Университет штата Северная Каролина и кафедра биоинформатики, Биологическая лаборатория МДИ
изначальный выпуск12 ноября 2004 г.; 16 лет назад (2004-11-12)
Доступно ванглийский
ТипБиоинформатика, анализ данных
Интернет сайтhttp://ctdbase.org/

В База данных сравнительной токсикогеномики (CTD) - это общедоступный веб-сайт и исследовательский инструмент, запущенный в ноябре 2004 года, который собирает научные данные, описывающие взаимосвязи между химическими веществами / лекарствами, генами / белками, заболеваниями, таксонами, фенотипами, аннотациями GO, путями и модулями взаимодействия. База данных поддерживается Департаментом Биологические науки в Университет штата Северная Каролина.

Фон

База данных сравнительной токсикогеномики (CTD) - это общедоступный веб-сайт и исследовательский инструмент, который собирает научные данные, описывающие взаимосвязи между химическими веществами, генами / белками, заболеваниями, таксонами, фенотипами, аннотациями GO, путями и модулями взаимодействия, запущенный 12 ноября 2004 года.[1][2][3][4] База данных поддерживается Департаментом биологических наук Государственного университета Северной Каролины.[нужна цитата ]

Цели и задачи

Одна из основных целей CTD - продвинуть понимание воздействия химических веществ в окружающей среде на здоровье человека на генетическом уровне. токсикогеномика.

В этиология Многие хронические заболевания связаны с взаимодействием факторов окружающей среды и генов, которые модулируют важные физиологические процессы. Химические вещества - важный компонент окружающей среды. Такие условия как астма, рак, сахарный диабет, гипертония, иммунодефицит, и болезнь Паркинсона известно, что на них влияет окружающая среда; однако молекулярные механизмы, лежащие в основе этих корреляций, не совсем понятны. CTD может помочь разрешить эти механизмы. Самый последний и обширный список рецензируемых научных статей о CTD доступен на странице их публикаций.[5]

Основные данные

CTD - уникальный ресурс, где биокураторы[6][7] прочтите научную литературу и вручную обработайте четыре типа основных данных:

  • Химико-генные взаимодействия
  • Ассоциации химических болезней
  • Ассоциации генных болезней
  • Химико-фенотипические ассоциации

Интеграция данных

Интегрируя вышеуказанные четыре набора данных, CTD автоматически строит предполагаемые сети химический ген-фенотип-заболевание, чтобы осветить молекулярные механизмы, лежащие в основе заболеваний, вызванных влиянием окружающей среды.

Эти предполагаемые взаимосвязи подвергаются статистической оценке и ранжированию и могут использоваться учеными и компьютерными биологами для создания и проверки проверяемых гипотез о токсикогеномных механизмах и их отношении к здоровью человека.

Пользователи могут искать в CTD, чтобы исследовать научные данные на предмет химических веществ, генов, болезней или взаимодействий между любым из этих трех понятий. В настоящее время,[когда? ] CTD объединяет токсикогеномные данные для позвоночных и беспозвоночных.

CTD объединяет данные из этих баз данных или ссылается на них:

  • ChemIDplus, словарь из более чем 400 000 химических веществ, хранящийся в Национальной медицинской библиотеке США.[8]
  • DrugBank
  • Проект «Инфраструктура данных для химической безопасности» (diXa), хранилище данных Европейского института биоинформатики[9][10] который по состоянию на ноябрь 2015 года содержал 469 соединений, 188 наборов данных о заболеваниях в трех подкатегориях: печень, почки и сердечно-сосудистые заболевания.[11]
  • Консорциум генных онтологий
  • КЕГГ
  • NCBI Entrez-Gene
  • NCBI PubMed
  • NCBI Таксономия[12]
  • Предметные рубрики NLM Medical
  • OMIM
  • Reactome

Рекомендации

  1. ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (сентябрь 2006 г.). «База данных сравнительной токсикогеномики (CTD): ресурс для сравнительных токсикологических исследований». Журнал экспериментальной зоологии, часть A: Сравнительная экспериментальная биология. 305 (9): 689–92. Дои:10.1002 / jez.a.307. ЧВК  1586110. PMID  16902965.
  2. ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Davis AP, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (август 2006 г.). "База данных сравнительной токсикогеномики (CTD): межвидовой ресурс для построения сетей взаимодействия химикатов и генов". Toxicol. Наука. 92 (2): 587–95. Дои:10.1093 / toxsci / kfl008. ЧВК  1586111. PMID  16675512.
  3. ^ Маттингли CJ, Colby GT, Rosenstein MC, Forrest JN, Boyer JL (2004). «Содействие сравнительным молекулярным исследованиям в исследованиях гигиены окружающей среды: обзор базы данных сравнительной токсикогеномики (CTD)». Фармакогеномика J. 4 (1): 5–8. Дои:10.1038 / sj.tpj.6500225. PMID  14735110.
  4. ^ Маттингли CJ, Colby GT, Форрест JN, Boyer JL (май 2003 г.). «База данных сравнительной токсикогеномики (CTD)». Environ. Перспектива здоровья. 111 (6): 793–5. Дои:10.1289 / ehp.6028. ЧВК  1241500. PMID  12760826. Архивировано из оригинал на 06.06.2010.
  5. ^ Страница публикаций CTD ctdbase.org
  6. ^ Bourne PE, McEntyre J (октябрь 2006 г.). «Биокураторы: участники мира науки». PLoS Comput. Биол. 2 (10): e142. Bibcode:2006PLSCB ... 2..142B. Дои:10.1371 / journal.pcbi.0020142. ЧВК  1626157. PMID  17411327.
  7. ^ Салими Н., Вита Р. (октябрь 2006 г.). «Биокуратор: объединение и расширение научных данных». PLoS Comput. Биол. 2 (10): e125. Bibcode:2006PLSCB ... 2..125S. Дои:10.1371 / journal.pcbi.0020125. ЧВК  1626147. PMID  17069454.
  8. ^ ChemIDplus Национальная медицинская библиотека США, дата обращения 7 ноября 2015 г.
  9. ^ Хранилище данных diXa н.о., получено 7 ноября 2015 г.
  10. ^ Хендрикс, Д. М .; Aerts, H. J. W. L .; Caiment, F .; Clark, D .; Ebbels, T. M. D .; Evelo, C.T .; Gmuender, H .; Hebels, D.G.A.J .; Herwig, R .; Hescheler, J .; Jennen, D.G.J .; Jetten, M. J. A .; Kanterakis, S .; Keun, H.C .; Мацер, В .; Overington, J. P .; Пиличева, Е .; Sarkans, U .; Сегура-Лепе, М. П .; Сотириаду, I .; Wittenberger, T .; Wittwehr, C .; Занзи, А .; Кляйнджанс, Дж. С. С. (12 декабря 2014 г.). «diXa: инфраструктура данных для оценки химической безопасности». Биоинформатика. 31 (9): 1505–1507. Дои:10.1093 / биоинформатика / btu827. ЧВК  4410652. PMID  25505093.
  11. ^ Тренируйтесь онлайн, данные о заболеваниях Европейская лаборатория молекулярной биологии, дата обращения 7 ноября 2015 г.
  12. ^ NCBI Таксономия

внешняя ссылка